В 1578 году началась очередная война с Ираном. По легенде, Мурад III спросил приближенных, какая война из всех, имевших место в правление Сулеймана I, была самой тяжелой. Узнав, что это была иранская кампания, Мурад задумал превзойти знаменитого деда и действительно осуществил свое желание.

Имея значительное численное и техническое превосходство над противником, османская армия добилась ряда успехов: в 1579 году были оккупированы Грузия и Армения, в 1580 году – южное и западное побережье Каспийского моря. В 1585 году были разбиты основные силы иранской армии и занят Азербайджан. Согласно Константинопольскому мирному договору с Ираном, заключенному в 1590 году, к Османской империи перешли большая часть Азербайджана, в том числе бывшая иранская столица Тебриз, все Закавказье, Курдистан, Луристан и Хузестан.

Несмотря на столь значительные территориальные приращения, война привела к ослаблению османской армии, понесшей большие потери, и подрыву финансов страны (военное дело, как известно, очень затратно). Мурад III оставил все государственные дела на попечение опытного царедворца Соколу Мехмеда-паши, который в качестве великого визиря служил уже третьему султану. Этот талантливый государственный деятель и полководец встретил свою смерть 12 декабря 1579 года на заседании государственного совета-Дивана от руки простого кавалериста-сипаха, которого он лишил его земельного владения – лена.

После смерти Соколу Мурад III за шестнадцать лет сменил десять великих визирей. Частая смена чиновничьих кадров являлась частью общей нестабильности в аппарате управления Османской империи, последовавшей за смертью Соколу Мехмеда-паши, и свидетельствовала о начале упадка государства, управление которым он твердо держал в своих руках, пока был жив и возглавлял правительство. По этому поводу венецианский посол Маффео Веньер заметил в своем донесении дожу:

«После смерти Великого визиря Соколу Мехмеда турецкая добродетель сошла в могилу».

Правил Мурад достаточно долго – почти 21 год. Все это время мать была его главной советчицей и помощницей: в 1578 году (после смерти Михримах Султан, дочери Сулеймана Великолепного и Хюррем, руководящей гаремом дворца Топкапы более двадцати лет с момента смерти своей матери) Нурбану Султан встала во главе гарема Топкапы, она имела безграничную власть вплоть до своей смерти в 1583 году. Султан Мурад прислушивался к советам матери, венецианский дипломат Паоло Контарини писал об этом в донесении дожу:

«…мать Султана Мурада Нурбану Султан была тем человеком при Османском дворе, на советы которого Мурад полагался больше всего. Мурад строил свою политику главным образом на советах своей матери, потому что ему кажется, что никто другой не даст совета столь мудро и преданно, как это делает она, отсюда и почтение, которое он ей оказывает, и уважение, которое он питает к ее необычным качествам и добродетелям».

Смерть Нурбану была серьезным ударом для Мурада: безутешный султан устроил матери такие пышные похороны, что об их размахе заговорил весь мир. Сразу после того, как тело Нурбану Султан было предано земле, Мурад III приказал одному из самых известных архитекторов и инженеров Османской империи Синану построить мечеть в честь матери. Прекрасная мечеть Аттик Валиде Джами своим великолепием едва ли не превосходит Сулеймание Джами – мечеть имени султана Сулеймана, построенную также Синаном.

Перед смертью Нурбану Султан дала своему сыну советы, о которых посол в Константинополе Джан Франческо Морозини писал:

«…Все единодушно признают, что она была женщиной, объединявшей в себе необычайное великодушие, мужество и мудрость. Советы султану, данные им его матерью, касались настоящего правления и содержали в себе столько благоразумия и осмотрительности, что можно было подумать, будто они исходят от искусного, умного и очень опытного государственного деятеля. Мать советовала Мураду вершить правосудие незамедлительно, но при этом быть справедливым к своим подданным, изживать свою жадность к золоту, а самое главное – посматривать за своим сыном Мехмедом».

Пока Нурбану Султан была жива, хасеки Сафие Султан не имела особой власти. Опираясь на поддержку своих дочерей, Нурбану старалась свести на нет влияние Сафие на Мурада, убеждая сына взять в гарем других женщин. Она лично покупала и дарила ему красивейших невольниц со всех концов света, однако все потуги Валиде-султан в этом направлении особого успеха не имели. Венецианский посол Джанфранческо Моросини отмечал в этой связи:

Похороны Нурбану, миниатюра, 1592 г. Советы Нурбану сыну-султану, «содержали столько благоразумия и осмотрительности, что можно было подумать, будто они исходят от искусного, умного и очень опытного государственного деятеля…»

«Несмотря на то что его [Мурада] окружали прелестные женщины, полученные им в качестве подарков от разных людей, он игнорировал свою мать и сестер, когда те упрашивали его общаться с другими женщинами. Он любил ее [Сафие] так сильно, что они не могли поколебать его помыслов».

Осенью 1594 года Мурад III почувствовал себя плохо: дала о себе знать его почечнокаменная болезнь. В январе 1595 года султан Мурад скончался, не дожив до своего 50-летнего юбилея, а на престол Османской империи взошел его сын Мехмед, рожденный Сафие: еще одной невольницей, ставшей законной супругой султана. Раввин Соломон, бывавший при дворе и составляющий донесения для английского посла, писал:

«Мехмед добрался до Стамбула 28 января и проследовал прямиком во дворец Топкапы. Там он сразу же отправился в гарем, чтобы навестить свою мать Сафие, которую он не видел двенадцать лет с тех пор, как оставил Стамбул. Она отвела его к телу отца, которое, скорее всего, находилось в том же погребе со льдом, в котором двадцать одним годом ранее хранился труп Селима II. Затем Мехмед явился в Тронный зал, где его уже ждали Ферхад-паша и все остальные визири и сановники, которые засвидетельствовали ему свое почтение и по очереди подходили к его руке. После этого его официально возвели на престол в качестве нового султана Мехмеда III.

На следующий день Мурада III похоронили рядом с могилой его отца Селима в саду у мечети Айя София, где Мехмед III повелел воздвигнуть мавзолей. Его повеление выполнил архитектор Давут-ага. Памятник будет сделан и украшен самым роскошным мрамором, подобно памятникам другим монархам».

Сафие Султан, фаворитка Мурада III и мать Мехмеда III, стала после смерти Нурбану Султан одной из важнейших фигур в Османской империи. Венецианка по происхождению, София Баффо, возможно, была близкой родственницей Нурбану Султан. Молоденькую красавицу-рабыню подарила Мураду одна из его кузин. В гареме девушка получила новое имя Сафие и на долгие годы стала единственной возлюбленной султана. Как свидетельствуют османские источники, Мурад не женился на Софие официально, однако везде (даже в трудах крупнейшего османского историка Мустафы Али) эта яркая, мудрая и харизматичная женщина фигурирует как жена султана. Посол Джан Франческо Морозини писал в 1585 году: