Крепости были хорошо укреплены, имели достаточно сильную артиллерию, и овладение ими представлялось непростой задачей. Ушаков блокировал Корфу с моря и в нескольких километрах от неприятельских укреплений в районе городка Гуино произвел первую высадку на остров. В состав десантной партии входили в основном матросы, а морских солдат было не более 25 чел. Между тем местные жители сформировали отряд из 1,5 тыс. добровольцев, к которому присоединились и морские пехотинцы, присланные Ушаковым. Действия отряда окончились полной неудачей, и первая крупная вылазка французов обратила в бегство большую его часть. Солдаты остались прикрывать этот стремительный отход и в результате оказались в окружении. Почти все они погибли, а 17 чел. взяты в плен (вскоре их обменяли на соответствующее число французов).

Время шло, но, несмотря на усиление блокады Корфу, ситуация не менялась. Более того, она могла усугубиться, если бы к осажденным подошло подкрепление. Для успешных атакующих действий в подкреплении нуждался и Ушаков — и он его получил: к нему прибыло несколько турецких отрядов. Не прекращая бомбардировку крепостей Корфу, Ушаков стал готовиться к атаке Видо. Она была предпринята 18 февраля 1799 г. Против каждой французской батареи действовал заранее определенный отряд кораблей, которые должны были артиллерией подавить ее. Благодаря хорошо организованной атаке и высокой выучке экипажей, прежде всего комендоров, это удалось сделать за четверть часа. Однако успех русских моряков был отчасти нивелирован фактическим отказом значительной части турецких войск участвовать в бою. Морякам и солдатам Ушакова пришлось все взять на себя — был отдан приказ начать высадку десанта. Согласно плану Ушакова, десантирование должно было проходить поэтапно, когда первый эшелон десанта на берегу подготовит плацдарм для дальнейшего продвижения остальным. Офицерскому и унтер-офицерскому составу десанта предписывалось использовать на пересеченной местности, где много ручьев и канав, в качестве мостиков доски и штурмовые лестницы. Вместо знамен десантники должны были иметь с собой 10 флагов для фиксации взятия вражеских батарей и обозначения местоположения войск. Все необходимые инструменты и оружие перед высадкой следовало содержать в «в исправной готовности». Боевое расписание десанта определялось таким образом: «в авангардии, под начальством господина контр-адмирала Пустошкина состоящей, баталионный командир полковник Скипор, а средней и задней части, под моим (Ушакова. — В.Д.) ведомством находящийся майору Боаселю; в средине ж между оными, ежели вознадобится отделение, послать от передовой части майора Гамена, и всем оным чинить исполнение со всякой осторожной осмотрительностью и с добрым порядком; по оказавшимся случаям и обстоятельствам поступать с храбростию благоразумно, сообразно с законами».

На баркасах, катерах, лодках морские пехотинцы и специально назначенные группы из корабельных экипажей (всего 2159 чел., большинство из черноморских батальонов) устремились к берегу. Первую штурмовую волну составили гренадеры, которые начали пробивать дорогу к центральному редуту, используя в основном гранаты и штыки. Понимая, что если крепость возьмут, ее защитники будут обречены, французы оказали ожесточенное сопротивление; лишь после 3-часового боя оно было подавлено. Погибло около половины гарнизона, русские потери составили 125 чел. убитыми и ранеными.

Взятие Видо стало первой частью операции по овладению Корфу, далее должен был последовать штурм крепостей, главным образом укреплений Новой крепости. Туда были направлены практически все силы, способные действовать на суше. Решительной атакой с использованием штурмовых лестниц морские пехотинцы захватили первое укрепление — Св. Рока. Не дав опомниться неприятелю, черноморские батальоны стремительно двинулись дальше, все сметая на своем пути. Их удар ошеломил французов, и вскоре все было кончено. Новая крепость являлась главным препятствием на пути к овладению Корфу, после ее падения начались переговоры о сдаче острова, и 20 февраля 1799 г. подписан акт о капитуляции.

Однако на этом миссия Ушакова в Средиземном море была отнюдь не исчерпана. Со временем район действий его эскадры перемещается к побережью Италии.

Ушаков, уступая просьбам английского адмирала Нельсона и короля обеих Сицилий Фердинанда, которые были подавлены успехами французов в Италии, высылает к Отранто экспедицию капитана 2 ранга А.А. Сорокина в составе 4 русских фрегатов, 1 неаполитанского и нескольких мелководных судов. Десантная группа включала морскую пехоту и сводный отряд экипажей фрегатов — всего чуть более 600 чел. при 6 орудиях.

