Но Наполеон быстро возвратился в Каир, и в феврале его армия выступила, чтобы вырвать Сирию из рук турок и находившегося там небольшого подразделения английских войск. Только сейчас можно представить себе, во что превратилась за год пребывания в Каире армия Наполеона. По словам аль-Габарти, за армией тянулся бесконечный обоз, в котором были белые и черные рабы, захваченные французами в домах мамлюков, женщины-маркитантки во французских платьях, кровати, матрасы и уйма другого совсем не военного барахла.

Французам не удалось овладеть Сирией. Они были разбиты под Аккой, главным образом силами английских моряков. Наполеон бежал в Каир. Из 12 тысяч солдат, выступивших в поход, осталось только 7 тысяч. Колонны бледных, изнуренных солдат, за которыми двигались телеги с женщинами и детьми, вошли в Каир, и город понял, что французы биты. Все ликовали, а в это время турки уже высаживались в Абукире, около Александрии. Каир с нетерпением ожидал, что вот-вот произойдут большие события. Наполеон перешел к обороне, но все же двинулся навстречу туркам, которые на этот раз не могли полагаться на помощь английских «синих курток». Наполеон легко разбил турецкую армию и привел в Каир тысячи пленных.

Однако все понимали, что новое, хорошо подготовленное наступление англо-турецких войск всего лишь дело времени и неизбежно приведет к поражению Наполеона. И Наполеон бежал во Францию, где после брюмерского переворота стал первым консулом. Он оставил в Каире Клебера в расчете, что тот будет сдерживать противника. Силы сэра Сиднея Смита, разбившего Наполеона под Аккой, подошли к египетским границам вместе с турками, и Клебер, зная, что ему не выиграть сражения, подписал договор об эвакуации из страны (1800).

Как писал миролюбивый аль-Габарти, «подлые обитатели» Каира, ослепленные ненавистью к французам, оскорбляли их и издевались над ними. Французы приступили к эвакуации Каира, а в это время Мурад-бей и другие мамлюки, которые как шакалы бродили вокруг города после поражения под Эмбабой, в 1798 году появились на его окраинах и только ожидали ухода французов, чтобы снова занять город. Поджидали и турки, расположившиеся недалеко от Каира. В течение этих нескольких напряженных недель турки, мамлюки и французы следили за каждым шагом друг друга. А пока что египтяне вновь начали убивать французских солдат на улицах города.

Клеберу нелегко было покинуть Египет, так как у него не осталось судов. Считая, что французы просто тянут время, англичане расторгли подписанный с ними договор. Турки и мамлюки стягивали силы к древнему Гелиополису и делали вид, что готовы напасть на Каир. Клебер оказался в западне: в тылу находился враждебный город, вокруг стояли вражеские войска. Тогда он вышел из Каира и нанес быстрый сокрушительный удар туркам под Гелиополисом. После первой же атаки турецкие офицеры и солдаты бежали. Каирцы, услышавшие стрельбу, вооружились дуби нами. Отступавшие турки и мамлюки оказались в предместьях Каира, и горожане, сражавшиеся против французов, поняли, что им грозит новая опасность — со стороны турок. До сих пор ни один солдат — будь то из армии великих мамлюков или турок — не вступал в бой с французами. Это выпало на долю египтян. Им пришлось сражаться против дисциплинированной армии французов, и делали они это с воодушевлением и решимостью.

Хотя турки и мамлюки потерпели поражение, они были уверены, что французы уже более не способны на серьезное наступление, и поэтому заняли позиции на окраинах Каира. Туркам нужен был козел отпущения, чтобы отвлечь всеобщее внимание от их собственной трусости и неудач, и потому турецкий командующий приказал перерезать всех христиан. Турки знали, что народ настроен враждебно к тем христианам (хотя их было не так уж много), которые сотрудничали с французами. Однако банды, которым поручили избиение христиан, заодно уж брали под арест, убивали и калечили мусульман.

Туркам удалось даже захватить Эзбекие, но французы подвергли их артиллерийскому обстрелу из цитадели. Весь город теперь находился в состоянии гражданской войны, и фактически началось новое народное восстание против французов. Население обратилось за помощью к туркам и мамлюкам, но те отказались сражаться и продолжали укреплять свои позиции в городе. К этому времени народ почти полностью овладел улицами, и французские полки под командованием Клебера открыли по городу артиллерийский огонь из всех фортов, построенных по периметру Каира.

Осажденный город голодал. Шейхи опасались, что французы превратят Каир в руины, и попытались вести переговоры с Клебером. Но когда шейхи возвратились в город, жители осыпали их оскорблениями и срывали с них чалмы. Французы прибегли к новой тактике — они устроили серию поджогов, включая Булак. Каир упорно сопротивлялся. Случилось то, что было неизбежно в этой обстановке: французские войска снова вступили в город, прорвавшись через баррикады у Баб аль-Хадида. И снова первыми сдались турки и мамлюки, согласившись уйти из Каира. Клебер снабдил их верблюдами и деньгами, лишь бы они поторопились. Население хотело расправиться с трусливыми военачальниками турок Осман-беем и Насу, но им удалось забаррикадироваться в мечети. Под насмешливые и оскорбительные крики жителей турки и мамлюки покинули Каир.

Лишенное военной поддержки турок и мамлюков, безоружное население Каира не выдержало натиска французов, и, таким образом, второе восстание было подавлено. Оно длилось 37 дней. Пострадали почти все кварталы Каира, особенно Эзбекие и богатые здания вокруг озера ар-Ратли. Хотя французы думали только о том, как уйти из Каира и добраться до Франции, они все же силой овладели центральной частью города. Без согласия англичан они не могли выйти из города, но англичане не торопились. К этому времени французы и египтяне находились в атмосфере такой взаимной ненависти, что каждый день можно было ожидать нового взрыва.

17 июня 1800 года ударом ножа был убит на террасе дворца Эзбекие генерал Клебер. Новость быстро распространилась по Каиру, и население ожидало, что в отместку за убийство французы уничтожат по крайней мере половину города. Каир затаил дыхание. Но французы побоялись применить излишне суровые меры и с готовностью приняли на веру признание убийцы, азхарита Сулеймана Алепина, что он действовал почти в одиночку, хотя этому вряд ли можно было поверить. Алепина и его трех «сообщников» судили по букве закона и приговорили к смерти. Если французы и пощадили город, то не спустили убийцам. Алепина заставили смотреть, как отрубают головы его сообщникам. Затем французы сожгли правую руку Алепина, посадили его на кол и оставили умирать медленной смертью. По словам английского историка сэра Роберта Вильсона, Алепин умирал три дня. Казни эти проходили как варварский аккомпанемент к медленно двигавшейся тут же похоронной процессии с гробом Клебера.

Поведение французов не отличалось больше ни логикой, ни последовательностью. Они напоминали попавших в капкан тигров, которые еще способны обороняться, но не нападать. Клебера сменил генерал Жак Мену, и не было еще оккупанта в Каире, положение которого было бы более опасным и критическим. Незадолго до этого Мену принял мусульманскую веру и женился на мусульманке (их сын Сайд Солиман Мурад Жак Мену был первым «гражданином», зарегистрированным французами во время переписи населения Каира), но мусульмане не доверяли европейцам, принимавшим их веру. В их глазах Мену оставался французом. Мену бездействовал и просто ждал, чем все кончится. Чтобы хоть как-нибудь исправить тяжелое впечатление от французской оккупации, он организовал в городском парке общественное гулянье и развлечения. Однако празднества были испорчены тем, что французы брали плату за вход в парк, — это удивляло, но отнюдь не веселило жителей города.