Отъезд в Севастополь вице-адмирала Чухнина был задержан до получения указаний от управляющего морским министерством, аудиенции у императора и у генерал-адмирала. В тот же день, 15 июня, шифрованной телеграммой управляющего морским министерством вице-адмиралу Кригеру было приказано срочно идти «со всей эскадрой и минными судами» в Одессу, тотчас же предложить команде броненосца сдаться и, если последует отказ, «немедленно… дабы не дать возможности „Потёмкину“ успеть открыть огонь по городу и судам, потопить броненосец двумя минами миноносцев… Спасающуюся команду „Потёмкина“, если будет сопротивление, расстреливать».

Одновременно управляющий морским министерством направил срочную телеграмму старшему флагману Черноморской флотской дивизии вице-адмиралу Кригеру: «Следуйте немедленно со всей эскадрой и минными судами в Одессу. Предложите команде „Потёмкина“ покориться, если получите отказ, то немедленно потопите броненосец двумя минами с миноносцев, которые приготовить раньше, дабы не дать возможности „Потёмкину“ успеть открыть огонь по городу и судам. Спасающуюся команду „Потёмкина“, если будет сопротивляться, расстреливать, а остальных сдавать командующему войсками для заключения под стражу».

Утром 16 июня командующий Черноморским флотом вице-адмирал Чухнин, находившийся в Петербурге, был вызван к царю для личной беседы. Содержание её неизвестно. Вероятно, царь настаивал на скорейшем подавлении мятежа. Затем Чухнин сразу же выехал на Черноморский флот. В тот же день Севастополь, Николаев и Эриванская губерния были объявлены на военном положении.

Телеграмма Севастопольского градоначальника товарищу министра внутренних дел, 16 июня 4 ч. 30 м. дня: «В введении военного положения необходимости нет. Наружное настроение команд флота, оставшихся в Севастополе до тысячи человек, по моим наблюдениям опасений не внушает. Внутреннее же неизвестно. Остальные в плавании с адмиралом Кригером. По отношении первых приняты меры. Откликов событий в Одессе не замечается. Организованный наружный надзор градоначальства ослаблен беспричинным выбытием в Херсон прибывших казаков, возвращение коих необходимо. Нежелательное прибытие команды „Потёмкина“ в Севастополь вызовет неизбежное общение гражданами и сочувствие находящихся городе морских команд. Этот случай может вызвать необходимость временного введения положения усиленной охраны».

Вице-адмирал Кригер начал срочно готовить эскадру к походу. Он требует от начальника учебного отряда срочно отослать в распоряжение младшего флагмана эскадры контр-адмирала Вишневецкого четыре «самых исправных миноносца». С кораблей списали на берег часть неблагонадёжных матросов. Например, с «Георгия Победоносца» списали 22 человека. По воспоминаниям матроса Волгина, на броненосце «Двенадцать Апостолов» «сознательных матросов» осталось 5–7% от всей команды. В Севастополе решено было оставить лишь наиболее старые броненосцы «Чесма» и «Екатерина II». Одновременно весь учебный отряд под началом контр-адмирала Писаревского переходит из Камышёвой бухты на севастопольский рейд, чтобы прикрыть вход в бухту от возможного прорыва «Потёмкина».

Во втором часу ночи 16 июня, закончив спешную приёмку боеприпасов, воды и топлива, в море выходит передовой отряд контр-адмирала Вишневецкого. В кильватерной колонне курсом норд-вест 49° идут эскадренные броненосцы: «Три Святителя», «Георгий Победоносец», «Двенадцать Апостолов», минный крейсер «Казарский» и миноносцы № 255, 258, 272, 273. По расчётам Кригера, следуя 12-узловой скоростью, отряд должен подойти к Одессе около 15 часов 30 минут 16 июня. Когда севастопольские равелины остаются далеко за кормой, команды кораблей строятся на шканцах и им объявляется о цели похода, зачитывается приказ вице-адмирала Кригера. «Я со своей стороны, — объявил он в приказе, — совершенно не имею в виду нападать на „Потёмкин“ вооружённою силою и тем увеличивать срам, и приму все меры благоразумия к миролюбивому прекращению беспорядков, что уменьшит вину команды „Потёмкина“ и ослабит ей наказание». Все выглядели подавленными: и матросы, и офицеры.

