Но постановление Стоглавого собора раскрывает еще одну особенность, касавшуюся положения органа в русской культуре того периода. В отличие от стран, входивших в сферу влияния католицизма, орган на Руси использовался исключительно в светских целях. Для православного он олицетворял собой способ освобождения человеческих чувств от религиозных канонов — сила и активность его воздействия на слушателей не подвергались сомнению. Не случайно для Симеона Полоцкого играть на органе значит «сердца в радости возбуждать». Отсюда строжайший запрет исполнять в его сопровождении какие бы то ни было религиозные песнопения, что вполне допускалось в отношении других инструментов. Судьба органа и на Руси оказывается тесно связанной с церковью, но в прямо противоположном, чем в западноевропейских странах, смысле: по мере нарастания церковной реакции нападки на орган усиливались, по мере ее преодоления ослабевали и вовсе исчезали.

В штат Потешной палаты при Михаиле Федоровиче входят вместе с гусельниками, скрипотчиками, трубниками, цимбальниками и органисты. Это Томило Михайлов Бесов, Мелентий Степанов, Андрей Андреев, Борис Овсонов. В двадцатых годах к ним присоединяются ряд иностранных исполнителей, выходцы из польских и саксонских земель, вроде Юрия Проровского и Федера Заналского, и даже из Голландии. Оттуда приезжает в Москву органист-виртуоз Мельхерт Лунен, уже в 1638 году возвращающийся на родину с богатыми подарками. И все же основную часть составляли местные музыканты. Правда, царский двор, избегая назначения им окладов, предпочитал обходиться разовыми выступлениями в зависимости от характера торжества или празднества. Наряду с сольными выступлениями широко практиковались ансамбли органов и их сочетание с другими музыкальными инструментами. Умение играть на органе было настолько распространено, что зачастую и не рассматривалось как самостоятельная профессия, а совмещалось с какой-нибудь другой службой. Одаренный органист Лукьян Патрикеев, успешно конкурировавший с жалованными музыкантами при Михаиле Федоровиче, являлся сторожем Потешной палаты. Полученные им за особенно удачное выступление на свадьбе того же Михаила Федоровича в 1626 году «четыре аршина настрофилю сукна лазоревого цена два рубли» были высшей формой признания и награды, которою только отмечались русские музыканты. Даже много позже, в 1670-х годах, органистом в составе русского посольства В. А. Даудова и М. Ю. Касимова в Бухару будет отправлен «Кормового дворца ключник» Федор Текутьев.

Подобное совмещение профессий не позволяет более или менее установить, каким количеством органистов располагала Москва, но верно то, что их число постоянно росло. Уже в 1680-х годах существует целая категория органистов-профессионалов из числа посадских людей, к которым постепенно начинают присоединяться в качестве таких же вольнопрактикующих музыкантов и крепостные — факт тем более примечательный, что игра на органе требовала не только специальной, достаточно длительной выучки, но и обладания самим инструментом, дорогим и сложным для транспортировки. Приглашенные выступать в каком-либо частном доме музыканты часто должны были привозить инструменты с собой и поэтому нуждались в помощниках и подводах. Тем не менее мастерство крепостных музыкантов оказывалось настолько высоким, что они постоянно выступали и в домах Немецкой слободы, которая многими музыковедами рассматривается как источник проникновения в Россию органной музыки. В 1671 году, например, там была задержана большая группа располагавших лошадьми и подводами музыкантов — людей бояр Воротынского и Долгорукова, которые с разрешения своих господ ходят по домам, играют «в арганы и цимбалы и в скрипки и тем кормятся». По существу, эти холопы-органисты относятся к категории «деловых людей», располагавших собственными большими или меньшими средствами и способных выплачивать достаточно высокий оброк, подобно алмазникам, оружейникам-бронникам или портным мастерам, которые особенно часто «распускались» крепостными и жили на откупе.

Потребность в органистах к 1670-м годам настолько возрастает, что появляются попытки превратить отдельных наиболее способных исполнителей из вольных людей в холопов. В этом отношении очень характерно начатое в июле 1676 года «Дело по челобитью иноземца Литовские земли Василия Репского об освобождении его из рабства от боярина Артемона Сергеевича Матвеева».

