После отхода советских войск из района Бреста оборона собственно Брестской крепости продолжалась еще несколько месяцев. Можно выделить три периода обороны цитадели: первый — с 22 по 30 июня, второй — с 30 июня по 23 июля, третий с 23 июля по сентябрь 1941 года. Есть и другие подходы к периодизации. Документы подтверждают 32 дня обороны — эта дата зафиксирована рапортом немецких солдат, взявших в плен майора П. М. Гаврилова. А начало ее — обрывки приказа № 1, найденного в развалинах. Исходя из этих данных, часть историков делят оборону крепости на два периода: с первого залпа на рассвете 22 июня 1941 года до конца месяца — период организованной обороны; с начала июля до 23 июля — период очагового сопротивления. Далее следует весьма спорный период одиночного сопротивления.

После захвата 22 июня здания клуба (церкви) немцами им «в спину» был нанесен контрудар, организованный силами пограничников (9-я застава и штаб 3-й комендатуры погранвойск размещались в одном здании, у Тереспольских ворот) и бойцов 333-го стрелкового полка под командованием старшего лейтенанта А. Е. Потапова. Часть германских солдат с рацией осталась в здании церкви, другие устремились к восточной оконечности укрепления в район Холмских ворот. Здесь их продвижение было остановлено, хотя только в цитадели бойцы отразили 8 мощных атак в первый день войны.

Утром уже 23 июня началась очередная артиллерийская подготовка. Когда смолкли орудийные выстрелы, заработали радиодинамики, передававшие предложения о прекращении сопротивления. Вслед за этим немцы направили для переговоров о сдаче парламентера с белым флагом. Навстречу ему вышел начальник 9-й погранзаставы лейтенант А. М. Кижеватов, чьи бойцы обороняли участок у Тереспольских ворот.

Германский офицер представился и протянул для пожатия руку. Кижеватов руки не подал. Указав на трупы немецких солдат и тела защитников крепости, не убранные с поля боя, он сказал: «Твои руки внешне очень чисты, а на самом деле облиты человеческой кровью. Скажи, за что эти люди погибли?» Офицер ничего не ответил на вопрос и повторил требование сложить оружие. «Во избежание лишних жертв немецкое командование, — заявил он, — предлагает прекратить оборону крепости, так как в этом нет смысла. Немецкие войска уже под Смоленском». Кижеватов обещал довести все сказанное до л/с, добавив: «Мне, очевидно, будет дан выбор на смерть между повешением и пулей. Я считаю, что лучше погибнуть от собственной пули, чем от немецкой». Вражеский парламентер пригрозил, что если в 16 часов не будет поднят белый флаг, то на пощаду не стоит рассчитывать. Однако предложение о сдаче было отклонено[42].

Защитники цитадели довольно быстро пришли в себя, самостоятельно добывая оружие и группируясь возле своих и чужих командиров. Сопротивление возглавил заместитель командира 84-го стрелкового полка по политчасти полковой комиссар Ефим Фомин. Под командованием замполитрука Самвела Матевосяна, назначенного Фоминым своим заместителем, была предпринята контратака, в результате которой к полудню второго дня войны немцев выбили из здания церкви и района Тереспольских ворот.

Самоорганизация обороны шла по всей крепости. В районе Трехарочных ворот ее возглавил капитан Иван Зубачев; в северной и северо-восточной части цитадели — лейтенант Виноградов; у Тереспольских ворот — старший лейтенант Потапов, на Кобринском укреплении — майор Петр Гаврилов. Необходимо было объединить все группы под единым командованием, и к вечеру 24 июня в одном из казематов инженерной казармы собрались командиры. На этой встрече и был написан приказ № 1. Командование сводными силами поручалось капитану Зубачеву, его заместителем назначался комиссар Фомин, обязанности начальника штаба выполнял лейтенант Виноградов[43] (кстати, он и написал приказ № 1 под диктовку Зубачева и Фомина). Позднее он повел на прорыв группу в 120 человек. С большими потерями она вырвалась из кольца, но была уничтожена возле Варшавского шоссе: сам Виноградов с несколькими бойцами попал в плен.

Германские военные корреспонденты тогда сообщали: «Немецкая артиллерия и немецкие бомбардировщики штурмуют Брест-Литовск. Три дня наша пехота лежит на берегу перед Цитаделью… В казематах и казармах сражаются… советские солдаты с упрямой настойчивостью. Вокруг горят дома, и по полю перекатывается отравленный дым. Советские стрелки ведут огонь с крыш. Начинается канонада страшной силы. Адский шум заглушается голосом гигантской мортиры. Поднимаются облака дыма, высотою в дом, взлетают на воздух пороховые погреба. Дрожит земля».

Как уже упоминалось, во время боев за Брестскую крепость в штурме цитадели принимал участие германский бронепоезд № 28 (конструктивно бронепоезда подобного типа состояли из полубронированного паровоза, двух открытых сверху бронеплатформ для перевозки пехоты и трех специальных бронеплатформ с аппарелями для танков S35), а точнее, входящие в его вооружение танки французского производства SOMUA S35/Pz.Kpfw. 35S 739(f).

Они покинули свои платформы и участвовали в боях в первые дни сражения за крепость. 23 июня одна из этих машин была подбита ручными гранатами у Северных ворот крепости, там же огнем из зенитного орудия повредили еще один S35. Третий танк прорвался в центральный двор цитадели, где был подбит артиллеристами 333-го стрелкового пола. Два танка немцам удалось эвакуировать сразу же. После ремонта они вновь участвовали в боях: в частности, 27 июня один из них немцы применили против Восточного форта. Танк вел огонь по амбразурам форта, в результате, как говорилось в докладе штаба 45-й немецкой пехотной дивизии, «русские стали вести себя тише, но непрерывная стрельба снайперов продолжалась из самых неожиданных мест».

Утром 24 июня крепость бомбили самолеты, обстреливала артиллерия. Каждая ее пядь находилась под огнем. Только ночью, и то с огромным риском, поскольку все освещалось ракетами, защитники цитадели запасались водой из Буга.

Организованные группы вели активную оборону. Не хватало оружия и боеприпасов, практически не было еды, защитники очень страдали от жажды, а ту воду, что удавалось с огромным риском добыть, отдавали детям и раненым, а также использовали для охлаждения пулеметов. Стояла жара, в цитадели разлагались трупы, от их смрада многие теряли сознание. В подвалах были женщины и дети, и, хотя женщины не только ухаживали за ранеными, но и отважно помогали отбивать атаки, их необходимо было вывести из крепости. 26 июня женщины и дети с белым флагом вышли из подвалов, но многие бездетные девушки и женщины остались. Немцы не стреляли, и бойцы успели напиться и запастись водой.

В ночь на 27 июня пограничникам удалось захватить вражеского разведчика. Тот сообщил, что германское командование решило покончить с защитниками крепости не позднее 1 июля.

27 июня противник несколько раз пытался штурмовать развалины, где еще оборонялись красноармейцы, но безуспешно.

В этот же день два пограничника были высланы в город Брест для выяснения обстановки, но попали в засаду. 28 июня оборона цитадели стала очаговой. Утром начальник 9-й заставы погранвойск собрал уцелевших бойцов, поблагодарил их за службу и доблесть и предложил мелкими группами прорываться из крепости. Однако большинство л/с решило остаться.