С начала эвакуации и вплоть до ее окончания практически единственную информационную поддержку командующему флотилией оказывал русский морской агент в Японии и Китае контр-адмирал Б.П. Дудоров, находившийся в Токио. Он смог договориться с американским послом в Японии о возможности принятия русских кораблей и беженцев в порту Манила на Филиппинах. В итоге адмирал Старк окончательно решил с большой частью кораблей идти в Манилу, сделав один заход в Шанхай на несколько дней. Там он рассчитывал устроить на стоянку мелкие корабли и катера и уволить ту часть личного состава флотилии, которая хотела попасть именно в Шанхай.

Из Фузана в Шанхай вышло 16 кораблей. 4 декабря во время шторма вместе со всем экипажем и пассажирами погиб охранный крейсер «Лейтенант Дыдымов». После короткой стоянки в Шанхае, во время которой с огромным трудом удалось привести в относительный порядок изношенные корабли и суда, а также списать на берег часть людей, 11 января 1923 г. корабли Сибирской флотилии вновь вышли в море. 16 января 1923 г. при переходе из Шанхая в Манилу в районе Пескадорских островов погибло, выскочив на мель, посыльное судно «Аякс». 23 января корабли Сибирской флотилии пришли на Филиппины.

В Манилу пришли десять кораблей: «Диомид», «Взрыватель», «Патрокл», «Свирь», «Улисс», «Илья Муромец», «Батарея», «Байкал», «Магнит» и «Парис». На первых семи кораблях на Филиппины прибыли 145 морских офицеров, 575 матросов, 113 женщин и 62 ребенка. До тридцати человек, записанных в команду, составляли мальчики от 13 до 14 лет. По прибытии кораблей команды построились и приветствовали американский флаг, американцы в свою очередь подняли русский флаг на стеньгах своих кораблей.

Характеризуя состояние флотилии к концу похода, адмирал Старк писал: «… флотилия исчерпала все свои силы… корабли по состоянию своих корпусов и механизмов, своей способности совершать походы, а личный состав, в массе все же недостаточно натренированный, находился в состоянии моральной и физической усталости. <…> Нельзя не отметить, однако, с гордостью, что иностранцы, осматривавшие наши корабли, поражались малыми размерами их и относительной изношенностью по сравнению с большим походом, сделанным нами от Владивостока, и не хотели верить цифрам пассажиров, перевезенных нами на этих кораблях по открытому морю».

Из беседы адмирала Старка с представителями американских властей выяснилось, что положение флотилии, несмотря на благожелательное отношение американцев, весьма неоднозначно. По американским законам интернирование кораблей было невозможно. Помощь флотилии могли оказать американский Красный Крест и местное общество на добровольных началах. Перед чинами флотилии и беженцами резко встала проблема трудоустройства. Климатические условия были крайне непривычны для русских людей. Сложно оказалось и организовать переезд всего личного состава и беженцев в Америку, так как по американским законам эмигранты должны были сами оплатить дорогу.

Через некоторое время американские власти решили ввиду приближения периода тайфунов погасить пары на кораблях и перевести их из Манилы в Олонгапо (бывшую испанскую военно-морскую базу в 68 милях к северу от Манилы). Личный состав русских кораблей признавался отдельной воинской частью (в дисциплинарном отношении) и подчинялся командиру военного порта. 27 марта 1923 г. командующий флотилией выпустил приказ № 134, в котором говорилось об окончании кампании и переходе кораблей в состояние долговременного хранения. После этого кормовые Андреевские флаги и гюйсы поднимались лишь по праздникам. Через некоторое время частично удалось решить проблему трудоустройства русских эмигрантов. 140 мужчин, 13 женщин и детей отправились на остров Минданао для работы на плантациях по сбору абаки (растения, волокна которого используются при изготовлении волокон для манильских тросов).

26 апреля 1923 г. из Вашингтона пришла телеграмма, в которой говорилось о согласии США на прием русских эмигрантов. Для оплаты виз было разрешено продать часть имущества (железо и медь) с кораблей, а также использовать оставшиеся в кассе флотилии деньги и средства от благотворительного концерта. В итоге беженцы смогли купить необходимые визы.

Но перед командованием флотилии оставалась масса нерешенных проблем. Не была ясна судьба 153 человек, находившихся на острове Минданао, повис в воздухе вопрос и о дальнейшей судьбе кораблей, за которые американцы не хотели нести ответственности. В итоге старшим по проведению эвакуации был назначен генерал-майор П.Г. Хейсканен, а адмиралу Старку пришлось остаться на Филиппинах. 24 мая 1923 г. 536 человек отправились в Америку на транспорте «Меррит», который прибыл в Сан-Франциско 1 июля.

На Филиппинах все еще оставались русские моряки, не прошедшие медицинскую комиссию перед эвакуацией, занятые охраной кораблей, а также лица, не успевшие вернуться с острова Минданао. С 23 мая Красный Крест прекратил снабжение флотилии продовольствием, а еще через четыре дня был ликвидирован лагерь в Олонгапо. Холостые моряки перебрались на корабли, семейные — на частные квартиры. Средства на жизнь и пропитание доставались русским эмигрантам с огромным трудом. За работы на кораблях, а также за пресную воду приходилось платить наличными деньгами. Группа офицеров во главе с капитанами 2-го ранга А.П. Ваксмутом и М.М. Кореневым пыталась организовать плантацию, но, увы, безуспешно. За время пребывания на Филиппинах из числа команд кораблей скончались матрос Блеткин и кондуктор Герасимов. Помимо необходимости поддержания кораблей флотилии в должном состоянии требовалось срочно эвакуировать людей с острова Минданао, проживавших там в трудных условиях и почти не получая денег за работу. Их удалось вывезти только после продажи первого корабля — канонерской лодки «Фарватер».

К 1 января 1924 г. в Олонгапо собралось более 200 человек. Для того, чтобы обеспечить их эвакуацию, адмирал Старк решил продавать корабли. В итоге одна часть кораблей и судов была продана, другая — брошена за негодностью. Финансовый и военно-политический отчет по деятельности Сибирской флотилии в 1921–1923 гг. адмирал Старк направил Великому князю Николаю Николаевичу (младшему), считавшемуся в кругах белой эмиграции претендентом на императорский престол. Большинство личного состава, кто как сумел, перебрались в Австралию, Новую Зеландию, США, Китай или Европу. Полтора десятка морских офицеров с флотилии Старка остались в Маниле, где организовали кают-компанию под председательством контр-адмирала В.В. Ковалевского. После Второй мировой войны они все перебрались в США.

Начиная с момента ухода Сибирской флотилии из Владивостока, руководство страны и командование Красной Армии и Флота уделяло пристальное внимание покинувшим Россию кораблям и людям. Это было связано прежде всего с двумя моментами: во-первых, после ухода Сибирской флотилии в составе Морских сил Дальнего Востока (МСДВ) практически не осталось никаких кораблей и судов; во-вторых — командование Красной Армии всерьез опасалось возможности высадки десанта на территорию Дальнего Востока с кораблей Сибирской флотилии при возможной поддержке Японии (тем более что, позиция недавних интервентов в отношении Советского государства была не вполне ясна, а дипломатические отношения с Японией были установлены лишь в 1925 г.). Предпринимались и неоднократные попытки вернуть корабли и суда (от воздействия на команды с помощью агитации до проектов силового решения вопроса), окончившиеся неудачно.