Нельзя не отметить любовь Брюса к лошадям. Во многих письмах начальник артиллерии отдает различные поручения своим подчиненным, связанные с покупкой, обменом и лечением его собственных лошадей. Хорошая лошадь поднимала престиж владельца среди генералитета, высших офицерских чинов и польских магнатов. Брюс старался, чтобы его конюшня состояла только из породистых и холеных лошадей.

Узнав однажды, что купленный им жеребец приведен в Москву «гораздо хвор и несытен», Яков Вилимович спешно отправил инструкцию по его лечению. В ней явно прослеживается широкий кругозор этого человека, разбирающегося даже в ветеринарии. «Антимонию и селитры взять поровну и, истолча, просеять, дабы мелко было, и смешать хорошенько вместе. Потом взять горшок немалой, дабы та материа токмо половину оного заняли. Потом бросить на оную материю горящей уголь, от чего материя загорится, и пойдет дым великой, которого дыму беретца надлежит. А как перестанет гореть, то, простудя, истолочь намелко и давать оного порошка лошади по семи золотников на тощей живот чрез день недели з две. Вышеписанную материю надлежит на дворе жечь и, усмотрев с какой стороны ветр, с той стороны и человеку зажигающему стать, дабы ему дым в нос не попал. Ежели надеятся можно, что горшок крепок, то возможно оной покрыть доскою железною», — писал он своим подчиненным.

Многие письма Брюса содержат его распоряжения относительно содержания лошадей и ухода за ними. Так, например, только в Смоленске и Рославле стояло 50 лошадей, принадлежавших Брюсу. Из его личных средств была выделена сумма денег на покупку овса, лошади были «довольны кормом и сыты», а для профилактики болезней им выстригли уши и гривы. Чтобы спасти своих лошадей в Новгороде от падежа во время «конского мора», Брюс приказал управляющему переправить большинство из них в Москву.

Надо полагать, что Яков Вилимович вообще любил животных. Скучая в походе, Брюс просил прислать ему любимых собак. В письме А. Зыбина содержится информация об отправке начальнику артиллерии двух собак, одну из них звали Жучка.

Был Я. В. Брюс и в курсе дел в своих поместьях. Кроме полученных владений в Нарве (городской и загородный дом с землей) и дома в Немецкой слободе у Брюса за несколько лет его воеводства в Новгороде появилось домашнее хозяйство (дом, конюшни, сад и т. п.), которым также необходимо было управлять даже во время войны. Брюс вникал во все подробности этого управления, хотя основное бремя забот по хозяйству легло на плечи Марфы Андреевны. Новгородский управляющий М. С. Желобовский писал Брюсу: «А сколько в тех деревнях дворов и крестьян отказано за милость твою, и тому послал я с отказных книг выпись за дьячею рукою к Марфе Андреевне».

Еще в 1705 году от князя М. И. Вадбольского Яков Вилимович узнал о выморочных поместьях Федора Пущина, Ивана Клементьева и Юрия Негоновского в новгородских землях (всего более 1100 четвертей земли). В начале января 1706 года Вадбольский советовал «побить о поместьях челом».

Вероятно, тогда же Брюс, получив точные сведения о землях и крепостных крестьянах на них по писцовым и переписным книгам, обратился с челобитной об отдаче этих поместий ему. Учитывая, что по некоторым поместьям были тяжбы с дальними родственниками прежних владельцев и с Иверским монастырем, дело тянулось, по крайней мере до весны 1706 года.

Однако летом 1706 года новгородский управляющий М. С. Желобовский сообщал своему хозяину Я. В. Брюсу, что «в усадьбах у милости твоей по се число, дай Бог, здорово». Была засеяна яровая пашня даже больше, чем при прежних владельцах. Заканчивался посев ржи. Для домашнего обихода было заготовлено 1500 копен сена. Часть лугов была отдана под сенокос «на оброк». Жизнь крепостных крестьян в новгородских поместьях Брюса была, вероятно, лучше, чем у соседей. Так, бежавшие в Польшу крепостные помещика Ивана Нелединского прислали к управляющему имениями Брюса крестьянина для переговоров. Они хотели поселиться на новгородских землях Якова Вилимовича («семей с 20»). Скорее всего, в том же году Брюсу, по совету Желобовского, удалось отписать на себя и новгородский дом И. Клементьева.

