Операция заключалась в следующем. Еще с 1941 г. действовал организованный сотрудниками УНКВД по Хабаровскому краю (начальник управления комиссар ГБ 2 ранга С.А. Гоглидзе) в 50-ти километрах от Хабаровска рядом с маньчжурской границей «ложный закордон». Чекисты вербовали на советской пограничной заставе подозревавшихся в шпионаже местных жителей и якобы «переправляли» их через «границу» для разведывательной работы. Люди попадали на «маньчжурский пограничный полицейский пост» и оттуда — в «уездную японскую военную миссию». Там «белоэмигранты» в форме японской жандармерии (на самом деле бывшие сотрудники УНКВД Хабаровского края, ранее осужденные за нарушения социалистической законности на различные сроки заключения), пытали подозреваемых, выбивая из них признания в работе на НКВД. В роли начальника «уездной японской военной миссии» выступал японец Тамито, бывший агент разведки Квантунской армии, арестованный советскими пограничниками в 1937 г. и приговоренный в 1940 г. к расстрелу (замененному 10-ю годами тюрьмы). Эту ситуацию сотрудники КПК, расследовавшие дело в конце 50-х, определили так: «…будучи осужден советским судом за японский шпионаж, был послан на ложный закордон, где учинял допросы советским гражданам».

В итоге некоторые «шпионы» после пыток соглашались на сотрудничество с «японцами», после чего их переправляли на советскую территорию, где арестовывали уже как «японских шпионов». «Ложный закордон» просуществовал до конца 1949 года. Многие из побывавших там 148 человек были осуждены к различным срокам заключения (несколько человек расстреляли).

По материалам раследования КПК, Федотов позднее был признан едва ли не главным виновником. Из постановления Секретариата ЦК КПСС по делу «Ложного закордона»: «Федотов…лично руководил работой «Мельницы», докладывал о ней Берии и Меркулову, выполнял их поручения по применению «ЛЗ» в отношении ряда советских граждан. Вся переписка и отчеты Хабаровского Управления НКВД с Центром о работе «Мельницы» адресовались только на имя Федотова, минуя канцелярию. Ни одно мероприятие, связанное с использованием «ЛЗ» не проводилось без его санкции. Федотов лично настаивал перед бывшим руководством НКВД СССР о применении расстрела к ряду невиновных советских граждан».

Схожий характер имеют и показания арестованного в 1951 г. полковника Григория Майрановского, бывшего сотрудника лаборатории отдела оперативной техники МГБ СССР:

«В течение 1941–1943 гг. мною была разработана проблема по выявлению «откровенности» у подследственных лиц (заметим, о неудачно завершившихся изысканиях он предпочитает не упоминать — Авт.). Осуществление этой разработки было основано на теории физиологии И.П. Павлова о сущности процессов мышления, происходящих в центральной нервной системе (головного мозга), а именно — процессах возбуждения, торможения, которые в здоровом организме взаимно (диалектически) уравновешиваются.

Исходя из этого, мною был применен ряд препаратов, воздействующих то на тормозную деятельность, то на область возбуждения коры головного мозга, с подавлением и преобладанием то в одной, то в другой стороне процессов.

Эта работа бывшим тогда наркомом государственной безопасности В.Н. Меркуловым была поручена для проверки бывшему начальнику 2-го Главного управления МГБ СССР П.В. Федотову. Предложенная методика была проведена с моим участием на ряде подследственных лиц».

В марте 1946 г. после преобразования наркоматов в министерства генерал Федотов был утвержден начальником 2-го управления (с мая того же года -2-го Главного управления) МГБ, но уже 7 сентября 1946 г. освобожден от этой должности. В тот же день он был назначен заместителем министра и (по совместительству) начальником ПГУ (внешняя разведка) МГБ СССР (в оперативной переписке с резидентурами пользовался псевдонимом «Арнольдов»).

После объединения внешней и военной разведок Федотов 30 мая 1947 г. становится заместителем председателя Комитета информации при Совете Министров СССР, одновременно с 25 июня того же года — председателем Бюро по въездам и выездам из СССР при СМ СССР.

Комитет информации при Совете Министров СССР (Комитет № 4) был создан постановлением Совета Министров СССР № 1789-470сс от 30 мая 1947 г. В новую структуру вошли: Первое главное управление МГБ, ГРУ Генштаба Министерства вооруженных сил, а также разведывательные и информационные структуры ЦК ВКП(б), МИД и Министерства внешней торговли. Личный состав всех этих служб был сведен в единый аппарат, размещенный возле ВДНХ в зданиях, где когда-то работал Исполком Коминтерна.

Первым председателем КИ стал член Политбюро ЦК ВКП (б), заместитель председателя Совета министров, министр иностранных дел СССР В.М. Молотов (в записке Сталину в сентябре 1947 г. он предлагал в качестве задач КИ «срывать маски с антисоветской деятельности иностранных кругов, влиять на общественное мнение в других странах, компрометировать антисоветски настроенных политиков в иностранных правительствах»). Однако поскольку Молотов не был профессиональным разведчиком, то непосредственным руководителем КИ являлся его первый заместитель (с 30 мая 1947 по 24 августа 1949 г.) генерал-лейтенант Петр Васильевич Федотов. Первыми заместителями председателя по линии военной разведки были контр-адмирал Константин Константинович Родионов и генерал-полковник Федор Федотович Кузнецов.

Заместителями председателя были в разное время чекисты-разведчики: генерал-майор Павел Михайлович Журавлев, полковник Сергей Михайлович Федосеев, полковник Александр Михайлович Коротков, полковник Андрей Иванович Раина, генерал-майор Василий Михайлович Зарубин, военный разведчик генерал-лейтенант Леонтий Васильевич Онянов.

В структуру КИ входили следующие оперативные управления:

1-е управление — Англо-американское;

2-е управление — Европейское;

3-е управление — Ближнего и Дальнего Востока;

4-е управление — нелегальной разведки;

5-е управление — научно-технической разведки;

7-е управление — шифровальное;

Управление советников в странах народной демократии.

Помимо управлений в КИ было два самостоятельных направления: «ЕМ» (эмиграция) и «СК» (советские колонии за рубежом), и шесть функциональных отделов (оперативной техники, связи и т. д.).

Для руководства разведаппаратами за рубежом в КИ был введен так называемый институт Главных резидентов, в который, как правило, назначались послы или посланники. Первым таким Главным резидентом стал бывший сотрудник ИНО НКВД Александр Семенович Панюшкин. С ноября 1947 по июнь 1952 г. он был послом в США, являясь одновременно Главным резидентом внешней разведки в этой стране. Но если Панюшкин, как профессионал, соответствовал новой должности, то многие другие послы были просто некомпетентны в разведывательной работе. В результате резиденты внешней и военной разведок шли на многочисленные уловки, чтобы не информировать послов о проводимой ими работе. Кроме того, создание КИ увеличило поток бюрократических бумаг, что затрудняло процесс принятия решений. Таким образом, КИ оказался весьма неэффективной структурой.

Разумеется, такое положение не устраивало Генеральный штаб, который утверждал, что военной разведке в КИ отведено подчиненное положение. В результате, в конце 1948 г. министру вооруженных сил СССР Н.А. Булганину после продолжительных споров с В.М. Молотовым удалось вернуть военную разведку в состав Генерального штаба.