В 1943 г., когда появилась надежда, что Советский Союз выстоит в войне и удержит западные территории, аннексированные им в 1939 г., Сталин предложил новую модель управления делами религий в СССР. 4 сентября 1943 г. он вызвал в свою летнюю подмосковную резиденцию Георгия Маленкова, секретаря ЦК ВКП(б), Лаврентия Берию, главу НКВД, и Георгия Карпова, полковника НКГБ (Народного комиссариата государственной безопасности), ответственного за контрразведывательные операции, в том числе связанные с религией. Встреча превратилась в собеседование с Карповым перед новым назначением. В ходе беседы Сталин задавал Карпову вопросы об истории и современном положении церкви, а также о ее связях с зарубежными религиозными организациями. Он также интересовался у Карпова характеристикой нескольких митрополитов православной церкви, расспрашивая об их политической лояльности, материальном положении и авторитете, которым они пользуются в церкви223. Затем Сталин сообщил Карпову, что ведется работа по созданию специального органа, который будет ведать отношениями между государством и церковью, – Совета по делам Русской православной церкви и что Карпов будет назначен его руководителем. Он распорядился, чтобы Карпов позвонил митрополиту Сергию и пригласил его вместе с митрополитами Алексием (Симанским) и Николаем (Ярушевичем) на беседу в Кремле. Встреча состоялась тем же вечером; на ней присутствовали митрополиты, Карпов, Вячеслав Молотов и Сталин. Сталин сообщил церковным иерархам, что патриархия будет восстановлена и что церковь может теперь рассчитывать на государственную поддержку224. Далее Сталин распорядился, чтобы Карпов начал процесс работы над созданием Совета по делам РПЦ, но при этом предупредил, что, во-первых, совет не должен подрывать имидж церкви как автономной и независимой организации и, во-вторых, новый пост Карпова не делает его новым обер-прокурором Святейшего синода, влиятельного правительственного учреждения, которое ведало взаимодействием церкви и государства в имперский период225. Судя по всему, никто – включая НКВД и иерархов православной церкви – не предвидел сделанного Сталиным поворота в религиозном вопросе.

8 сентября 1943 г. православная церковь созвала Собор с участием 19 епископов, 16 из которых только что были освобождены из лагерей; Собор избрал митрополита Сергия патриархом Русской православной церкви. 14 сентября 1943 г., через два дня после интронизации патриарха, Совет народных комиссаров учредил Совет по делам Русской православной церкви. 19 мая 1944 г. был создан еще один орган, Совет по делам религиозных культов, в задачу которого входило руководство отношениями с неправославными конфессиями. Сразу же после своего создания Совет по делам РПЦ и Совет по делам религиозных культов при СНК СССР начали работу по открытию церквей и иных культовых сооружений и регистрации религиозных общин226.

Следует отметить, что оба Совета были учреждены в качестве консультативных органов при правительстве, а не при органах государственной безопасности. Несмотря на то что надзор НКГБ за деятельностью Советов молчаливо признавался внутри страны и открыто осуждался за рубежом, положение Советов как правительственных органов придало повороту в советской религиозной политике теперь уже правовой статус. Это весьма примечательно, поскольку с момента роспуска Комиссии по делам культов в 1938 г. и вплоть до учреждения Советов единственными учреждениями, занимавшимися делами религий, были органы безопасности. Политическое значение новых порядков еще более подчеркнули усилия по возведению видимой преграды между Советами и НКГБ. 7 июля 1945 г. НКГБ издал секретную ориентировку, где его местным органам разъяснялось, что после создания «специальных органов» по религиозным делам функции аппарата госбезопасности будут «ограничиваться интересами разведывательной и контрразведывательной работы»227. Местных сотрудников НКГБ проинструктировали о разделении полномочий между органами безопасности и уполномоченными Советов. Офицеры НКГБ не должны были вмешиваться в деятельность обоих Советов, обсуждать их работу со своей агентурой или использовать институт уполномоченных Советов для прикрытия оперативных мероприятий. В одном случае сотрудник НКГБ получил выговор за использование «внутренних каналов» для передачи Карпову письма от своего агента, поскольку это «подчеркнуло перед агентом связь органов НКГБ с Советом по делам Русской православной церкви при СНК СССР»228. Сотрудникам НКГБ также напомнили, что Советы подотчетны не им, а Совету министров и что «открытое и прямое использование органами НКГБ института уполномоченных в своих целях может привести также к утверждению среди церковников нежелательного мнения о том, что [Советы] являются „филиалами“ органов НКГБ»229.

Тот факт, что решение о возвращении религии в жизнь советского общества исходило лично от Сталина, подтверждает, что он считал политическую угрозу, которую представляла собой религия, эффективно нейтрализованной230. Тем самым перед религиозными организациями была открыта возможность стать партнерами государства в деле послевоенного восстановления народного хозяйства. Более того, после аннексии территорий Прибалтики (Эстонии, Латвии и Литвы), Молдовы, Западной Украины и Западной Белоруссии, ни одна из которых, в отличие от прочих советских территорий, не прошла в 1920–1930‐е гг. ни через кампанию воинствующего атеизма, ни через коллективизацию, на территории расширившегося Советского Союза появились тысячи церквей, священников и верующих. В то время как численность открытых церквей на неоккупированных территориях СССР в довоенный период снизилась с 3617 (в 1936 г.) до приблизительно 950 (в 1939 г.), после аннексии на территории Советского Союза было уже 8279 православных церквей, а также тысячи религиозных общин, представлявших другие конфессии – римско-католическую церковь, украинскую греко-католическую (восточного обряда, униатскую) церковь, а также сектантов, чья лояльность по отношению к советской власти была под вопросом231. Столкнувшись с вновь возникшей религиозной проблемой, Сталин рассматривал православную церковь как орудие установления контроля над западными территориями, где советская власть была наиболее слабой, и даже поддерживал православную церковь, чтобы ослабить местные доминирующие конфессии, такие как литовская католическая церковь или украинская греко-католическая церковь232. С этой целью Сталин сразу же после войны распустил и объявил вне закона украинскую греко-католическую церковь и передал ее имущество православной церкви. Сталин также считал православную церковь полезным орудием международной политики, противовесом влиянию Ватикана в Европе в условиях начинавшейся холодной войны233.