Только в 1495 году удалось сместить Зосиму, а в 1499 году путём сложных дворцовых интриг — вызвать гнев великого князя на главных сторонников ереси при дворе.

«Ересь жидовствующих» как появилась при Иване III, которого еретики безуспешно пытались привлечь на свою сторону, так при нём и была разгромлена. Произошло это так: Иван III в 1502 году назначил наследником своего сына Василия, а после смерти Курицына в 1504 году, санкционировал преследование жидовствующих. Собор под председательством митрополита Симона, созванный для искоренения ереси, носил политический характер и был направлен против царицы. «Некоторые из еретиков были сожжены на кострах, некоторые бежали в Литву, где формально приняли иудаизм. В результате этих событий ересь жидовствующих исчезла с политического и культурного горизонта Руси» («Электронная еврейская энциклопедия»).

Но память об этих событиях сохранилась не только в истории России, но и в литературе. Так в романе И. И. Лажечникова «Басурман» говорится, что в то время «не было выгодной должности, которую не брали бы на себя потомки Иудины… Особенно на Руси, несмотря на народную ненависть к ним, в Пскове, в Новгороде и Москве шныряли евреи…».

Современный историк профессор Игорь Фроянов в интервью газете «Советская Россия» так говорит о проводниках «ереси жидовствующих»:

«Как выяснилось позже, они метили выше — разрушить русское государство. Из “ереси жидовствующих” вытекали реформы, направленные в первую очередь на изменения традиционного государственного строя Московской Руси и в первую очередь отношений между церковью и государством… когда еретики целились в церковь, то всякий раз они наносили удар и по государству. Таким образом, объективно проповедь ереси должна была привести к разрушению всей политической системы русского общества…

…“Ересь жидовствующих”, на мой взгляд, была первым опытом информационно-психологической агрессии против нашей страны. Скажу больше, то была первая попытка взорвать Россию изнутри. К счастью, в конце XV — начале XVI века еретиков удалось подавить. Это произошло в основном благодаря усилиям архиепископа Новгородского Геннадия и особенно — настоятеля Волоколамского монастыря Иосифа Волоцкого. Они мобилизовали общественное мнение, подняли мощную волну протестов и недвусмысленно обличили Ивана III в попустительстве еретикам…».

При Василии III (1479–1533) — сыне Ивана III и Софьи Палеолог, по свидетельству иностранцев, коренное население так ненавидело иудеев, что «содрогалось при одном имени их».

«Когда жидовство, — пишет Г. Федотов, — оправившись от гонений, начало снова поднимать голову, известный деятель той эпохи Иосиф Волоколамский писал Василию III:

“…Если ты, Государь, не позаботишься и не подвигнешься, чтобы подавить их тёмное еретическое учение, то придётся погибнуть от него всему православному христианству”.

В Московской Руси хорошо были осведомлены о том, что в Польше евреям сдали на откуп православные церкви и что они пускают в церковь только тех, кто внёс им установленный сбор. Поэтому евреям, несмотря на поступавшие от них просьбы, не разрешали приезжать на жительство в Московскую Русь, а тех, кто уже жил, изгоняли из Москвы».

В 1526-м году русский посланник Дмитрий Герасимов говорил Римскому папе:

«Евреи для нас отвратительнее всех, даже простое упоминание их имени внушает нам отвращение; мы не позволим им приезжать в нашу страну, поскольку это низкие и злобные люди…».

Сын Василия III и его жены от второго брака — Елены Глинской — Иван IV Грозный (1530–1584) получил престол в семилетнем возрасте. К этому времени еврейские купцы из Польши и Литвы приезжали в Россию только временно по торговым делам, но права на постоянное жительство не имели.

Об отношении Ивана Грозного к евреям свидетельствует такая история.

В 1550-м году польский король Сигизмунд-Август II просит царя разрешить пребывание в Москве нескольким еврейским торговцам. Царь отвечает:

«Что касается того, что ты нам пишешь, чтобы мы разрешили твоим жидам въезд в наши земли, мы уже много раз писали тебе о мерзких деяниях жидов, которые отвращали наших людей от христианства, привозили в нашу державу отравленные лекарства и причинили много зла нашим людям. Тебе, нашему брату, должно быть стыдно писать нам о них, зная все их преступления…».

Когда же царь Иван Грозный в 1563-м году отобрал у поляков город Полоцк, он повелел окрестить всех местных евреев, а не желавших креститься — топить в Двине.

В. Энгель («Евреи в Московской Руси в период средневековья») отмечает, что наследники Ивана Грозного придерживались той же линии, исключением явился период между 1605-м и 1613-м годами, известный как Смутное время.

Царь Фёдор Иванович (1557–1598) — сын Ивана Грозного и Анастасии Романовой, по свидетельству современников «от младенчества даже и до конца живота своего… о мирских ни о чём попечения не имел, токмо о душевном спасении».

Правление царя Бориса Годуновв (1552–1605), пришедшего к власти после смерти царя Фёдора Ивановича, закончилось Смутным временем, про которое «Электронная еврейская энциклопедия» пишет:

«Значительные масштабы принял въезд евреев в Московскую Русь в Смутное время, особенно в правление Лжедмитрия I (1605–1606), пришедшего к власти с помощью польского войска. Евреи входили в свиту самозванца и пострадали при его низложении. По некоторым сообщениям, претендовавший на московский престол Лжедмитрий II был выкрестом из евреев и служил в свите Лжедмитрия I…».

Царь Михаил Фёдорович (1596–1645), избранный на царство в 1613-м году, водворил в государстве «порядок и успокоил его, хотя был молод и неопытен» («Отечественная история для народных училищ», изданная в начале царствования Николя II).

«В манифесте 1613 г., изданном при избрании на царство Михаила Фёдоровича Романова, выражалось возмущение появлением в Москве во времена Смуты “злобных еретиков, кальвинистов, лютеран, армян, римских папистов и еврейских богоубийц, осквернителей наших церквей”, что касается Лжедмитрия II, он прямо характеризуется как “вор, родом жидовин”…» (Энгель В. Курс лекций по истории евреев в России).

Царь Алексей Михайлович Тишайший (1629–1676), вступивший на престол после смерти отца, изгонял евреев даже из временно занятых русскими войсками городов. В присоединённых тогда к Руси областях Малороссии евреи тоже не имели постоянного места жительства.

Во время царствования Алексея Михайловича (он вступил на престол в 1645-м году в возрасте 16 лет), не довольствуясь западной и юго-западной Русью, евреи из Польши проникали в Великороссию по торговым и прочим делам. При этом делались попытки насаждения иудаизма. Это привело к появлению в 1649-м году «Уложения» Алексея Михайловича, где в 24-й статье XXII главы говорилось:

«Будет кого бусурман какими-нибудь мерами, насильством или обманом, русского человека к своей бусурманской вере принудит и по своей бусурманской вере обрежет, а сыщется про то допряма: и того бусурманина по сыску казнить — сжечь огнём без всякого милосердия. А кого он русского человека обусурманит и того русского человека отослать к патриарху или ко иной власти и велеть ему учинить указ по правилам свв. апостол и свв. отец…».