На своих тридцати шести заседаниях, которые проходили под председательством государя, «Негласный комитет» обсуждал вопросы внешней политики, отношения с Грузией, задачи тайной полиции, вопрос о казаках, вопросы военного обучения и, прежде всего, вопросы общего образования и реформу высшей школы. При этом были использованы некоторые идеи Лагарпа. Павел Александрович Строганов защищал и отстаивал систему начального образования, которая, как и во Франции, находила своё продолжение в форме дальнейшего специального образования. Был создан «Школьный комитет», который, в конце концов, был преобразован в «Ведомство по надзору за школой» во главе с П. В. Заводовским; однако вместо того, чтобы осуществлять прогрессивные реформы, Заводовский проявил себя, подобно «тормозной колодке». Граф Павел Александрович Строганов сухо заметил в одном из писем своему двоюродному брату Новосильцеву: «В области образования мы продвигаемся очень медленно. Господь создал мир за шесть дней, а на седьмой день уже отдыхал. Наш же министр не только ничего не делает в течение шести дней, но и на седьмой день устраивает себе отдых».

«Негласный комитет» реформировал сенат и министерства, которые были учреждены вместо «коллегий», созданных Петром Великим. Совет определил задачи государственного совета и комитета министров. Граф Павел Александрович Строганов придерживался точки зрения, что этот комитет будет лишним, параллельно действующим вредным административным органом. По его мнению, «министры должны обладать действительной властью и нести ответственность за свои действия. Комитет же министров снимает всякую личную ответственность, большинство его членов выражает волю этого комитета, которая ограничивает неприкосновенную волю монарха». К мнению графа Строганова прислушивались, подобный комитет не был создан в качестве самостоятельного органа, тем не менее через некоторое время этот комитет всё же возник, и Градовский в 1880 году заметил то, что предвещал Павел Александрович Строганов: «Этот комитет освободил отдельных министров от всякой личной ответственности».

Были утверждены полномочия сената, его значение усилилось. Члены «Негласного комитета» поставили свои далеко идущие реформы под твёрдый контроль центральной авторитетной власти, однако их честные старания улучшить положение дел в стране постоянно сдерживались колебаниями Александра, которые были частично связаны с чрезвычайными сообщениями полиции о возможных беспорядках. Граф Павел Александрович Строганов писал:

Вместо освобождения крестьян был введён в действие указ от 3 февраля 1803 года о «вольных хлебопашцах», сословии, которое существовало ещё до Бориса Годунова. В соответствии с компромиссным предложением Румянцева в указ был добавлен дополнительный пункт, который выражал требование о наделении надлежащих лиц подобающим земельным владением. «Негласный комитет» с самого начала намечал полное освобождение крестьян, однако такое освобождение осуществилось лишь в прибалтийских странах.

Половинчатое решение вопроса об общинной собственности «мира» привело к бездействию всех необходимых структур и экономическому застою.

Страх перед потрясением социальной структуры государства удержал Александра I от принятия окончательного решения.

Интерес государя к внутриполитическим вопросам становился всё меньше и меньше, все его мысли были направлены на международные проблемы, Александр стал им уделять всё больше внимания. Соблазн предпринять против Наполеона ответный шаг был велик. Кроме того, таким образом он мог избавиться от тяжёлых по своим последствиям решений, которые ему хотел навязать «Негласный комитет».

На заседании комитета 22 января 1802 года Строганов и Чарторыйский со всей решительностью заявили:

«Настало время положить конец властолюбивым проискам Франции, ибо мы в состоянии нанести ей большие потери, чем она нам».

Государь, однако, придерживался той точки зрения, что Тройственный союз будет держать Наполеона под контролем и окажет полезное влияние на европейскую политику.

Заседанием девятого ноября 1803 года существование «Несогласного комитета» без лишнего шума закончилось, он прекратил свою деятельность.

Граф Кочубей был назначен министром внутренних дел, его трое друзей стали заместителями министров, графа Павла Александровича Строганова назначили через некоторое время заместителем министра юстиции, он находился в подчинении Кочубея и Новосильцева; в этом ведомстве он проявил себя особенно полезным деятелем. Чарторыйский стал заместителем государственного казначея: в скором времени он заменил заболевшего графа Воронцова на посту министра иностранных дел. Это назначение вызвало в общественных и придворных кругах большое недовольство, так как Чарторыйский стремился во что бы то ни стало восстановить польское королевство, причём значительно раньше, чем это сделает французский король. Другой любимец государя, князь Пётр Петрович Долгорукий, который был послан в Берлин, чтобы побудить короля Фридриха Вильгельма III заключить союз с Россией и выступить вместе на поле боя против Франции, открыто выступил с нападками на Чарторыйского: «В ваших словах чувствуется польский князь, а мне любы русские князья. Мы с Вами придерживаемся разных взглядов». Александр не вмешивался в их отношения.

В 1804 году государь написал графу Павлу Александровичу Строганову ответ на письмо графа, в котором Павел Александрович отказался от наград, которые государь пожаловал ему:

Между тем в Санкт-Петербург прибыл Алексей Андреевич Аракчеев. Государь его знал ещё по Гатчине. Это была мрачная личность, с собачьей преданностью служившая Александру I и оказывавшая на государя всё большее влияние.

В 1804 году государь направил Новосильцева Чрезвычайным и Полномочным Посланником в Лондон. Остальные друзья Александра I, за исключением Кочубея, сопровождали государя во время похода 1805 года и второго декабря были с ним при поражении русской армии под Аустерлицем. Против полководцев-союзников, которым было далеко за шестьдесят, а некоторым и за восемьдесят, и которые поэтому не привыкли к новому ведению войны, к его быстроте и большой подвижности, сражались отважные молодые генералы Наполеона. Александр I отверг мудрый совет Кутузова не бросать вызова Наполеону и не простил ему правильного взгляда на эту войну. Россия потеряла двадцать пять тысяч человек. Её союзники называли эту потерю небольшим кровопусканием, но для Александра это был тяжёлый удар.