Всего в сентябре 1916 года корабли Эскадры выполнили 24 боевых вылёта.

Тем временем, было решено перевести основную базу Эскадры из Пскова в Винницу. Потери кораблей от капризов погоды за весь год были достаточно высоки. Много вновь прибывших «Муромцев» портились, ломались, и их приходилось либо списывать, либо переводить в разряд учебных кораблей. Начальник ЭВК генерал-майор Шидловский доносил о сложившейся ситуации: «…на базах Эскадры, Западном и Северном фронтах упорно держится минимум давления с сильными дождевыми шквалами. Несмотря на все принимаемые меры, в Койданове шквалом сильно повреждён и вышел из строя корабль XVII. Аэродромы, дороги превратились в болото. Переоборудование кораблей в Пскове сильно затрудняется и может задержать переход главной базы в Винницу». Уже в конце сентября из Пскова и Зегевольда (2-й отряд) туда отправили 13 кораблей. На Юго-Западном фронте в Ягельнице в 1-м отряде осталось четыре корабля и на Западном, в Станьково в 3-м отряде — три «Муромца».

В октябре на боевые задания летал только «Киевский», совершивший всего два полёта. В ноябре и декабре корабли Эскадры не поднимались в воздух, за исключением боевого полета XIII корабля 22 ноября 1916 года.

За весь 1916 год Авиа-Балт послал на фронт 39 «Муромцев». Из них: три модификации В, 32 — Г, два — Д и два — Е. В боевых полётах участвовало, не считая кораблей полученных в 1915 году, лишь 12 «Муромцев».

Всего в 1916 году корабли ЭВК совершили 156 (в 112 задание выполнено) боевых вылетов, сбросив на противника до 1180 пудов (19 234 кг) бомб. Этот год стал пиком деятельности первого в мире тактического соединения тяжёлых бомбардировщиков.

В начале 1917 года ЭВК располагала 30 кораблями (включая учебные). И лишь четыре «Муромца» от общего числа находилось на фронте. На Юго-Западном фронте, в 1-м боевом отряде в Ягельнице (у Черткова) имелось два корабля: XIII штабс-капитана В. А. Соловьёва и XV капитана Г. В. Клембовского. Из-за изношенности машина Соловьёва (№ 169) не годилась для совершения боевых полётов. За зиму отряд не совершал боевых полётов из-за того, что устарели «Аргусы» (у Соловьёва), а моторы «Санбим» (у Клембовского) зимой плохо работали.

Ещё двумя кораблями был вооружён 3-й отряд на Западном фронте в Станьково: «Киевский» (№ 182) капитана И. С. Башко и XII штабс-капитана Е. М. Городецкого. В начале 1917 года только «Киевский» выполнял боевые задания (позволяли хорошие моторы), совершив с января по март 11 вылетов.

Шестого апреля 1917 года капитан Башко осуществил перелёг Станьково-Винница, покрыв расстояние 650 вёрст (690 км) за 6,5 часов. На базе «Муромец» был модернизирован: ему полностью остеклили переднюю часть кабины, вместо старых «Аргусов» установили четыре новых английских мотора «Бердмор» по 160 л.с. Это были самые лучшие моторы, когда-либо применявшиеся на кораблях.

Вскоре на Румынский фронт был назначен 4-й боевой отряд под командованием капитана Р. Л. Нижевского, в составе которого находились корабли: V (№ 266, тип Е) штабс-капитана Алехновича и IX (№ 265, тип Е) начальника отряда, IV поручика Шарова и III капитана Жигайлова. В апреле экипажи получили задание вылететь на фронт. Восьмого апреля до места назначения (село Болгарийка под Белградом) добрались лишь IV и IX корабли. У III корабля из-за сильного ветра сломалась правая консоль крыла и его пришлось доставлять для ремонта в Винницу. «Муромец V» сел в Кишинёве и лишь в мае присоединился к отряду. Первый боевой полёт 4-го отряда (и первый боевой полёт корабля типа Е) состоялся вдень прилёта на новое место, 8 апреля 1917 года. Экипаж IX корабля получил задание произвести бомбометание по портовым сооружениям и складам города Тульча, попутно осуществляя разведку и фотографирование. Полезную нагрузку «Муромца» типа Е в 116 пудов (1890 кг) составляли: семь членов экипажа (командир, артиллерийский офицер, механик, моторист и три пулемётчика), бензина 48 пудов (782,5 кг), масла 8 пудов (130,5 кг), два пулемёта «Виккерс», три «Льюиса», два «Мадсена» и Ю пудовых бомб (163 кг). Полёт длился 3 часа 18 минут.

20 апреля в полёт отправилось уже две машины: IV и IX корабли. Но у поручика Шарова на высоте 700 метров остановился мотор и при вынужденной посадке было сломано шасси, винты и передняя коробка крыльев. Так и не повоевав, «Муромец IV» отправился на базу в Винницу для ремонта.

В мае добрался в 4-й отряд второй «Илья Муромец» типа Е — V корабль (№ 266) штабс-капитана Алехновича. 31 мая Чижевский и Алехнович совершили совместный налёт на Гульчу, сбросив на склады и казармы неприятеля I8 пудов (293,5 кг) бомб. В одном из вылетов, 17 июня, V корабль был атакован двухмоторным бипланом, который был отогнан пулемётным огнем. В августе 1917 года 4-й отряд был переименован в 1-й.

Корабль «Киевский» № 182 штабс-капитана Башко на Западном фронте. Станьково, январь 1917 года

«Илья Муромец» тип Е с ещё не оборудованной хвостовой пулемётной точкой. Псков, лето 1916 года

«Илья Муромец V» (тип Е, № 266) штабс-капитана Алехновича на фронте, 1917 год

«Илья Муромец IX» (тип Е, № 265) капитана Нижевского

Последняя операция кораблей на Румынском фронте состоялась 21 сентября 1917 года. В этот день «Илья Муромец IX» Нижевского громил станцию Троян. По возвращении с удачного полёта корабль подвергся внезапному нападению двух немецких истребителей. Подпоручик И. Г. Таллако, успокоенный тем, что корабль находился уже над своей территорией, покинул свой пост у хвостового пулемёта и передвигался на тележке к кабине. В этот момент первый немец дал очередь из двух пулемётов по «Муромцу», ранив находившегося в заднем люке с пулемётом моториста старшего унтер-офицера Янкевича разрывной пулей в живот. Смертельно раненный, он успел выпустить по этому истребителю целую обойму патронов. Его пулемёт был прострелен в четырёх местах. Таллако был ранен в колено (с раздроблением коленного сустава), но сумел вернуться обратно к пулемёту в хвосте. Остальные члены экипажа были осыпаны осколками разрывных пуль и отлетевшими деталями конструкции. По неприятелю открыли огонь поручик Фёдоров, подпоручик Пошехонов и старший унтер-офицер Кузнецов. Не выдержав сосредоточенного огня четырёх пулемётов, истребитель штопором ушёл вниз. Когда Фёдоров и Пошехонов перевязывали раненых, дежуривший Кузнецов сообщил об атаке ещё двух самолётов. Неприятеля быстро отогнали огнём из трёх пулемётов.