Постепенно Щегловитов приобретает опыт и повышается в чинах. Все отмечают его старательность, даже основательность во всем, за что бы он ни брался, а также блестящие способности и великолепную теоретическую подготовку. Он сумел проявить себя не только хорошим организатором работы, но и блестящим судебным оратором. Запоминающуюся обвинительную речь он произнес по крупному уголовному процессу о подлоге духовного завещания миллионера Грибанова.

Современники отмечали, что в те годы Щегловитов «чтил Судебные уставы и возражал против нажима на суд». Именно по его инициативе министр юстиции издал даже циркуляр о праве присяжных заседателей ходатайствовать об облегчении участи осужденных.

В молодости Щегловитов «не чужд был и свободолюбивых речей». Ему приходилось давать заключения по самым разнообразным делам, причем их содержательная часть всегда отличалась высоким профессионализмом, основательностью и глубиной, что отмечал даже такой требовательный юрист, каковым был А. Ф. Кони. Последнему, например, очень понравилось заключение Щегловитова по делу Семёнова, в котором обер-прокурор убедительно разъяснил, что в уголовном процессе слова «виновен» и «совершил» – не синонимы.

Будучи обер-прокурором Правительствующего сената, Щегловитов выполнил ряд ответственных поручений первостепенной важности, чем обратил на себя внимание Высочайшего двора. Ему было доверено выполнение прокурорских обязанностей в Особом присутствии Правительствующего сената по так называемому «Делу о злодеянии, жертвой коего пал великий князь Сергей Александрович».

Обвинительный акт был составлен Щегловитовым 23 марта 1905 года. «Злоумышленником» оказался И. П. Каляев, член боевой организации партии социалистов-революционеров. Каляева осудили и приговорили к смертной казни через повешение. Выслушав приговор, он заявил: «Я счастлив вашим приговором и надеюсь, что вы исполните его надо мною так же открыто и всенародно, как я исполнил приговор партии. Учитесь мужественно смотреть в глаза надвигающейся революции». Казнь состоялась в ночь на 10 мая 1905 года в Шлиссельбургской крепости. Пройдет время, и Щегловитов наверняка не раз вспомнит и казнь Александра Ульянова, и слова Каляева.

Иван Еригорьевич с восторгом воспринял известие о подписании государем Манифеста от 17 октября 1905 года и искренне приветствовал начавшееся в империи преобразование государственного аппарата, созыв первой Государственной думы. Он даже участвовал в выработке некоторых последовавших вслед за Манифестом законодательных актов, в частности указа от 21 октября, «даровавшего» облегчение всем государственным преступникам, или, как их стали тогда называть, «пострадавшим за деятельность в предшествующий период».

24 апреля 1906 года Щегловитов назначается министром юстиции и генерал-прокурором. На этой высокой должности оставался девять лет, несмотря на частую смену председателей Совета министров. Ему одновременно были вверены посты статс-секретаря императора, члена Государственного совета и сенатора.

Назначение Щегловитова вызвало неоднозначную реакцию. У одних сдержанную, у других – откровенно враждебную. С. Ю. Витте писал впоследствии: «Это самое ужасное назначение из всех назначений министров после моего ухода, в течение этих последних лет и до настоящего времени. Щегловитов, можно сказать, уничтожил суд».

Если в молодости И. Г. Щегловитов ратовал за судебную независимость, приветствовал демократические преобразования, то теперь, утвердившись в должности министра юстиции и генерал-прокурора, он, по словам современников, «круто повернул вправо». Он перестал считаться с принципом несменяемости судей и судебных следователей, зачастую изгонял со своих мест неугодных ему судебных работников и прокуроров, а на руководящие должности подбирал людей «более твердых, более монархически настроенных».

На одном из заседаний Государственной думы Щегловитов сказал: «Тяжелые годы смуты и политического шатания возлагали на Министерство юстиции сугубые обязанности ограждения русского суда от засорения всем тем, что отражает в себе колеблющееся, меняющееся общественное движение и настроение и партийные вожделения. Между тем общее политическое шатание не может не коснуться суда, как ни прискорбно это явление. Волны бушующих политических страстей докатились и до святой храмины правосудия…

Нападки на меня не смущают, они бледнеют и гаснут перед величием лежащей на мне обязанности охранить тот храм, который именуется храмом правосудия, во всей чистоте». Однако очевидно было, что Щегловитов уже не чувствует себя не только проводником законов и их исполнителем, но считает себя вправе относиться к нему избирательно, решая, что целесообразно в сложившейся ситуации, а что нет.

Деятельность Щегловитова подвергалась критике со всех сторон. Социал-революционеры, считая Щегловитова главным проводником репрессий в стране, вынесли ему смертный приговор и долгое время «охотились» за ним, но все их попытки не увенчались успехом.

По мнению современников, щегловитовская юстиция самым печальным образом отразилась на деятельности тогдашнего суда. Никогда еще со времени введения Судебных уставов 1864 года судебные установления не падали так низко в общественном мнении. Современник считал, что при нем «вплоть до Сената судебные учреждения насквозь пропитались угодливостью, разлагающей все устои правосудия».

С именем Щегловитова прочно связано и так называемое одиозное дело Бейлиса, который в конце концов оказался оправданным, несмотря на все подлоги и подтасовки.

В июле 1915 года, под давлением демократических кругов, император вынужден был отправить Щегловитова в отставку с поста министра юстиции (сохранив ему остальные должности). Однако вскоре он опять возвысился. В январе 1917 года Шегловитову довелось стать последним царским председателем Государственного совета.

Февральская революция застала председателя Государственного совета Щегловитова врасплох. Он был арестован одним из первых. Иван Григорьевич не пытался ни сопротивляться, ни скрыться, а сразу же беспрекословно подчинился победителям. Арест происходил так. В первый же день революции, днем, на квартиру Щегловитова заявился никому не известный студент, типичный представитель выплеснутой на улицу революционной массы, который привел с собой нескольких вооруженных людей. От имени революционного народа он объявил Щегловитова арестованным. Его вывели на улицу в чем захватили – в одном сюртуке, не дав даже накинуть пальто или шубу, хотя мороз на улице был изрядный. Так и провели его без одежды до здания Государственной думы, по хорошо известному ему маршруту. Юрист и законник, он не мог не понимать, что творится самое настоящее беззаконие и произвол, но подчинился беспрекословно, словно понимая, что время законов прошло и настало время произвола и жестокой силы.

Щегловитова ввели в Екатерининский зал. Там, сконфуженный и растерянный, красный от холода, а возможно и от волнения, высокий ростом, он был похож на затравленного зверя. Ему предложили стул, и он сел. Кто-то дал папиросу, которую он закурил. Находившиеся в зале люди с любопытством разглядывали некогда грозного министра юстиции и руководителя царской прокуратуры. Теперь он никому не был страшен.