До конца 1990 года АИАИ оставалось просветительской организацией, но после падения Сиада Барре ситуация изменилась. Ее членами стали несколько сомалийских ветеранов афганской войны. Группа начала призывать к вооруженному джихаду, с целью создания в Сомали исламского государства.

Гражданская война, начавшаяся как восстание против режима Сиада Барре, быстро переросла в межклановую резню. Главная победившая группировка — Объединенный сомалийский конгресс (ОСК) представляла клановый союз хавийя. Его боевики в Могадишо развернули репрессии против кланов дарод, так как именно представители этих кланов составляли «ближний круг» Сиада Барре.

В АИАИ же большинство составляли представители клана маджертин/дарод, и потому им пришлось оставить Могадишо и отступить в южном направлении. В 60 км от порта Кисмайо, в районе стратегического моста Арар в апреле 1991 года произошел бой между милицией «Аль Итихад» и войсками ОСК под командованием генерала Мохаммеда Фараха Айдида.

Эта битва стала поворотным моментом в истории движения. Перед сражением генерала Айдид прислал в лагерь АИАИ парламентеров во главе со своим первым заместителем полковником Хасаном Дахиром Авейсом с предложением к исламистам отступить. В руководстве АИАИ на этот счет не было единого мнения. Но в ходе переговоров полковник Авейс неожиданно решил перейти на сторону АИАИ, отправив остальную делегацию назад. Это воодушевило бойцов АИАИ на сопротивление. И хотя в последовавшем сражении они все же были разгромлены Айдидом, для военного крыла АИАИ приход полковника Авейса стал крупной политической победой. С его приходом большинство членов организации решили выбрать путь вооруженного джихада, а сам полковник Авейс стал бессменным военным лидером АИАИ.

После разгрома на мосту Арар большая часть членов АИАИ осела на территории Пунтленда, которую контролирует Демократический фронт спасения Сомали, представляющий интересы клана маджертин/дарод. Здесь они впервые попытались создать исламский эмират. Конец этому начинанию положил лидер ДФСС Абдуллахи Юсуф Ахмед — непримиримый враг исламистов и нынешний президент Сомали.

В течение лета 1992 года шли ожесточенные бои. В итоге разгромленные исламисты ушли в район небольшого порта Лас Корей на спорной территории между Пунтлендом и Сомалилендом, но и там не смогли закрепиться. Наиболее стойкие сторонники джихада отправились на юг, к эфиопской границе, и обосновались в регионе Гедо, где еще раз попытались воплотить свою мечту в жизнь.

Здесь «Аль Итихад аль Исламия» сумело создать исламскую администрацию, которая в течение четырех лет демонстрировала остальному югу Сомали пример безопасной, но жестко управляемой территории. Наказания за преступления проводились публично, в том числе ампутации рук. Употребление местного легкого наркотика кат было запрещено, как и выращивание табака. Женщины были обязаны носить чадру. Полицию заменила исламская милиция. В школах преподавание велось на арабском языке{256}. Шариатский суд заменил действие традиционного закона хеер (на сомали значит договор). Однако такой радикальный шаг не усилил, а, напротив, более всего ослабил позиции исламистов. Хеер определяет внутренний уклад сомалийского общества. Он определяет статус совета старейшин клана, правила обсуждения важных вопросов, в которых участвует все взрослые мужчины клана или общины, взаимоотношения с соседями, например, все условия и размеры компенсации, связанные с кровной местью. Официальные законы и религия для большинства сомалийцев менее важны, чем хеер.

Жесткая позиция АИАИ отталкивала сомалийцев. Поэтому организация не нашла достаточного количества сторонников в борьбе за влияние в регионе Гедо с клановыми группировками, которые поддерживала соседняя Эфиопия. Эфиопские войска не раз предпринимали приграничные операции против баз АИАИ.

Решающий удар «Аль Итихад аль Исламия» был нанесен в августе 1996 года В ходе масштабной войсковой операции эфиопская армия разгромила все базы исламистов. Как позже утверждали в Аддис-Абебе, в штаб-квартире группировки в Луке были захвачены три грузовика с документами, подтверждающими связь «Аль Итихада» с «Аль Каидой». Однако опубликованы эти документы не были. Утверждалось также, что среди убитых и пленных было 26 человек несомалийского происхождения — пакистанцы, афганцы, арабы{257}.

На обломках АИАИ была создана другая организация «Джамаат аль Итисам БилльКитаб Ва Сунна» («Общество следования Корану и Сунне», которая, однако, уже не имела такого влияния. Бывшие члены АИАИ направили свои усилия в гуманитарную область — образование, юриспруденцию, здравоохранение, СМИ, социальные программы. Эфиопский политолог Медхан Тадессе утверждал, что «Аль Итихад аль Исламия» расставил своих людей на важные посты в бизнесе и политике{258}.

В связях с АИАИ обвиняли даже бывшего президента Сомали Абдикасима Салад Хасана.

И хотя АИАИ перестала существовать, из-за ее предполагаемой связи с «Аль Каидой», о ней, после взрыва американских посольств в Кении и Танзании в 1998 году, заговорили вновь.

АИАИ, безусловно, стала примером для создателей первых исламских судов. Первый исламский суд был в 1993 году основан в Могадишо, в старом районе Медина членами отколовшейся от «Аль Итихад» группировки «Аль Ансар эс Сунна»{259}. На следующий год шейх Али Дере из клана абгал/хавийя создал подобные суды и в северном районе Могадишо, однако их жесткие меры наказания испугали местное население. Тем не менее, их успехи в обеспечении безопасности в разоренном войной городе оказались столь очевидными, что у военных лидеров («полевых командиров») традиционных клановых группировок стали возникать опасения относительно постепенной утраты их собственного влияния среди населения подконтрольных территорий. Не без участия полевых командиров исламские суды в северном Могадишо в 1998 году были распущены. Но на месте закрытых вскоре появлялись новые.

Уже упоминавшийся нами полковник Авэйс основал исламский суд Ифка Халане (суды обычно назывались по месту района действия) в западном Могадишо и еще один в порту Мерка. С этого момента исламские суды стали появляться один за другим. В 2000 году их лидеры создали Совет осуществления шариата (СОШ). Суды имели свои отряды милиции, свои тюрьмы, проводили совместные боевые операции.

Президент Сомали Абдикассим Салад Хасан и созданное им в 2000 году Переходное национальное правительство (ПНП) пытались инкорпорировать суды в воссоздаваемую юридическую систему, а «судейские», в свою очередь, пытались реализовать свои амбиции с помощью нового правительства. Это стало одной из причин обвинения ПНП в сотрудничестве с исламистами. В новом парламенте был очень высок процент бывших или действующих представителей различных исламских организаций.

В мае 2004 году СОШ был переформирован в Высший совет Союза исламских судов Сомали (ВСИСС), который возглавил бывший военный лидер АИАИ шейх Хасан Дахир Авейс. Председателем Союза стал бывший учитель шейх Шериф Шейх Ахмед.