По мнению некоторых исследователей, мощное воздействие на царя оказало сплоченное масонское братство. Выбор масонами Кутузова не был случайным – полководец занимал высокое место в ордене. Наполеона же русские вольные каменщики считали «злом, одетым в броню». Уступая голосу армии и общества, Александр I возвел 68-летнего Михаила Илларионовича в княжеское достоинство и назначил главнокомандующим русской армией. 23 августа 1812 года Кутузов выехал в войска.

Назначение прославленного генерала рязрядило то крайнее напряжение в армии, которое постоянно возрастало с каждым шагом ее отступления. Хотя, и это естественно, были и недовольные назначением. Даже П. И. Багратион вопреки сложившимся в исторической литературе представлениям о чуть ли не идиллических отношениях с Кутузовым в конфиденциальных письмах к особо доверенным лицам весьма недружелюбно высказывался на сей счет. Ростопчину он писал о новом главнокомандующем: «…Если особенного повеления он не имеет, чтобы наступать, я вас уверяю, что тоже приведет к вам, как и Барклай…»

Кутузов действительно всецело одобрил стратегию Барклая – его распоряжения по существу лишь подтверждали распоряжения предшественника. Прибыв 29 августа в Царево-Займище и обходя почетный караул, главнокомандующий сказал громко: «Ну как можно отступать с такими молодцами!» Весть об этих словах быстро разнеслась в войсках. Солдаты радовались: «Приехал Кутузов бить французов!» Однако 30 августа армия получила приказ отступать. Опытный полководец понимал, что войска, прошедшие с боями более 800 километров, нуждались в отдыхе и пополнениях.

Ударом для Михаила Илларионовича стало то обстоятельство, что резервов, о которых ему говорили в Военном министерстве и на которые он возлагал большие надежды, в действительности не оказалось. До Москвы оставалось всего 150 км, а численно превосходившие и наседавшие со всех сторон войска Наполеона не давали возможности оторваться. Кутузов, видимо, пришел к мысли, что сорвать наступательный порыв Великой армии может лишь ее вступление в Москву. Реально оценивая положение, русский полководец менее всего желал начинать решительное сражение. Однако он вынужден был считаться с настроениями армии, общества и императора. Местом великой битвы стало Бородинское поле. Избранная позиция защищала основные пути, ведущие к Москве. Ее фланги хорошо прикрывались рекой Москвой и полосой лесов, реки и овраги, находившиеся с фронта, ограничивали маневрирование французской армии. Русские же инженерные войска за день до битвы возвели четыре моста через овраги, устроили пятнадцать спусков и могли быстро перебрасывать войска с фланга на фланг. В отношении численности войск, принимавших участие в сражении, назывались и называются разные данные. Думается, что близкими к истине являются цифры: 116 тысяч строевых солдат (с казаками и ополченцами свыше 150 тысяч), с 640 орудиями – у русских и 134 тысячи (в том числе 15 тысяч нестроевых солдат) с 587 орудиями – у французов.

Однако планы русского полководца чуть было не перечеркнул московский генерал-губернатор Ф. В. Ростопчин, вынашивавший планы предать Москву пламени перед вступлением в нее французских войск. Уверенный в том, что без боя город не сдадут, генерал-губернатор не имел времени для подготовки «всеобщего пожара». Однако уже вечером 14 сентября в разных частях города начались пожары. Москва горела целую неделю. Вместе с пожаром начались грабежи и мародерство, бороться с которыми Наполеон и его маршалы оказались не в состоянии. Пока горела древняя столица, пока бесчинствовали на ее улицах французские солдаты, русская армия совершила свой знаменитый тарутинский марш-маневр и заняла очень выгодную по отношению к войскам Наполеона позицию. В Тарутине воины Кутузова отдыхали, копили силы. Михаил Илларионович, получивший за Бородинскую битву чин генерал-фельдмаршала, взял в свои руки руководство комплектованием армии. Он решил создавать резервы по родам войск – по пехоте, кавалерии, артиллерии – в Арзамасе, Муроме и Нижнем Новгороде. 24 пехотных батальона формировались в Ярославле. К 17 октября общая численность армии составляла уже 120 тысяч человек.

В это же время фельдмаршал вел «малую войну» с французскими захватчиками силами ополченских, армейских и крестьянских партизанских отрядов. Этот период войны связан с именами Д. В. Давыдова. А. С. Фигнера, А. Н. Сеславина, И. М. Вадбольского, Н. Д. Кудашева и многих других вожаков партизанского движения. Железной хваткой держали они врага, не давали ему ни минуты покоя, наносили ощутимые удары.

Положение Наполеона в сгоревшей Москве сделалось сперва затруднительным, а затем и критическим. Французский император понимал, что его планы провалились. На мирные предложения он не получал никакого ответа, а положение «Великой армии» ухудшалось с каждым днем.

18 октября 1812 года фельдмаршал Кутузов атаковал французский авангард Мюрата, стоявший в шести километрах от Тарутина. Французы отступили, потеряв 2,5 тысячи человек убитыми и ранеными, 1 тысячу пленными, 38 орудий и почти весь обоз. Потери русских составили 300 человек убитыми и 900 ранеными.

19 октября Наполеон оставил Москву и двинулся на Калугу. Своевременно узнав об этом, Кутузов проявил максимум энергии и перебросил войска к Малоярославцу. Упорные бои под городом явились началом полного изгнания французов из России. 27 октября армия Наполеона вышла на Смоленскую дорогу. Это вполне соответствовало планам русского полководца.

В письмах А. П. Тормасову и П. В. Чичагову от 6 сентября фельдмаршал предложил свое решение: 3-я, западная, армия должна прикрывать Украину, Дунайская – овладеть Могилевом на Днепре и двигаться по Смоленской дороге для сближения с Главной армией, угрожая тылам противника. Кутузов намеревался не допустить соединения главных сил Наполеона с его фланговыми группировками и резервами, окружить и уничтожить противника восточнее Днепра. Реализация этого замысла позволила бы закончить войну в короткий срок и с наименьшими жертвами. К сожалению, план Михаила Илларионовича был сорван Александром I.

Царь утвердил иной план: окружение французских войск у Березины. Главнокомандующий не сразу согласился с петербургским планом, но слово монарха было законом. Подчинив формально Кутузову все армии и корпуса, Александр I отдавал приказы командирам соединений через голову фельдмаршала. Естественно, что военачальники выполняли волю императора.

Срыв первоначального плана привел к тому, что Главной армии пришлось вести изнурительное преследование противника, а это привело к большим жертвам. Армия же Наполеона смогла получить сильные подкрепления. На Березину вышло не менее 60 тысяч французских солдат и офицеров.

Наполеон выбил из Борисова русский отряд, но мост через реку был сожжен. Положение французов вновь стало отчаянным: они попали в мешок – и ледяная Березина могла стать для них могилой. Бонапарт (не без помощи Чичагова) смог выйти из этого положения: были найдены броды и стали возводиться переправы. Одна оказалась ложной, но русский адмирал стянул все свои силы именно к ней. Переправа длилась три дня, но последнее напряжение сил погубило армию французов. Началось паническое бегство остатков Великой армии. В декабре 1812 года ни одного вооруженного врага не оставалось на русской земле. Прибыв 22 декабря в Вильно, фельдмаршал Кутузов с полным правом мог оповестить народ и армию: «Война окончилась за полным истреблением неприятеля».