Новый губернатор — "энергичный человек" — с самого начала своего правления стал наводить в Ганновере определённый порядок. Он завёл "карманную" тайную полицию и находился в курсе всех событий в курфюршестве. Взяв в руки новую метлу, он слегка сократил расходы на содержание генералов и комиссаров и ввёл режим частичной экономии. Он прикрепил генералитет к т. н. королевской кухне и вдвое сократил бюджетные расходы. К концу лета 1805 года он откомандировал обратно во Францию несколько полков, оставив в Ганновере около 20 000 человек. Он запретил офицерам питаться бесплатно у своих хозяев и, увеличив им за это жалованье, рекомендовал ходить в харчевни и рестораны. Он запретил ганноверцам потчевать солдат-постояльцев бесплатными кофе и водкой. Маршал принял меры по оживлению экономики и торговли Ганновера, и страна при нём стала постепенно подниматься и крепнуть. Когда в стране началась нехватка хлеба, он организовал транспорт зерна из Франции. Он посетил знаменитый университет в Гёттингене и взял его под свою опеку. Он приблизил к себе самого способного из местных чиновников — камерального советника Кристофа Людвига Альбрехта Патье — и удостоил его обращением "mon cher ami". Он распространил налоговое бремя на дворян и не уставал повторять при каждом удобном случае, что Франция не ведёт войны против граждан Ганновера, а что её противником является курфюрст и король Англии, и, следовательно, основная тяжесть контрибуции и налоговых поборов должна ложиться на него. Одним словом, он правил не как оккупант, а как рачительный и добрый хозяин, чем и снискал любовь и уважение всех ганноверцев. Эмиграционное правительство Ганновера докладывало в Лондон о деятельности Бернадота в сдержанно-хвалебных тонах. Когда Бернадот стал шведским наследным принцем Карлом Юханом и в 1813 году со шведской армией оказался в Ганновере, жители города встретили его пушечным салютом, а Гёттингенский университет отправил к нему депутацию и пригласил его пожить у себя в городе. Там он тоже встретил радушный и восторженный приём не только у академиков и профессоров, но и у жителей всего города. Э.Шуберт называет правление Бернадота в Ганновере счастьем в разнесчастное для его жителей время.

Покинув Ганновер, англичане оставили в свободном городе Гамбурге своего посланника и резидента разведки Джорджа Рамбоулда, в задачу которого входило освещение положения в Северной Германии. Французы совершили акт грубого насилия над международным правом, арестовав англичанина. На вторую неделю пребывания Бернадота в Ганновере Фуше по указанию Наполеона подписал об его аресте приказ, который в ночь с 24 на 25 октября спешно выполнили генерал Фрер и первый адъютант Бернадота Мэзон. Отряд французов в 100 человек переправился через Эльбу и в Гринделе, пригороде Гамбурга, без всякого сопротивления вломился на виллу спавшего англичанина. Французы конфисковали все документы английского дипломата и обвинили его в подготовке покушения на жизнь первого консула. Все эти обвинения были, конечно, шиты белыми нитками, и в результате этого дела пострадала не только репутация Версаля, но и главного исполнителя — Бернадота. В конце октября 1804 года Рамбоулд был доставлен в Ганновер, а затем переправлен в Париж, где его посадили в тюрьму Тампль.

2 декабря 1804 года Бернадот присутствовал на коронации Наполеона. К этому времени выкупленный у высланного из страны генерала Моро и предназначенный для маршала Бернадота дворец Гросбуа на рю д’ Анжу стоял уже готовый. В феврале 1805 года он опять вернулся к месту службы.

В Ганновере Бернадоту нанёс визит главнокомандующий прусской армией в Вестфалии генерал Гебхард Леберехт Влюхер. С этим "господином" маршалу придётся встречаться несколько раз на палях сражений — то в качестве противника, то союзника. А пока же он поддерживал с берлинским двором самые тёплые отношения и даже удостоился приглашения на большие маневры прусской армии под Магдебургом. Впрочем, воспользоваться этим приглашением ему не пришлось, потому что Наполеон запретил ему отлучаться от армии.

К тому же маршал неожиданно и тяжело заболел, у него возобновилось кровохарканье, так что из Парижа пришлось вызывать мадам Бернадот и маленького Оскара. К счастью, Дезире не успела доехать до места назначения, как супруг уже "скоропостижно" выздоровел.

Пруссаки оценили добрососедские отношения с Ганновером по достоинству: Бернадот потом окажется одним из семи французских высших должностных лиц, удостоившихся высшей награды Пруссии. 8 апреля Бернадот вместе с Наполеоном, Мюратом, Камбасере, Талейраном, Бертье, Дюроком и королём Швеции Густавом IV Адольфом был награждён прусским орденом Чёрного Орла. Здесь, в Ганновере, маршала настигли высокие французские награды: орден Почётного легиона и назначение командиром 8-й когорты, в которую входили 28 генералов, офицеры, сержанты и солдаты — все выходцы из Южной Франции.

Осенью 1805 года началась новая фаза войны. В третью антинаполеоновскую коалицию вошли Австрия, Великобритания, Россия, Швеция и Пруссия. В марте 1805 года Бернадот получил приказ Наполеона послать соглядатаев в Польшу и Россию с заданием наблюдать за всеми передвижениями русской армии. Приказ был незамедлительно выполнен. Бернадот был самым старшим маршалом в армии Наполеона, но уже целых 6 лет не воевал. Он был боевым генералом и горел теперь желанием отличиться на полях сражений. 23 августа от Наполеона поступил приказ идти на соединение с основной армией к Булони, а пока сосредоточить её в районе Геттингена. По выполнении приказа он должен был вернуться в Ганновер, чтобы создать у противника впечатление, что ничего не происходит и что французы по-прежнему остаются дислоцированными в курфюршестве. 1 сентября Наполеон в общих чертах проинформировал Бернадота о составе своей армии. В связи с походом на юг 15-тысячная Ганноверская армия была преобразована в 1-й корпус. Затем поступили приказы вести корпус к Вюрцбургу, через Гессен-Кассель, давая всем понять, что он переводился через Майнц во Францию.

До Касселя Бернадота сопровождала супруга Дезире с сыном Оскаром. В Касселе она с ним распрощалась и вернулась в Париж. Здесь Бернадот провёл переговоры с гессенским курфюрстом, пуская перед ним дымовую завесу из рассказов о мнимой цели перехода корпуса. Курфюрст нервничал, не желая нарушать нейтралитет своего княжества.

Появление 1-го корпуса под Вюрцбургом стало для австрийцев полной неожиданностью и смешало им все карты. Баварский курфюрст Максимилиан Йозеф быстро стал на сторону Наполеона, и 1-й корпус должен был теперь вместе с 24-тысячной баварской армией воевать против австрийцев. Кроме баварцев, в 1-й корпус влились прибывшие под Вюрцбург 19 тысяч солдат Мармона и гессен-кассельская армия, так что под началом маршала Бернадота первое время находилась 60-тысячная армия.

Верный своему принципу не выделяться среди коллег, Бернадот стал доказывать военному министру Бертье и Наполеону необходимость возвращения молодому Мармону его солдат и предоставления ему самостоятельности как полноправному командиру корпуса. Из этого, однако, ничего не вышло, и 2-й корпус оказался под непосредственным началом Наполеона. Не был Бернадот в большом восторге и от баварцев, чья подготовка, дисциплина и вооружение оставляли желать много лучшего, и впоследствии Бернадот будет предпринимать попытки избавиться от ненадёжных и строптивых союзников.