Хубилай обошелся с императорской семьей довольно вежливо. Хотя он изъял у бывших правителей Сун часть императорских одеяний, короны, нефритовые императорские регалии, драгоценности и другие сокровища, но при этом не проявил особой злопамятности. Он пожаловал низложенному императору Сяню титул «князя Ин» и предоставил молодому человеку возможность жить в роскоши, к которой тот привык с младенчества. В конечном итоге Сянь был отправлен в изгнание в Тибет и в 1296 г. принял монашество. Хубилай обещал обращаться столь же милостиво и благосклонно со всеми сунскими чиновниками и простым народом. Он объявил прощение всем покорившимся его власти и приказал оказывать уважение конфуцианцам, буддистам и даосам. Он провозгласил правительственную поддержку вдовам, сиротам и бездетным старикам. Тем самым он давал понять, что не допустит разграбления недавно завоеванных земель. Напротив, он будет проводить на юге такую же политику, которой следовал на севере, чтобы восстановить опустошенные войной области и способствовать экономическому росту и развитию.

Рассказ из официальной летописи династии Юань, достоверность которого трудно установить, доносит до читателя тот образ отношения к свергнутым сунским правителям, который желали создать Хубилай и его жена Чаби. После приема у Хубилая вдовствующей императрице Се и императрице Цюань были предоставлены резиденции в Даду (современном Пекине). Двое их слуг — Чжу и Чэнь — повесились, не в силах видеть унижение, которому подверглись их госпожи. Хубилай, взбешенный и, возможно, обеспокоенный этими самоубийствами, приказал выставить их тела и повесить их головы в покоях императрицы Цюань. Чаби была возмущена проявлением такого варварства и потребовала, чтобы императрице Цюань и вдовствующей императрице Се было дозволено вернуться в Южный Китай. Хубилай, пристыженный упреками жены, тем не менее, ответил, что отпустить императриц на юг будет неразумно, так как китайские лоялисты устроят беспорядки, которые поставят под угрозу их безопасность. Вместо этого Хубилай предложил оставить их в Даду и пообещал, что им будет обеспечен хороший уход. Чаби взяла на себя заботу о их нуждах и, по-видимому, была с ними весьма обходительна. Вдовствующая императрица Се прожила в Даду до самой своей смерти в 1282 или 1283 г., а императрица Цюань ушла в буддийский монастырь, где и скончалась после 1296 г. Подобное внимание к сунской императорской семье неизмеримо повышало репутацию монгольских правителей.

Несмотря на захват Ханчжоу, война еще не закончилась. Получив известие о падении столицы, сунские лоялисты, бежавшие в южные области страны, 14 июня 1276 г. собрались в Фучжоу на церемонию коронации 7-летнего императора Ши (1268-1278), старшего сводного брата плененного императора Сяня. Таким образом, на трон взошел еще один ребенок, и именно в то время, когда империи требовался властный, энергичный правитель. Общее управление страной взял в свои руки Чэнь Ичжун, а важнейшие посты заняли Чжан Шицзе, Вэнь Тяньсян и Лу Сюфу (1238-1279). Все четверо стремились к единоличной власти, и не было высшей силы, способной направлять и сдерживать их устремления. Следствием борьбы стало изгнание Лу Сюфу, осмелившегося поставить под сомнение правильность проводимой Чэнем политики. Так как оставшиеся высшие чины так и не могли придти к согласию между собой, прочие сановники, уставшие от их междоусобиц, начали толпами перебегать к монголам. Например, сунский военачальник Ся Гуй, перешел на сторону монголов вместе с тремя крупными и шестью малыми префектурами и 36 округами в восточной области Хуайнань, граничившей с монгольскими владениями. Отсутствие единства подрывало доверие к Сун со стороны простого населения.

