Началась война, и оказалось, что не только дока, но и рабочих рук в крепости катастрофически не хватало. Более дешевые для казны рабочие-китайцы (еще одна гримаса "экономии") покинули мастерские порта и от полного паралича ремонта флот был спасен лишь благодаря рабочему отряду Балтийского завода. Его 113 квалифицированных рабочих во главе с корабельным инженером Н.Н. Кутейниковым (сын Н.Е. Кутейникова) успели добраться до Порт-Артура 16 марта — задолго до перерыва сообщения с крепостью. Им и пришлось выручать с ремонтом незадачливое и беззаботное портовое начальство.

Но материалов не хватало, а неурядиц было в избытке, и с исправлением "Паллады" в доковых условиях смогли справиться лишь по истечению двух месяцев. Броненосцы же пришлось ремонтировать и вовсе дедовским способом — с помощью тут же в порту сооружавшихся кессонов. Идущая от древних водолазных колоколов, конструкция кессона для ремонта обретала вид открытого и жесткого кармана-пристройки, прилегающего к поврежденным борту или днищу. Воду откачивали, и в кессон спускались рабочие. Таким способом в 1880 и 1885 гг. были исправлены повреждения корпусов императорской яхты (поповки) "Ливадия" в Ферроле и корвета "Витязь" в Петербурге. Так что способ, вопреки тому, что иногда пишут, изобретать не потребовалось.

Но рутина прежней неторопливо-экономной организации с постоянной нехваткой инструмента, материалов и рабочих ставила препятствия на каждом шагу. Как записывал 1 февраля в своем дневнике П.А. Федоров, "постройка кессона продвигается, но тихо". Так являл себя главный синдром порт-артурских начальников: они не хотели во все вникать.

На корабле тем временем трюмные под руководством П.А. Федорова, используя деревянные клинья, цемент и свинец, работали в воде в периоды отливов, когда часть борта обнажалась. Надо было прежде всего заделать трещину в жилой палубе. Деятельную помощь в работах оказывала группа младшего механика В.К. Корзуна. П.А. Федоров сумел преодолеть рутинный настрой начальства на распределение георгиевских крестов, выделенных на корабль, по "жребию". Награды за свои действительные подвиги получили хозяева трюмных отсеков Петрухов, Буянов и Любашевский. Себя механик к награде не представлял, а командиру это в голову не пришло. Ход мысли бюрократического ума был, надо думать, весьма прост — как можно награждать офицера за исполнение своего долга? Да и не в обычае было отмечать наградами офицеров второго сорта, к которым относили механиков. Лишь пример Варяга", когда награжден был весь экипаж без исключения, слегка пошатнул стену барского отношения к ним.

Но люди трудились, движимые высоким велением долга и собственного спасения. Ценой неимоверных усилий удалось, заделав палубу и откачивая воду, уменьшить осадку корабля на 0,6–0,9 м.

Беды, однако, не отступались. 14 февраля пронесшимся над портом крылом тайфуна "Цесаревич" сорвало с мели и понесло вокруг бочки. Оказавшийся на пути "Аскольд" и "Новик" спасла лишь молниеносная реакция их вахтенных начальников — они успели отдать команды потравить якорь-цепи. В этот же день к борту все еще стоявшего в проходе "Ретвизана" подают краном первый только что изготовленный кессон. Но он при осушении начал деформироваться, и его в полуоткаченном состоянии хватило только на то, чтобы перевести корабль из прохода в гавань. Здесь кессон стал заполняться водой и кораблю, чтобы удержаться на плаву пришлось, дав ход, носом выброситься на отмель. В прилив, вода покрывала палубу, вплотную подступая к башне. Того же приходилось бояться и "Цесаревичу".

Но 16 февраля на нем удалось полностью герметизировать и осушить отсек подбашенного отделения. 19 февраля водолаз Тихомиров извлек из затопленного отсека тело погибшего Афиногена Жукова. На корабле провели сбор денег для оказания материальной помощи его семье. Обычая посмертного награждения героев тогда еще не существовало.

