Пока резиденция великого магистра находилась в Акконе, а сам он жил в Средиземноморье или в Германии, прусскую ветвь ордена и тамошнюю административную систему возглавлял ландмейстер. Роль главной резиденции ордена играл Эльбинг. В Кульмской земле, управляемой настоятелем-комтуром, орденом было образовано множество мелких комтурств, территории которых совпадали с прежним (действовавшим при польских правителях) делением. В самой Пруссии комтурства либо примыкали к Ногате, как Мариенбург и Кристбург, либо простирались от побережья до границы с Мазовией по всей ширине территории. Так, комтурства Эльбинг, Бальга, Бранденбург и Кенигсберг узкими и длинными полосами тянулись в глубь страны, а их административные центры располагались на побережье. Поэтому на юге понадобилось создать еще несколько комтурств. Наконец, и те комтурства, что были созданы на Мемеле — Мемель и Рагнит — обрели свою водную артерию. Сами комтурства, в свою очередь, делились на более мелкие территориально-административные единицы, подвластные фогтам, и далее (или параллельно) на попечительские и лесные службы. В каждом комтурстве в замке была резиденция конвента, состоявшего как минимум из 12 братьев, по числу апостолов. Такие замки, весьма немалых размеров, выполняли одновременно две функции — крепости и монастыря; крепости поменьше предназначались для менее значимых административных задач и служили скорее военным целям.

И вот эта весьма четкая и ясная система, которая, конечно же, подчинялась уставу и основывалась на значительной децентрализации самого ордена и его административного аппарата, была нарушена образованием в Пруссии четырех епископств. В 1234 году ордену дано было имя святого Петра, и, как было обещано курией, в 1243 году папский легат разделил Пруссию на четыре епископства. Так появились: Кульмское епископство, занимавшее особое место, поскольку именно здесь трудился первый епископ-миссионер Кристиан; резиденция епископа находилась в Кульме, а кафедральный собор в Кульмзе; здесь же проходил соборный капитул; Помезанское епископство, названное так в соответствии с одной из областей Пруссии (к востоку от Вислы и к северу от Оссы), с резиденцией епископа в Ризенбурге и кафедральным собором в Мариенбурге; Эрмландское епископство с кафедральным собором во Фрауэнбурге и, наконец, Самландское епископство с кафедральным собором в Кенигсберге и резиденцией епископа в Фишхаузене. Теперь внутреннее деление орденских земель определялось еще и тем, что каждый епископ получал треть епископства, в котором он нес службу, в качестве самостоятельного владения, отдавая в свою очередь треть своему соборному капитулу. Столь монолитное внешне орденское государство внутри состояло из множества мелких владений, которые выполняли две основные государственные функции — внешнеполитическую и военную — и, разумеется, подчинялись ордену. «Монолитность» государства сохранялась еще и потому, что три из четырех соборных капитулов входили в состав ордена, а каноники и избранные ими епископы принадлежали к числу братьев. Из этой системы выпадало лишь Эрмландское епископство. Часть епископства, по форме напоминавшая клин, узким концом выходила на побережье залива Фришес-Хафф, а широким простиралась в глубь материка; эта территория представляла собой угрозу целостности прусского государства и в 1466 году действительно вышла из его состава. Таким образом, единство прусского государства основывалось не только на сплоченности ордена; как и на более поздних этапах, многое определялось неизменностью его установок, а также общностью интересов, благодаря которой в условиях изменившейся административной схемы сохранялось весьма эффективное (хотя более никак не закрепленное) внутреннее равновесие.

XIII век вошел в историю ордена как век завоевания и обращения Пруссии в христианскую веру. Главным образом тогда границы орденских земель к востоку от Вислы приобрели свои очертания, сохранившиеся позднее в германском государстве. Когда была выполнена та задача, ради которой орден начал борьбу за Пруссию, когда пруссы были обращены в христианство и устоялась структура орденского государства, потребовалось заполнить эту структуру изнутри немецким народом, а затем упорядочить ее отношения с соседями.

Вновь обретенное жизненное пространство заполнялось переселенцами из старых германских земель. Большинство городов было основано еще в XIII веке. Но возникшие тогда же деревни и поместья серьезно пострадали от восстаний пруссов. Крестьянское население начало прибывать в Пруссию лишь к концу века, и уже через несколько десятков лет его численность достигла здесь своего максимума.

Завершая формирование и укрепление своих границ, а также внутреннее структурирование, орденское государство включалось и в окружающее его политическое пространство. Висла и соседние области поставили перед орденским государством первые внешнеполитические задачи; лишь в XIV веке Пруссия начала по-настоящему включаться в прибалтийские политические споры.

Согласно идее орденского государства у него не могло быть иной внешнеполитической задачи, кроме покорения язычников и обращения их в христианство. Но вполне естественно, что, как только оформились границы прусского государства ордена, главным для него стало собственное право на жизнь, которым оно и руководствовалось, развиваясь с учетом соотношения политических сил в окружающем его пространстве. Поэтому, кроме служения идее, для ордена важна была и его миссионерская политика, направленная теперь уже против язычников-литовцев, политика власти, которая ни в коей мере не противоречила сущности государства, а значит, и государственной конструкции орденских земель. В XIV веке обе формы внешней политики успешно сосуществовали, в значительной степени дополняя друг друга, однако так и не слились воедино. Вот эта двойственность политики ордена, в конце концов, и возымела свои трагические последствия. Следуя своему миссионерскому долгу, орден вел борьбу с Литвой, но одновременно включился и в политические споры с Польшей; в результате два столь разных врага орденского государства кинулись в объятия друг друга.

Конфликт с Польшей развивался постепенно. В XIII веке польское государство состояло из нескольких раздробленных, особенно в Силезии, феодальных княжеств, управляемых князьями из рода Пястов, которых связывали родственные узы и права собственности. Одним из таких мелких князей был Конрад Мазовецкий, обратившийся к ордену за помощью в борьбе с пруссами. К концу XIII века в Польше опять усилились объединительные тенденции. Владислав Локетек способствовал сплочению государства, в 1320 году он провозгласил себя королем и начал с завидным энтузиазмом и, кстати, весьма успешно восстанавливать великодержавность Польши, которую она и в самом деле обрела уже при его сыне, Казимире Великом. Правда, для этого Польше пришлось отказаться от силезских княжеств, ставших леном богемских королей, и от притязаний на Помереллию, которая в 1308–1309 годах была присоединена к орденскому государству.

Вначале орденское государство проявляло дружеские чувства по отношению к польским княжествам и весьма четкое неприятие по отношению к независимому княжеству Восточной Померании, или Помереллии, расположенному к западу от нижнего течения Вислы, с центром в Данциге, которое в штыки встретило оборонительные намерения Польши и к тому же нашло союзника в лице мятежных пруссов. На дальнейший ход событий повлияло то, что в это же самое время бранденбургские маркграфы стали усиленно расширять свои границы в восточном направлении и, преодолев реку Одер, подступили к Балтийскому морю. Последний князь из дома Самборидов Мествин II признал ленную зависимость от Аскании всей Восточной Померании, за исключением области вокруг Диршау, которую он затем передал в дар великопольскому князю Пшемыслу как своему наследнику, а его правопреемником был его сын Владислав Локетек. Мествин умер, не оставив детей, и на его наследство претендовали Бранденбург и Польша. Польша втянула в эту борьбу и Немецкий орден. В 1308–1309 годах орден вступил с ней в беспощадную схватку за землю и выкупил права на Асканию, осуществив, таким образом, завоевание не без соблюдения формальностей.