Такая разобщенность способствовала быстрому продвижению монгольских войск в южном направлении. Покорение юго-западных областей империи Сун было доверено уйгуру Ариг-Хайя. Имея под своим началом 30000 человек, в июле 1276 г. он двинулся к современной провинции Гуанси. По дороге он захватил Чанша, и к апрелю 1277 г. вступил в северные районы Гуанси. Очевидно, он хорошо запомнил наставления Хубилая, поскольку уже через несколько дней после того, как его войска заняли Гуанси, он установил гражданскую администрацию и устремил свои силы на восстановление экономики. Между тем на востоке монгольские войска под командованием Соду продолжали преследовать остатки императорской семьи, добравшись до самого южного побережья. Из порта Чучжоу, который он захватил в конце 1275 г., Соду быстро двинулся на юг. К концу 1276 г. его войска начали собираться вокруг города Фучжоу, в котором совсем недавно искал убежища император Ши. Когда монгольская армия была на расстоянии всего нескольких дней пути, высшие сановники Сун решили вновь обратиться в бегство. Они отвергали саму мысль о капитуляции. Выйдя в море, они поплыли на юг и высадились в оживленном порту Цюаньчжоу.

По прибытии они вступили в переговоры с Пу Шоугэном, замечательным человеком, занимавшим пост Управляющего Морской Торговлей в Цюаньчжоу. Происходивший из рода богатых арабских купцов, осевших в Гуанчжоу, Пу был назначен Управляющим Морской Торговлей в Цюаньчжоу в благодарность за помощь, которую он оказал в успешной борьбе с пиратами, разорявшими город. Его положение предоставляло ему множество возможностей для обогащения. Благосостояние Пу росло за счет подарков от благодарных купцов и чиновников, а также взяток и казенных средств, которые он присваивал. Его власть и богатство придавали ему особое значение в глазах Хубилая и императорской семьи. Обе стороны стремились заручиться его поддержкой, в том числе и потому, что Пу располагал кораблями, которые должны были весьма пригодиться в морской войне. Когда сунские лоялисты прибыли в Цюаньчжоу, то первым делом потребовали лодок и припасов, но Пу нашел их слишком высокомерными и заносчивыми. Они требовали, а не просили. Обуздав свой гнев, он пригласил их задержаться в Цюаньчжоу. Одновременно он все больше склонялся к монголам. Однако Чжан Шицзе и другие сунские советники с подозрением относились к Пу, сомневаясь в его преданности. Как отмечает один исследователь, «вполне вероятно, приглашая императора вступить в город, Пу Шоугэн замышлял взять его под стражу». Поэтому в начале 1277 г. сунские лоялисты бежали из Цюаньчжоу. К апрелю, если не раньше, Пу принял окончательное решение вступить в сотрудничество с монголами и послал ко двору Хубилаю извещение о своих намерениях. Хубилай был очень обрадован этим известием, так как переход Пу на монгольскую сторону значительно усиливал его флот. Он отблагодарил чиновника-араба, назначив его военным командующим провинций Минь (современный Фуцзянь) и Гуан (современный Гуандун). Тем самым Хубилай обеспечил за собой корабли, находившиеся в распоряжении Пу. В том же году Пу довелось оказался в затруднительном положении, поскольку Чжан Шицзе собрал большой флот и блокировал порт Цюаньчжоу. Однако через два месяца Хубилай отправил к Пу подкрепления, и Чжан был вынужден отступить на юг.

Сунские лоялисты продолжали вести жизнь беглецов. Выехав из Цюаньчжоу, они странствовали из одного порта в другой, сначала остановившись в Чаочжоу, а затем перебравшись в Хуэйчжоу. Большую часть 1277 года они провели в Гуанчжоу. Однако они нигде не находили безопасного убежища. Соду неумолимо преследовал поставленную перед ним задачу уничтожить остатки сунского двора. Встречая сопротивление, он подавлял его катапультами и другими военными машинами, построенными мусульманскими инженерами. В ноябре 1277 г. он попытался завязать переговоры, но Чжан Шидзе наотрез отказался выслушивать какие-либо предложения. Получив отказ, Соду атаковал и захватил Гуанчжоу, а к февралю 1278 г. его войска вступили в Чаочжоу. Вновь обратившись в бегство, 6 января 1278 г. сунский двор попал в сильный шторм. Императорский корабль затонул, а императору и Чжан Шицзе чудом удалось спастись. Измученный постоянными переездами, потрясениями, сменой климата и мест, юный болезненный император скончался 8 мая 1278 г., накануне своего десятого дня рождения.