Основной урожай ячменя и пшеницы-двузернянки получали с полей, только что удобренных илом и почти не требующих подготовки; затем на них выращивали овощи, бобы, лен, фрукты (хлопок не выращивался в больших объемах вплоть до 1820-х гг.), это был так называемый второй урожай года, который требовал более интенсивного труда и полива. Ирригация осуществлялась вручную, с помощью ведер, привязанных к коромыслу на плечах, пока в период Нового царства (ок. 1550–1069 гг. до н. э.) не изобрели гиадуф. Это подвешенный на столбе деревянный шест, на одном конце которого находится ведро, а на другом — перевес; шадуф позволял крестьянам поднимать воду из реки или канала, прилагая гораздо меньше физических усилий. Шадуф можно увидеть в действии и в современном Египте, хотя по большей части его вытеснили архимедов винт (танбур) в V веке до н. э., а затем водяное колесо (сакийя) двумя столетиями позже. Сакийя была самым крупным шагом вперед, который открыл новые земли для сельского хозяйства, поскольку этот инструмент обеспечил значительно большие и стабильные поставки воды для ирригации, что дало крестьянам возможность заняться другими делами, пока животные вращают колесо.

Древняя оросительная система с использованием шадуфа, введенная в Египте более 3500 лет назад и все еще действующая

Во времена фараонов зерно жали весной, используя каменные или металлические серпы, молотили его, прогоняя скот по срезанным колосьям, а веяли, подбрасывая зерно маленькими деревянными лопатами, чтобы ветром унесло мякину. После просеивания зерно использовали для производства хлеба и пива — краеугольных камней египетского рациона питания — либо отправляли на хранение. Регулярные, тщательно составленные описи земли и ее производительности составлялись в целях налогообложения, налоги собирали продуктами, причем весьма жестко. Нилометры, найденные в Дендерах, Иене, Эдфу (Идфу), Ком-Омбо, Элефантине и Филе, использовались для измерения высоты нильских паводков, чтобы предсказать урожай зерновых, а также, вероятно, для предварительного определения размера налогов. Подъем на семь-восемь ярдов считался идеальным, но слишком высокий или низкий уровень мог нанести сокрушительный удар по экономике страны. Сельскохозяйственный год представлял собой «медленный» период при разливе, когда работы почти не было; это позволяло фараонам привлекать крестьян для осуществления отработки (трудового налога) в пользу государства: так обеспечивались возведение монументальных зданий, горные разработки, а также военные кампании.

Занимая более двух третей общей площади страны, Западная пустыня простирается от западных пределов долины Нила до прямой, словно прочерченной по линейке, границы с Ливией и Суданом — оттуда безлюдные равнины тянутся на сотни миль, поскольку все это — часть гигантского пустынного пояса Северной Африки. Несмотря на практически полное отсутствие дождей, Западная пустыня содержит довольно много воды: во впадинах существуют артезианские источники и обычные колодцы. Цепочка этих впадин образует серию из пяти главных оазисов: Сива, Бахарийя, Фарафра, Дахла и Харга; они протянулись с северо-запада на юго-восток, между ними есть мелкие колодцы и источники, сделавшие этот регион доступным для людей еще в доисторические времена, а также обеспечившие миграцию между Нилом и внутренними районами пустыни.

Сама пустыня представляет собой огромное известняковое плато, медленно повышающееся к югу на 1500 футов (450 м) и там соединяющееся с другой, Нубийской платформой из песчаника. На юго-западе равнина переходит в плато Гильф-Кебир, в высшей точке достигающее 3000 футов (900 м), за которым следует еще более высокий массив — Джебел-Увейнат, уходящий на территорию Судана и Ливии. Посреди монотонного пейзажа возникают необычные геологические образования, самым примечательным из них является волнообразное, словно океан, пространство золотых песчаных дюн, охватывающее солончаки впадины Каттара и опускающиеся на 300 футов (90 м) в районе Великого Песчаного моря вдоль ливийской границы. А на север от оазиса Фарафра находится так называемая Белая пустыня — загадочное скопление кристаллов кальцита, выступающих из песка подобием диковинных скульптур, обработанных и сформированных ветром.

По другую сторону Нила находится Восточная пустыня — каменистый и гористый регион, прорезанный глубокими долинами-вади, которые остаются сухими большую часть года, но после редких ливней по ним в сторону Нила или Красного моря устремляются потоки воды. Цепь высоких гор протянулась вдоль побережья Красного моря, многие пики превышают 4000 футов, и самым высоким из них является Джебел Шайиб эль-Банат — 7175 футов (2187 м). Массив состоит из вулканических и метаморфных скал, которые с доисторических времен служат источником сырья и ценных минералов, таких как кремень, гнейс, гранит, диорит, кварцит, песчаник и порфир. Древние торговые пути тянулись по негостеприимной местности, следуя за глубоко прорезанными ущельями и горными проходами наподобие Вади Хаммамет — важнейшего связующего звена между Нилом и Красным морем.

Синайский полуостров представляет собой треугольник между Суэцким заливом и Суэцким каналом на западе и заливом Акаба и пустыней Негев на востоке; это часть той же геологической системы, что и Восточная пустыня. Южная оконечность заполнена нагромождением острых как нож пиков, включая величайшие горы Египта — гору Св. Екатерины (8668 футов или 2642 м) и гору Синай (7497 футов или 2285 м), библейские пики, на одной из которых Моисей получил скрижали с Десятью заповедями. Северная часть полуострова менее гористая, но не менее суровая, это продуваемая всеми ветрами пустынная равнина, покрытая песком и гравием, пересеченная каменистыми котлованами и пересохшими руслами водных потоков, редкими скоплениями холмов и обнажениями горных пород. Вдоль побережья тянутся песчаные дюны и соляные болота, среди которых можно обнаружить пунктирную линию колодцев со свежей водой — от Египта до Ближнего Востока. Синай — нечто большее, чем торговый коридор, он буквально пропитан историей, мифами и памятью о древних войнах. По этому пути шли израильтяне в поисках Земли Обетованной, здесь проходили христиане и мусульмане; много раз полуостров становился ареной сражений, целью которых было защитить Египет.

Климат Египта соответствует преобладанию пустыни на территории страны. В целом, погода там сухая и жаркая летом (с мая по сентябрь), прохладная и мягкая зимой (с ноября по март) и солнечная на протяжении всего года. На севере жара и засуха немного смягчаются влиянием Средиземного моря, а большая часть осадков приходится на Александрию — около 180 мм в год, дожди выпадают обычно зимой и в межсезонье. Летом жара и духота в сочетании с высокой влажностью просто невыносимы, но зимой может быть довольно холодно, сыро и ветрено.