Однако Вишневецкий решил сразу не идти к Одессе. По-видимому, он не хотел оказаться у Одессы вечером, когда в наступающей темноте можно было упустить «Потёмкин». Подход к Одессе был им вполне логично отложен до следующего утра. Поэтому Вишневецкий дошёл до Тендры, где на ночь встал на якорь, приказав выдвинуть на двадцать миль три линии дозоров из миноносцев, а два миноносца отправить на разведку к Одессе. При этом корабли находились в полной готовности к бою с погашенными огнями и давлением во всех котлах. На кораблях Вишневецкого усиленно готовились к возможному завтрашнему бою.

До сих пор историками не изучен вопрос об избранной мятежниками тактике встречи правительственной эскадры. Фельдман в своих мемуарах пишет, что он предлагал остановить её на горизонте, передав приказ стать на якорь, затем послать миноноску для ареста офицеров, а встретив отказ, открыть огонь по кораблям. При этом ему возражали другие члены комиссии во главе с Березовским. Они были уверены, что эскадра первой не будет стрелять в «Потёмкин», а если только «Потёмкин» откроет огонь, то тогда и эскадра его тоже откроет. Каким был итог совещания, неизвестно, вполне возможно, что никаким. В своих воспоминаниях Березовский почему-то обошёл этот немаловажный вопрос молчанием. Поручик Коваленко и матрос Перелыгин в своих воспоминаниях пишут, что настаивали на неоткрытии огня. Фельдман же утверждает, что прошло его предложение, хотя впоследствии он якобы и понял его ошибочность. Кроме всего прочего, Фельдман и Березовский якобы придумали особую «военную хитрость»… вызвать на борт адмирала. «Комиссия рассчитывала, — вспоминал Фельдман, — что это требование вызовет негодование адмирала и заставит его отдать приказ стрелять по „Потёмкину“, что неизбежно должно было вызвать восстание на кораблях эскадры». Удивительно, но Фельдман, сам того не понимая, хвастается придуманной им провокацией!

По воспоминаниям Коваленко и показаниям врача Галенко, комиссия решила начать бой только в случае явно враждебных действий эскадры, а если исход боя окажется роковым для «Потёмкина», взорвать броненосец и погибнуть вместе с ним. «Такое решение, — рассказывает Коваленко, — сейчас же было сообщено всей команде, которая единодушно одобрила его». В последнем я весьма сомневаюсь, желания погибать за идеи революции команда «Потёмкина» не выказывала ни в прошлом, ни тем более в будущем. Могли быть красивые слова, но не более того. О настроении потёмкинцев перед возможным боем лучше всего говорят факты, а они таковы. Серьёзный инцидент произошёл со старшим врачом «Потёмкина» Галенко, который в преддверии возможного боя с эскадрой вместе с санитарами перебрался на портовое судно «Веху» и забрал с собой все медикаменты. Доктора и медикаменты вернули силой. Историки признают и тот факт, что перед выходом в море сверхсрочники-кондукторы попробовали вызвать панику среди новобранцев, но их попытки успеха не имели. Таким образом, можно говорить о начале достаточно серьёзных волнений в команде и её окончательном разделении на тех, кто не желал продолжения мятежа — часть команды во главе с кондукторами, и другую часть во главе с Матюшенко и его одесскими подельниками.

И. Лычёв вспоминает: «Было решено не открывать огня первыми. И это решение, явившееся следствием нашей общей неправильной тактики, было ошибочно». На самом же деле это было, вероятно, одно из немногих вполне разумных решений, принятых на «Потёмкине» за все дни мятежа.