Репский приехал в Москву четырнадцатилетним подростком среди певчих епископа Мефодия. Как певчий, он обучился игре на органе — в среде менее консервативно настроенных церковников это рассматривалось как средство наиболее совершенного овладения вокальной техникой. Одновременно Репский получает возможность познакомиться с латынью и основами «преоспехтирного дела» — начавшей входить в моду перспективной живописи. После поездки в составе посольства А. Л. Ордына-Нащекина в Курляндию бывший певчий работает в Измайлове, участвуя в оформлении театральных постановок, пишет «перспективы и иные штуки, которые надлежат до комедии» и здесь попадает в поле зрения А. С. Матвеева.

Потому ли, что Репский не хотел обращаться к музыке, или по какой-то другой причине, но желание всесильного царского фаворита заполучить к себе на постоянную службу инструменталиста встретило категорическое сопротивление с его стороны. Репский не захотел служить у А. С. Матвеева, и тогда Матвеев прибег к силе. Как пишет в челобитной сам музыкант, «боярин А. С. Матвеев взял меня поневоле… держал меня, холопа твоего, скована на посольском дворе в железах многое время и морил голодною смертью. И будучи у него… многожды на комедиях и органах и на скрыпках играл неволею по ево воле». Смерть Алексея Михайловича и последовавшая за ней опала Матвеева вернули Репскому свободу и позволили заняться живописью, но в дальнейшем он совмещает две специальности и фигурирует в податных документах уважительно называемый «преоспехтирным мастером» и органистом одновременно. К началу XVIII века Василий Иванов сын Репский (в русской транскрипции иногда Репьев) располагал в Москве на Покровке собственным богатым двором.

Широкое распространение органной музыки в Москве неизбежно ставит вопрос о происхождении появляющихся в русском обиходе инструментов. Утверждение некоторых историков, что здесь сыграла свою посредническую роль Немецкая слобода (на Кокуе), не подтверждается фактами. Начать с того, что выгоревшая дотла в 1611 году слобода как таковая не отстраивалась вплоть до указа 1652 года, отводившего под нее специальную землю. Свободно селившиеся в Москве иностранцы не имели замкнутой и обособленной от остальных горожан общественной жизни, условно говоря, общественного обихода. Семь других иноземных слобод, которые продолжали в этот период существовать, имея в виду и фактически ликвидированную в 1671 году Греческую и годом позже основанную наиболее многолюдную из всех Мещанскую, также не были изолированы от городского населения, а главное, не располагали иноверческими церквами, в которых могли бы находиться органы.

С другой стороны, переписи собственно Немецкой слободы на Кокуе после ее восстановления свидетельствуют, что эта слобода не располагала ни одним органистом, как и ни одним инструменталистом вообще. Отсюда открывавшееся здесь поле деятельности для бродячих музыкантов-крепостных. К тому же известны лишь единичные случаи наличия органов у живших в ней иностранцев. Балатри был по-своему прав, говоря об отсутствии в Москве клавишных инструментов: выступать ему приходилось в слободе. В основном инструментами располагали дома коренных москвичей. Наконец, современники отмечают и тот факт, что церкви в слободе были лишены колоколов и органов. Подобное положение, вне зависимости от вызывавших его причин, как нельзя более устраивало православную церковь и поддерживалось ею. Остается предполагать существование местного производства органов, как, впрочем, производились в Москве и духовые инструменты, в частности гобои. Это полностью подтверждается документальными данными. Характерно, что подавляющее большинство органистов этих лет совмещали исполнительство с умением «строить» инструменты и высоким классом столярного ремесла. Один из ведущих органистов второй половины XVII века — Симон Гутовский явился основоположником нотопечатания в России, сконструировав в 1677 году нотопечатный станок. Ему же принадлежит изобретение станка для печатания гравюр [1678], но вместе с тем «великого государя органисту» приходилось заниматься и такими столярными поделками, как ванна из липовых досок для лечения Алексея Михайловича или резная рака для мощей Саввы Звенигородского. Не менее разнообразны обязанности и возможности других, одновременно с ним состоявших в штате Оружейной палаты «арганного и столярного дела мастеров» — Лучки Афанасьева, Стенки Максимова, Левки и Сенки Ивановых, Мишки Герасимова.