После подписания Синтрской Конвенции, занятия Лиссабона и получения всех свежих подкреплений из Англии и Гибралтара сэр Хью Далримпл провел реорганизацию армии. Недавнему триумфатору Артуру Уэлльсли была отведена роль всего лишь командира одной из дивизий.

Генерал-лейтенант лорд Генри Пэгет принял общее командование кавалерией.

2 сентября британское правительство приняло решение сформировать еще один корпус для отправки в Португалию и Испанию. Этот корпус, поступивший под командование генерал-лейтенанта сэра Дэвида Бэйрда, собирался в Англии и Ирландии в течение всего сентября месяца. 9 октября он отплыл из порта Фалмут в направлении испанской Ла-Коруньи.

Состав английской армии на 5.09.1808 г.

Ряд высших офицеров британской армии покинул Португалию из-за болезней или по личным причинам. В частности, генералы Генри Пэгет, Уэлльсли и Фергюсон уехали в Англию в сентябре, генералы Спенсер и Наитингелл — в октябре. Генерал Боуэс был переведен в Гибралтар. Генерал Кэмерон был назначен комендантом Лиссабона.

После подписания Синтрской Конвенции недовольные ею португальцы стали по ночам нападать на французских солдат и офицеров. Несколько растерзанных трупов было найдено прямо на улицах. Наибольшей опасности подвергался ненавидимый португальцами генерал Луазон, дом которого пришлось охранять силами 4 батальонов и 4 орудий.

Французские гербы и вывески на французском языке повсеместно срывались.

Эвакуация французской армии из Португалии началась в первых числах сентября, а уже 12 сентября 1808 г. на палубы британских кораблей были погружены последние остатки французских дивизий и раненые (последним 7 октября покинул Португалию гарнизон крепости Элваш с командиром батальона Жиро де Новийяром во главе). Генерал Тьебо оказался на борту корвета «Ля Филла», генерал Делаборд — на борту фрегата «Эмабль».

Левек. Репатриация французской армии после Синтрской конвенции в начале сентября 1808 г.

Наблюдая за эвакуацией своих войск, Жюно понуро стоял у окна. Внизу на набережной копошились тысячи людей. Колонны французских солдат с повозками и орудиями с превеликим трудом пробивались через окруженную аркадами дворцовую площадь к пришвартованным к причалу лодкам сквозь многотысячную толпу активно выражающих свое негодование лиссабонцев. Выставленное оцепление было в нескольких местах прорвано. Город гудел, как потревоженный улей. Площади и улицы заливала воинственно вопящая толпа. Отовсюду на головы оставляющих город французов сыпались угрозы и проклятия. В последние дни горожане, обычно трусливо-равнодушные ко всему происходящему либо долгое время державшие свое недовольство захватчиками столь глубоко в себе, что о нем невозможно было догадаться, наперебой пытались хотя бы напоследок показать французам (а еще более — своим соседям и женам) свой «неподдельный» героизм.

Находившиеся рядом с Жюно офицеры советовали ему отойти от окна, чтобы еще более не раззадоривать толпу.

— Столько месяцев я думал, что они меня любят…

— Это всего лишь чернь, вам следовало ее знать.

— Я ведь все делал… Что я мог сделать еще? Я постоянно просил подкреплений, мне их обещали…

Генерал стоял у окна, не шевелясь. Казалось, он ничего не слышал и, погруженный в свои невеселые мысли, разговаривал сам с собой.

— Конечно, меня оставили разбираться одного. К тому же эти проклятые испанцы нанесли мне удар в спину. Три месяца не было никаких связей с Францией!

— Нет, — продолжал Жюно, все более возбуждаясь, наверное, я не должен был атаковать позицию Уэллсли в центре, он там хорошо окопался. Я не должен был давать бой там, где хотел он. Мне надо было дать им подойти, дать им подойти… Но я не оставлю ни одного из своих солдат в руках англичан, ни одного пленного. Мое имя не Дюпон! Я привожу Наполеону почти нетронутую армию, полностью экипированную и готовую возобновить сражение.

Жюно отплыл во Францию на фрегате «Нимфа», на борт которого он поднялся одним из последних 13 сентября.

Таким образом, Португалия была оставлена французами, которые прибыли во французские порты Ля-Рошель и Киберон в течение двух недель с 15 по 30 октября.

Всего из вошедших в Португалию 28600 французских солдат и офицеров вернулись назад во Францию 24 тыс. Точнее — 24186 чел., как указывает генерал Тьебо. Общие потери Жюно в Португалии составили, таким образом, лишь 4400 чел. (70, с. 239)