В ходе начавшихся в конце октября 1940 г. советско-германских торговых переговоров советская сторона указала на то, что значительные денежные суммы, принадлежащие республикам Прибалтики, находятся на клиринговых счетах в немецких банках и остаются не отоваренными Германией, а германские фирмы отказываются вернуть полученные авансы. Только по военным заказам немецкие фирмы получили от стран Прибалтики авансов на сумму в 8,208 млн марок. Всего же общие претензии стран Прибалтики составляли 84,2 млн марок (Эстония – 10,194 млн, Латвия – 15,714 млн, Литва – 58,3 млн). Со своей стороны Германия заявляла, что республики Прибалтики сами являются должниками, а общие германские претензии к этим странам составляют 174,003 млн марок (Эстония – 73,361 млн, Латвия – 63,242 млн, Литва – 37,4 млн)[1967]. В итоге переговоры зашли в тупик и стороны были вынуждены вернуться к согласованию своих позиций по дипломатическим каналам.

5 и 20 ноября германская сторона вновь настаивала на полной компенсации за имущество немецких переселенцев из Прибалтики, а советская сторона опять указала на то, что она пошла на уступку самим фактом переговоров о компенсации. Кроме того, германская сторона просила продлить до 15 января 1941 г. деятельность германских консульств в Таллине, Риге и Каунасе[1968]. 25 ноября 1940 г. германская сторона настаивала на выплате советской стороной компенсации по имущественным претензиям в Прибалтике в течение 12–18 месяцев. Всего Германия рассчитывала получить около 315 млн марок (без учета советских претензий). В ответ советская сторона согласилась обсудить вопрос о паушальной сумме. Вновь напомнив о том, что для Германии СССР сделал исключение из принципа не компенсировать национализированное имущество, Молотов предложил на выбор два варианта решения этого вопроса. В случае выплаты компенсации в течение 1 года увеличить ее размер с 10 до 15 % для лиц немецкой национальности и с 20 до 25 % для германских граждан. Соответственно при рассрочке выплат до 3, 6 или 10 лет сумма компенсации возрастала для лиц немецкой национальности до 25, 35 или 40 %, а для германских граждан до 35, 45 или 50 %. Естественно, германская сторона настаивала на предложенной ею паушальной сумме, а советская – старалась снизить ее размер, напоминая, что на территории Германии также остается имущество переселенцев в СССР, что требует его учета при определении паушальной суммы[1969]. 28 ноября советская сторона заявила о готовности принять германские претензии по всем странам Прибалтики в размере 200 млн, но с учетом советских контрпретензий в размере 50 млн марок, готова заплатить Германии 150 млн марок в течение 2 лет равными частями[1970]. В донесении в Берлин германские дипломаты охарактеризовали этот шаг Москвы «как неожиданное доказательство доброй воли Советского Союза. Предложение Молотова по возмещению имущественных претензий в Прибалтике значительно превосходит наши ожидания»[1971].

12 декабря Германия согласилась с этим советским предложением, но просила разрешение учитывать эти платежи в расчетах по торговому соглашению и передала советской стороне проект соответствующего соглашения[1972]. В ходе новой встречи с Шуленбургом 18 декабря Молотов вручил ему советский проект соглашения по имущественным претензиям, отметив, что в него не включены требования о возврате судов Эстонии и Латвии, задержанных немцами в контролируемых ими портах. Этот вопрос Москва оставила открытым и высказалась против включения выплат по имущественным претензиям в счет экономического соглашения. 19 декабря Молотов сообщил германским дипломатам пожелание советской стороны подписать соглашение по имущественным претензиям одновременно с торговым договором[1973]. 21 декабря германская сторона уведомила Москву о принятии советского проекта соглашения о паушальной сумме и просила подписать его до Рождества. Кроме того, германская сторона просила увеличить срок переселения немцев из Прибалтики. Советская сторона не возражала против этого и предложила подписать одновременно 4 соглашения: торговое, о паушальной сумме, о переселении и о пограничных взаимоотношениях на бывшей литовско-германской границе. Германские дипломаты попытались отклонить необходимость быстрого подписания двух последних соглашений, но Молотов настаивал на своем предложении[1974]. Одновременно 21 декабря советский полпред в Берлине В.Г. Деканозов в беседе с И. фон Риббентропом поставил вопрос о демаркации литовского участка советско-германской границы, но германский министр иностранных дел сослался на нерешенность вопроса о «кусочке» Литвы, до разрешения которого не имеет смысла демаркировать границу[1975].

29 декабря германская сторона заявила СССР, что желает получить в качестве компенсации за «кусочек» литовской территории товаров на сумму в 13 млн долларов. Однако советская сторона заявила о неприемлемости для нее данной суммы[1976]. 2 января 1941 г. советская сторона заявила Германии о готовности увеличить сумму компенсации за «кусочек» Литвы до 31,5 млн марок и выплатить ее в течение 2 лет[1977]. Со своей стороны Берлин в качестве компенсации настаивал на дополнительных советских поставках цветных металлов, но Москва заявила, что «уже обещанные в экономическом соглашении цветные металлы должны будут браться из национальных резервов, а поставка еще большего числа будет затруднительна». Тем не менее, германское правительство старалось добиться единовременной поставки цветных металлов или было согласно принять половину этой суммы в золоте, а вторую – поставками цветных металлов. 8 января советская сторона предложила два варианта решения вопроса о компенсации. Первый вариант предусматривал уплату всей суммы в золоте, путем взаимных расчетов с вычетом из суммы германских платежей. Второй вариант предусматривал поставки цветных металлов на 1/8 суммы в течение 3 месяцев и плату 7/8 суммы золотом путем вычета из германских платежей СССР. В итоге Берлин согласился на второе решение, и 10 января Шуленбург и Молотов подписали в Москве договор о советско-германской границе от р. Игорка до Балтийского моря, который подтверждал передачу Мемеля Германии и ее отказ от каких-либо новых притязаний на территорию Литовской ССР[1978].