Таким образом, даже находясь вдали от своих владений, Яков Вилимович находил время заботиться о них. В своих хозяйственных распоряжениях Я. В. Брюс предстает перед нами как рачительный и заботливый хозяин. В общении с «птенцами гнезда Петрова» Яков Вилимович — «политичный» человек, умеющий отстаивать как собственные интересы, так и интересы своего ведомства, используя при этом не столько грубый нажим, сколько пути дипломатического воздействия и рычаги влияния в ближайшем окружении Петра I.

В 1708 году Брюса вновь одолела старая болезнь — подагра. В письме царю 31 мая Яков Вилимович жаловался, что из-за тяжелой болезни остановилась работа над переводом книги Брауна об артиллерии: «Что принадлежит первыя части брауновой артилерии, и я оною всю еще не мог выправить за проклятою подагрою, которою одержим был больший четырех недель». Однако и после этого Брюс не получил облегчения, так как «[потом припала] было горячка, от которой у меня так было повредились глаза, что не мог оных к многому читанию и писанию употребить».

Опасаясь возобновления подагры, Я. В. Брюс старался, по-видимому, соблюдать специальную диету, но в разоренной стране трудно было сыскать даже самое необходимое для повседневного обихода военачальника столь высокого ранга, каковым являлся Я. В. Брюс. Многое приходилось доставлять из Москвы. Дьяки Артиллерийского приказа писали своему начальнику: «По письмам от вашей милости послано декабря в 3 день до милости вашей с подьячим с Федором Арбузовым на ямских подводах 2 бочки ренского, 2 кожи сыромятных, пол ведра уксусу ренского, 2 фунта кофе, 400 свеч немецких, 1 фунт корицы доброй, 1 фунт гвоздики, ¼ фунта мушкатного цвету, ¼ фунта шефрану, 2 фунта кардамону, 3 фунта аниса, 4 фунта перцу, 3 фунта тимона, 10 фунтов фиников, 10 фунтов миндальных ядер, шляпа, 24 попон, тож число повязок волосяных. 5 пятинок ниток не послано для того, что в памяти Унковского писано, чтоб прислать против посланного образца, а оного образца не прислан. Орехов турецких в ряде и нигде не сыскано. Да из дому милости вашей послано 10 кож бараньих, одеяло песцовое, покрытое сукном, а 3-х кож красных юхотных в доме милости вашей не сыскано. До милости вашей денщики Матвей Иванов, Савва Яковлев, Кирило Стариков посланы ж с ним же, подьячим, и о том вашей милости известно. А вышеписанные, государь, припасы почему куплены, о том к милости вашей писал я с вышеписанным подьячим». Пришлось, по-видимому, Якову Вилимовичу довольствоваться чем Бог послал, без грецких орехов. Интересен список присланных из Москвы продуктов. Пряностями обильно приправляли пищу и добавляли в вино, считалось, что они обладают обеззараживающим действием, а также могут использоваться как лекарства. Сухофрукты и орехи долго хранились и были удобны при транспортировке.

Для сохранения здоровья Я. В. Брюс нуждался и в хорошем поваре, о чем свидетельствует его письмо генералу Р. X. Боуру от 8 ноября 1708 года: «Пожаловал, милость твоя, будучи в Чашниках, уступил мне полоненаго повора. И понеже оной ранен был, а лекарь мой у вашей милости был, того ради я оному приказал было быть у милости твоей доколе выздоровеет. Ныне повар, которой был прислан, умре, и в том великую нужду имею. Того ради прошу вашего жалованя, ежели тот преждеписаной повар выздоровел, пожалуйте мне по-прежнему ево уступитя и прикажите онаго в Смоленске отдать стольнику Алексею Маркову, х которому я писал, дабы ево ко мне прислал. А я за такое ваше жалованье всегда вам готов служить и остаюсь непременно вашего благородия должным слугою».