В сентябре 1919 года Наум возвращается в родные края. Правда, на сей раз в губернский город Гомель, где принимает участие в подавлении антисоветского мятежа, который возглавил бывший царский офицер Стрекопытов.

Пребывание Эйтингона в Гомеле и его участие в борьбе с мятежниками совпало по времени с приближением к городу войск белогвардейцев и польского генерала Галлера. В октябре 1919 года Наум вступает в партию большевиков и становится бойцом партийного отряда. Для Эйтингона это означало, что в случае захвата города армией Деникина он был бы повешен белогвардейцами. В конце 1919 года, когда красногвардейские отряды отразили наступление польских интервентов, Эйтингон снова вернулся на работу в качестве инструктора по кооперации. Одновременно являлся инструктором но профсоюзной работе в губернии и занимался созданием профсоюзных организаций.

В мае 1920 года Наум Эйтингон по путевке Гомельского губкома партии становится уполномоченным Особого отдела Гомельского укрепрайона. Таким образом, со службы в военной контрразведке началась служба Эйтингона в органах государственной безопасности, которая продолжалась вплоть до его ареста по делу Берии в 1953 году.

Особый отдел ВЧК был образован в декабре 1918 года под руководством видного революционера Михаила Кедрова. Подчиненные ему особые отделы создавались при всех фронтах, армиях, дивизиях, а также в ряде губернских ЧК. Они занимались выявлением вражеской агентуры в Красной Армии, в ее штабах, на фронтах и в тылу, борьбой с саботажем и диверсиями на железных дорогах, в продовольственных и других организациях, имевших отношение к обороне республики. Поскольку в годы Гражданской войны советское правительство привлекло на службу в Красную Армию до сорока тысяч бывших царских генералов и офицеров, среди которых оказалось немало белогвардейских агентов, сотрудники особых отделов выявляли их, тайно внедряясь в штабы Красной Армии и вербуя осведомителей в армейских частях. Об их принадлежности к особым отделам знал ограниченный круг лиц. Особисты вели также разведку за линией фронта и в ближайшем тылу, внедряясь в белогвардейские организации и в штабы армий интервентов, так как в тот период в ВЧК еще не было Иностранного отдела. Особисты входили в состав военных трибуналов РККА, рассматривавших дела об измене и вредительстве, а также «в отношении всех преступлений, направленных против военной безопасности Республики».

О том, какое значение приобрели особые отделы в годы Гражданской войны, свидетельствует тот факт, что 18 августа 1919 года решением ЦК РКП (б) начальником Особого отдела ВЧК был назначен Ф.Э. Дзержинский, одновременно являвшийся председателем ВЧК. В июле 1920 года на этом посту его сменил будущий председатель ОГПУ Вячеслав Менжинский. Заслуги Особого отдела ВЧК в борьбе с военным шпионажем и вредительством были отмечены приказом Реввоенсовета республики от 20 декабря 1922 года, наградившим его орденом Красного Знамени.

Особый отдел Гомельской ЧК работал в прифронтовых условиях. Основой его задачей была борьба с бандитизмом, а также с польским шпионажем. В мае 1921 года гомельские чекисты, внедрив своего агента, раскрыли в этом городе штаб так называемого «Западного областного комитета», который структурно входил в «Народный союз защиты Родины и свободы». Руководил им бывший эсеровский боевик, организовавший убийство великого князя Владимира Александровича, бывший товарищ (заместитель) военного министра Временного правительства России Борис Савинков. Именно по его указанию в июле 1918 года в Ярославле был поднят кровавый мятеж. После подавления мятежа Савинков перешел на службу польской, французской и английской разведок.

С этим террористом, казалось бы, все ясно. Однако сегодня в независимой российской прессе появляются публикации о том, что Борис Савинков был чуть ли не святым, идейным борцом против большевиков. Некоторые авторы вообще ставят под сомнение его связь с иностранными спецслужбами.

Но вот выдержки из подлинного документа французской военной разведки, знаменитого Второго бюро, — письма, подписанного самим Борисом Савинковым и направленного им французскому военному министру Луи Барту. Письмо датировано 11 марта 1921 года. К этому времени части Красной Армии приступили к окончательному подавлению Кронштадтского мятежа, спровоцированного разведслужбами Англии и Франции (публикуется в переводе с оригинала, с сокращениями):

«События, имевшие место в Петрограде, в Кронштадте и в Москве, со всей очевидностью показывают, что недалек час падения советской власти в России.

По имеющимся у меня сведениям, всеобщее восстание крестьянских масс неизбежно в России весной этого года. Именно над подготовкой этого восстания и над координацией предстоящих в благоприятный момент операций всех активных антибольшевистских сил работает Политический комитет (по эвакуации) России в Польше…

Специалисты, назначенные Политическим комитетом и правительством Национальной Украинской Республики, в настоящее время по приказу атамана Петлюры и моему приказу вырабатывают план операций на Севере России, в Белоруссии и на Украине, а также планы мобилизации частей бывших русской и украинской армий, интернированных на территории Польской Республики (при условии, что польское правительство не будет этому препятствовать).

Я надеюсь, что одновременно вспыхнут восстания в Петроградской, Псковской и Новгородской губерниях, в Смоленске, Гомеле, Минске и на Украине, а также, может быть, и в казачьих республиках…

Успех подготавливаемого восстания крестьянских масс будет означать не только падение коммунистической власти в России, но также создание демократического правительства, отношение которого к Франции и Польше будет глубоко дружеским…

Беря на себя смелость привлечь Ваше внимание к вышеизложенному, хочу надеяться, что недалек час падения коммунистической тирании и что Франция, во имя прочного мира, интересов своего союзника России и дорогой ей Польши и в своих собственных интересах, не оставит без своей поддержки Русский эвакуационный комитет и сыграет — я в этом не сомневаюсь — важную роль в близящихся революционных событиях».

К счастью, это письмо не имело последствий для Советской России. Министр Луи Барту не наложил на него никакой резолюции, и призыв террориста Савинкова поддержать его военные авантюры в России остался без ответа: французы боялись, что «революционная зараза» захлестнет французские экспедиционные войска на севере России, как это ранее уже имело место на юге, в частности в Одессе, в 1920 году.

Однако сам Савинков и его головорезы, активно поддерживаемые Польшей, представляли серьезную угрозу. Из Польши на советскую территорию постоянно забрасывались вооруженные отряды, состоявшие из остатков интернированных армий Булак-Балаховича, Перемыкина и Петлюры. Переброску вооруженных банд через советско-польскую границу осуществляла польская разведслужба — знаменитая «двуйка», а также польская жандармерия.

В письме на имя военного министра Франции Луи Барту Савинков предсказывал, что всеобщее выступление крестьян против советской власти состоится весной 1921 года. Однако это пророчество не сбылось. Савинковцы планировали вторжение собственных банд на территорию Советской России на август того же года. Савинковский «Народный союз защиты Родины и свободы» разделил территорию России на три полосы. Гомель в его штанах входил в южную полосу вместе с Минском и Орлом.