Цицианов успел собрать силы и достойно встретил противника. Во второй половине июля его войска нанесли несколько поражений главной персидской армии, заставив ее отступить за Араке. Тем временем отряд Завалишина, совершив переход морем, 15 августа начал бомбардировку Баку, вслед за тем осадил крепость и с суши. Но бакинский хан обратился за помощью к кубинскому хану, многочисленные отряды которого вскоре появились в тылу русских войск. Это заставило Завалишина снять осаду Баку и уйти в море.

Цицианов был очень огорчен этой неудачей. В конце 1805 года он с отрядом в 1600 штыков с 10 орудиями выступил в поход на Баку из Тифлиса. По пути следования, 25 декабря генерал принял присягу на верность России от ширванского хана Мустафы. В середине января русский отряд подошел к Баку, и Цицианов через посланца потребовал от его правителя Гуссейн-Кули-хана немедленной присяги России.

Начались переговоры. Хан их умышленно затягивал, выдвигая все новые условия. Наконец был назначен день сдачи Баку и присяги ее правителя России. Для церемонии хан пригласил генерала встретиться с ним у городских ворот для передачи символичных ключей от города. Доверившись его слову, 8 февраля 1806 года Цицианов с небольшой личной охраной поехал на встречу, во время которой и был предательски убит двоюродным братом хана Ибрагим-беком, который был завербован персами. Согласно легенде, в разгар переговоров он с двумя нукерами незаметно приблизился к генералу и сразил его ружейным выстрелом. Со стен крепости также по русским войскам раздались орудийные залпы. После этого стало понятно, что ни о какой мирной сдаче речи идти не может.

Генерал-майор И.И. Завалишин, принявший командование отрядом, не решился на ответные меры и отвел войска от Баку, посадил их на суда и вывез в Дагестан. Вскоре за свои нерешительные действия он был уволен из армии и назначен по гражданской части.

Тело Цицианова досталось врагам, которые над ним гнусно надругались. Голова и руки генерала были отсечены и отправлены к шаху в Тегеран, а само тело зарыто у ворот Бакинской крепости на утешение правоверных, которые могли плюнуть на его могилу проходя мимо. (В последующем, когда Баку было взято русскими, прах генерала Цицианова был предан погребению в местной армянской церкви, а спустя шесть лет перевезен в Тифлис и похоронен в Сионском соборе.) На надгробии были высечены слова: «Под сим монументом скрыты тленные останки Цицианова, коего слава переживет прах его».

Роль Цицианова в покорении Россией Южного Кавказа очень велика. К его приезду этот край состоял из раздробленных, «независимых», вассальных от Персии ханств, которые полукольцом охватывали с юга грузинские земли. Мингрелия и Имеретия тоже враждовали между собой и с Грузией, которую раздирали распри царевичей. Всего за три года Цицианов не только подчинил России эти земли, но и навел на них относительный порядок. При нем началось строительство Военно-Грузинской дороги с Кавказской линии в Грузию, возродился Владикавказ, учреждено регулярное почтовое сообщение по Военно-Грузинской дороге. Цицианов открыл первую в Тифлисе гимназию, в которой было начато обучение грамоте грузинских юношей.

Русские не простили коварства хану и летом вернулись под стены Баку. 8 июня части генерала С.А. Булгакова без боя заняли город, а через две недели перед войсками генерала Г.И. Глазенапа открылись ворота Дербента. В результате этого большая часть Юго-Восточного Кавказа оказалась занятой русскими войсками.

К лету 1806 года на Кавказе создалась «интересная» обстановка. При отсутствии главнокомандующего русские войска одерживали одну победу за другой. В Петербурге начали думать о том, кому следует повесить лавры. Но в связи с подготовкой к войне с Наполеоном выделить на Кавказ кого-либо из действующих военачальников оказалось сложно. Поэтому император принял решение «укрепить» Кавказский театр военных действий мудрым командующим — ранее уже известным нам генералом И.В. Гудовичем, который ради этого был вызван из отставки.

Пока Иван Васильевич совершал неблизкий путь из Петербурга в Тифлис, временное командование войсками Кавказского корпуса принял генерал-лейтенант Г.И. Глазенап. Он организовал торжественный прием нового командующего. При въезде в Тифлис того встретили лезгинские вожди, которые стояли на коленях и повешенными в знак покорности на шеях саблями.

Гудович воспринял действия Глазенапа как подрыв авторитета высшего командования. Он немедленно приказал прекратить наступательные действия, а затем добился отзыва инициативного генерала с Кавказа.

Новый главнокомандующий решил начать новую политику по отношению к Кавказу. Он потребовал от дагестанских правителей подтверждения присяги на верность России, обещая им большие блага. Наиболее благонадежные правители награждались воинскими чинами и соответствующим им денежным жалованьем. Так, карабахский Мехти-Кули-хан был произведен в генерал-майоры, шакинский Джапар-Кули-хан, ширванский Мустафа-хан, дербентский Меди-шамхал, талышский Мир-Мустафа-хан — в генерал-лейтенанты.

Гораздо труднее было достичь компромисса с чеченцами, не подчинявшимися единому правителю и постоянно тревоживших русские войска своими набегами. В конце ноября 1806 года Гудович приказал командующему войсками Кавказской линии генералу от инфантерии С.А. Булгакову совершить поход в Чечню для «наказания» непокорных горцев. Ему предписывалось щадить аулы, которые признали власть России и представили заложников, другие же «строго наказывать без всякой пощады». Для этого следовало, предварительно отрезать мятежные аулы от гор, «наказание простирать до того времени, пока они не дадут самых знатнейших аманатов и не дадут присяги на верноподданство его императорскому величеству».

Наступление на чеченцев началось 13 февраля 1807 года и велось одновременно по двум направлениям. Первый отряд численностью 4000 человек при 10 орудиях под командой Булгакова наступал со стороны Кизляра. Второй отряд генерал-лейтенанта Мусина-Пушкина, состоявший из 2600 солдат и казаков при 10 орудиях, от крепости Моздок двинулся вверх по реке Сунже. Третий отряд генерал-майора Ивелича, состоявший их 709 человек пехоты и казаков с 4 орудиями, выйдя из Владикавказа, 14 февраля соединился с отрядом Мусина-Пушкина. Соединенные отряды «после многих перестрелок и семи сражений в лесах и на полях, где карабулаки отчаянно защищались, за несколько дней наказали и совершенно покорили сии народы, положив на месте до 300 человек…»

После этого отряд Ивелича вернулся во Владикавказ, а Мусина-Пушкина в начале марта соединился с отрядом Булгакова. Переправившись через Аргун, русские войска подошли к деревне Шали, жители которой дали заложников и приняли присягу. Но жители окрестных горных аулов от присяги отказались. Для их усмирения был послан отряд из 750 солдат и 1500 казаков под командой генерал-майора Лихачева. Ему удалось вытеснить горцев из лесов и вынудить отступить в деревню Гребенчук. Там произошел кровопролитный бой, в котором чеченцы потеряли более 200 человек убитыми. Потери наступавшей стороны составили 59 человек убитыми и 105 ранеными.

При организации этой экспедиции Гудович попытался также использовать и кабардинцев. В Российском государственном военно-историческом архиве (фонд 846, опись 16, дело 6164) находится его письмо императору, в котором генерал писал: «имея целью поссорить между собой сии два народа, дабы через вражду их они могли сами себя со временем ослабить и сделать менее вредными без употребления против них силы оружия Вашего и.в.».