22 апреля Сорокин без выстрела занял крепость Бриндизи, гарнизон которой бежал, и двинулся вдоль берега к г. Манфредония, где 9 мая был высажен десант под командой капитана 2 ранга (по другим данным капитан-лейтенанта) Г. Белли. Храбрый, предприимчивый офицер, один из лучших в эскадре Ушакова, кавалер орденов Св. Владимира 4-й степени и Св. Анны 2-й степени, Белли оперативно наладил связь с кораблями и воздвиг форт Св. Павла, опорный пункт, который мог обезопасить отряд от удара с тыла и давал возможность закрепиться в месте высадки. К десанту прибыло подкрепление в 100 чел. матросов при 1 орудии, а также отряд кардинала Руффо (2,5 тыс. чел.), состоявший из людей для воинского дела случайных, в основном из крестьян и горожан, поэтому как полноценную боеспособную единицу его принимать было нельзя.

Имея под началом черноморских десантников и пестрое воинство Руффо, Белли начал свой поистине триумфальный поход на Неаполь. 14 мая 125 морских пехотинцев штыковой атакой рассеяли франко-итальянский отряд в 1 тыс. чел. у г. Портичи, взяв при этом 60 пленных, 5 пушек и 2 знамени. Далее Белли взял форт Виллему, захватил Мадалену и Мадаленский мост. Затем пала Капуа, дорога на Неаполь была свободна, и вскоре русские десантники победоносно вошли в город.

Несколько иначе развивались события, участниками которых были морские солдаты из отряда контр-адмирала П.В. Пустошкина, посланного Ушаковым под Анкону. Австрийцы просили помочь в овладении этим городом, где находился 2-тысячный французский гарнизон. Просьбу поддержал А.В. Суворов, несмотря на определенную двусмысленность отношения этих «союзников поневоле» к русским. Корабли и фрегаты Пустошкина с небольшим десантом двинулись к намеченной цели. По пути ими были потоплены или обращены в бегство несколько корсарских кораблей, а также освобожден ряд прибрежных населенных пунктов на северо-востоке Апеннин. 7 мая отряд появился у города, и Пустошкин стал готовиться к штурму. Морских пехотинцев в его распоряжении было немного, поэтому основная надежда возлагалась на интенсивный артиллерийский обстрел и на участие австрийцев. Однако до активных действий дело не дошло, поскольку Ушаков внезапно отозвал отряд в Корфу. Связано это было с тем, что разнеслись слухи о появлении в Средиземном море франко-испанского флота; правда, вскоре выяснилось, что они несколько преувеличены, но Пустошкин к Анконе не вернулся. На сей раз Суворов просил Ушакова прислать отряд кораблей, чтобы подкрепить его наступление на Геную с моря. На помощь Суворову и австрийскому корпусу, который безуспешно осаждал этот итальянский порт, 19 августа отправился Пустошкин, чей отряд включал 3 корабля и 2 малых судна.

Австрийский генерал Кленау, руководивший осадой, не отличался большим воинским талантом и надеялся на помощь Ушакова. По прибытии Пустошкина с небольшим десантом — чуть более 200 чел. морской пехоты — Кленау начал убеждать его принять участие в штурме, обреченном, по словам генерала, на успех. У австрийцев было несколько тысяч человек при довольно мощной артиллерии, в связи с чем подобная просьба выглядела довольно странно, даже если принять во внимание боевой опыт солдат черноморского батальона майора Бриммера, находившегося в распоряжении Пустошкина. Однако десант в составе черноморцев под командой майора Гамена все же был высажен и участвовал в атаке в австрийской колонне, продвигаясь к центру Генуи с юго-восточной стороны. Гренадеры и фузелеры действовали на первых порах успешно, ружейным огнем и штыками преодолевая сопротивление неприятеля. Однако должной поддержки со стороны австрийцев они не получали. Более того, их егеря не выдержали контрудара французской линейной пехоты и артиллерийского огня и обратились в бегство. Десантники оказались в одиночестве и в стремлении прорваться на побережье к шлюпкам ударили в штыки. Завязалась рукопашная схватка, в которой морские пехотинцы потеряли убитыми 38, ранеными 18 и пленными 19 человек. Отступая с боем, десантники освободили из плена 49 австрийцев, но сами, преследуемые французами, потеряли ориентировку и вышли на берег, но не в том месте, где находились шлюпки. На их поиски в рыбачьей лодке отправился сам Гамен, к утру он их обнаружил и отправил на шлюпки.