Пскова, тяготясь зависимостью от Новгородского владыки, стали просить, чтобы великий князь назначил им в Псков особого епископа. Они даже захватили часть земель и угодий, которые принадлежали архиепископу Новгородскому. Но великий князь не исполнил их просьбы, повелев им во всём повиноваться блаженному святителю Новгородскому и возвратить несправедливо ими захваченное. Псковичи так и сделали. Много содействовал сему своим примером и сам святой Иона. Он даже не потребовал от Псковичей никакого вознаграждения за убытки, причинённые ими архиерейской кафедре. Видя его любовь и бескорыстие, большая часть Псковичей стала еще больше уважать его и оказывать ему должную честь.

Святой Иона много заботился о построении и украшении храмов Божиих. Кроме построения храма в честь преподобного Сергия Радонежского, святитель заботился о своей любимой Отней обители, где начались его иноческие труды и подвиги. Он построил здесь каменный храм во имя Трех Святителей и великолепно его украсил. Для сего он вызвал самых лучших иконописцев и щедро расточал свое имение, чтобы обильно снабдить новой храм священными предметами и книгами. К сей церкви он пристроил еще другую в честь Крестителя Господня Иоанна Предтечи, имя которого он носил еще в миру. В сем храме он собственными руками ископал себе гроб и завещал предать здесь погребению свое тело. В Отней обители святой архипастырь построил еще храм во имя святителя Николая. В самом Новгороде он возобновил и украсил Дмитриевскую церковь на Торговой стороне, по преданию, первоначально построенную в память победы Димитрия Донского над Мамаем.

За благочестивую жизнь мудрого святителя уважали не только великие князья Московские, но даже Тверские, Смоленские, Полоцкие и Литовские. Новгородская область, управляемая святым Ионою, пользовалась во все время святительства сего блаженного миром и особым покровительством свыше. Граждане, внимая его поучениям, имели любовь друг к другу; даже самая земля отличалась тогда особенным плодородием. Все сие было по молитвам святого. Только однажды Новгородская и Псковская земля подверглась страшному бедствию. С конца 1466 года открылось моровое поветрие, которое известно под именем Симоновского мора. У больных опухали железы и на третий или четвертый день они умирали. В следующем 1467 г. болезнь вспыхнула с новой силой. Во всей Новгородской земле умерло 220652 человека. Великая скорбь и смятение охватили жителей. Но еще более болел душой за своих духовных чад сам архипастырь. Он утешал их и непрестанно молился Господу о прекращении сего страшного бедствия. И молитва его была услышана. В Неревском конце при Зверинском монастыре была устроена большая скудельница для погребения умерших. Однажды во время молитвы святитель услышал глас:

— Ступай с крестами в сопровождении всего освященного собора в Неревский конец в Зверин монастырь в храм Покрова Пресвятой Богородицы на скудельню. Ступай туда, где явился образ святого праведного Симеона Богоприимца. Поставь там в честь его храм, и мор прекратится.

Святитель возвестил о сем гражданам и утром, 1 октября в день памяти Покрова Пресвятой Богородицы, Новгородцы были свидетелями нового дивного чуда. В сей день святитель со всем своим клиром и гражданами направился в указанное место и, преклонив колена пред иконою Симеона Богоприимца, со слезами молился Господу об утолении гнева небесного. В сие время народ стал сносить брёвна и в один день была построена церковь. Святой Иона в тот же день освятил ее и совершил в ней Божественную литургию. С того дня моровое поветрие прекратилось. В следующем 1468 г. святитель Иона на месте сей деревянной церкви воздвиг каменный храм в честь праведного Симеона, который сохраняется и до сего дня, свидетельствуя о неизреченной милости Божией.

В то время начал основываться Соловецкий монастырь. Святитель Иона оказывал великую помощь и содействие новой обители. Вместе с мирскими властями Новгорода он дал святому Зосиме грамоту, по которой отдавал во владение новой обители весь Соловецкий остров со всеми угодьями.

Много добра оказывал всем Новгородский святитель, немало трудов ему пришлось перенести. Чувствуя приближение своей кончины, он написал духовную, где завещал похоронить тело его в Отней обители. Причастившись святых таин, он мирно отошел ко Господу 5 ноября 1470 года. С подобающею честью Новгородская паства предала погребению тело своего любимого пастыря, наставника и заступника. Честное тело его было Положено в Отней обители в могиле, приготовленной им самим при церкви святого Иоанна Предтечи. До сорока дней братия не закрывали землей могилу. Господу было угодно прославить нетлением останки Своего славного угодника. Братия Отней обители и другие лица сильно дивились, когда видели, что тело святителя не издавало ни малейшего запаха тления. Уже прошло сорок дней со дня кончины праведника, но никто не ощущал запаха гниения. Тогда братия, твердо веруя, что Господу будет угодно открыть мощи Своего угодника, не покрыла гробницы землею, а только сделала из дерева поверх могилы возвышение. Сие чудо было тем более удивительно, что место, где стояла церковь, было низко и земля там была влажна и сыра.

Действительно надежды верующих не были напрасны. Прошло уже около ста лет, когда Господь благоизволил чудесно прославить Своего верного служителя и подвижника. Это было самое тяжёлое время для жителей Новгорода. При царе Иоанне Васильевиче Грозном и при архиепископе Новгородском Леониде 13 сентября утром в Отней обители вдруг загорелась хлебопекарня. Сильный ветер много способствовал пожару. Пламя, охватив все монастырские храмы с неудержимой силой распространялось всё далее и далее. Огонь даже охватил Предтеченскую церковь, где была гробница с мощами святого Ионы. Видя такую опасность, двое простых людей, чтивших память святого архиепископа, бросились в Предтеченскую церковь, разобрали деревянное покрытие над гробницей и вынесли ее на монастырскую площадь. Тяжелый дубовый гроб показался им необыкновенно лёгким. Между тем огонь охватил всё здание, бывшие около монастырской площадки, так что грозил самым мощам. Но удивительное зрелище представилось тогда всем: огонь почти совсем окружил гробницу, но нимало ее не повредил. Некоторые пытались было унести гробницу, но не могли ее поднять. Тогда все поняли, что сам Господь невидимой Своей силой хранит мощи святого от огненного запаления.

Милосердый Господь благоволил и по смерти святителя прославлять его: от гроба его истекает река чудотворений. Всякий, кто припадал к раке мощей его или с верою призывал в молитвах его святое имя, получал исцеление каким бы ни был одержим недугом. Упомянем здесь о важнейших чудотворениях святого Ионы.

Инок Отней обители Сильвестр с послушником Климом был однажды послан в Москву для подтверждения прежних царских грамот, кои он вёз с собою. От Вышнего Волочка посланные отправились далее на лодке. Вместе с ними ехал один богатый купец. Кормчий, побуждаемой диаволом, решил воспользоваться деньгами, которые