Кессон для “Цесаревича"

17 марта П.А. Федоров сделал в дневнике заметку по поводу начальственной "социальной" справедливости: "как по трафарету на всех трех кораблях: "Цесаревич", "Ретвизан", "Пал-ладу" старшим офицерам Станислава 2-й степени, старшим механикам Св. Анны 2-й степени, трюмным механикам Станислава 3-й степени". О том же впоследствии писал механику его прежний сослуживец В.К. Пилкин: "Наверное, и Вам было обидно видеть, насколько произвольно были распределены награды на "Цесаревиче". Чем при этом руководствовались — совершенно непонятно". Лишь после войны, едва ли не по общему ходатайству офицеров, состоялось решение о заслуженной механиком георгиевской награде.

Продолжая обследовать помещения арсенала и рулевого отделения, водолаз обнаружил и шесть сломанных задраек от разделявшей эти помещения водонепроницаемой двери. Так подтверждался подвиг Афиногена Жукова, успевшего, как полагалось, задраить дверь и тем остановить распространение воды. Взамен сорванной с задраек двери П.А. Федоров и старший офицер Д.П. Шумов предложили изготовить и с помощью водолаза установить закладной (из брусьев) пластырь. Но расчет на полное осушение рулевого отделения не оправдался. Вода опустилась только на 2.4 м, где-то еще была течь.

Особо осложняла работы сложная конфигурация борта с выкружками для выхода гребных валов. Подгонка кессона к борту требовалась ювелирная. Устанавливать его начали 5 марта (то есть только на подготовку работ потеряли более месяца), а окончательно закрепили (пришлось его несколько сдвинуть вдоль корпуса) к 16 марта.

С.О. Макаров, прибывший 24 февраля в Порт-Артур в качестве командующего флотом, и 27 февраля докладывающий наместнику об обстановке, отмечал, что "исправление судов из-за недостатка надлежащих средств в порту идет мало успешно". Признать пришлось и тот горький факт, что "техника наша значительно слабее неприятельской, что тяжелым образом сказывается на тактических свойствах эскадры и на работах по исправлению судов". Необходимость тратить силы на преодоление множества неполадок технического и организационного свойства (особенно поражен был адмирал безумным расточительством угля, которого некоторые корабли даже на якоре сжигали до 23 т в сутки) сильно мешает, писал адмирал, решению главной задачи — повышению боеспособности флота.

Погруженность в ремонтные заботы не освобождала "Цесаревич" от участия в порт-артурской пока что лишь оборонительной страде. За счет бездействовавшего броненосца начали пополнять некомплект на других кораблях. На "Петропавловск" перешел младший артиллерийский офицер мичман Б.О. Шишко. С броненосцем он погиб при катастрофе 31 марта. На катера "Цесаревича"(из-за их привязанности к стоянке в порту) были возложены первые опыты только еще организовывавшегося по инициативе С.О. Макарова траления рейда от мин засорявших его японских миноносцев. В продолжении осады и тралении участвовали (сведения из труда МГШ, т. 2, с. 337) офицеры "Цесаревича" капитан 1 ранга Иванов, лейтенанты Драгичевич-Никшич, Щетинин, Зельгейм, мичманы Леонтьев, Бабицын, Гадд, барон Фитингоф.

Регулярно выходили катера и в сторожевые цепи на рейд. В ночь отражения первой попытки японцев закупорить эскадру в гавани лейтенант Н.Н. Азарьев вместе с двумя также вызвавшимися охотниками лейтенантом М.А. Кедровым и мичманом Г.С. Пилсудским по заданию С.О. Макарова высадились на сбившийся с курса и выбросившийся на мель японский брандер. Офицеры- успели перерезать проводники от заложенной в угольных ямах "адских машинок", потушили пожар, лишив ориентировки японские миноносцы. Пушки, снятые с брандера, передали на береговые батареи.