Соединение, едва обжив казармы в румынском городе Бакэу, вынуждено было вскоре покинуть их. Председатель коалиционного правительства демократических сил Румынии Петру Гроза нанес визит в Москву и упросил И. В. Сталина отменить решение о постоянной дислокации частей и соединений на территории страны. Доводы, приведенные П. Гроза: неурожаи последних лет, развал промышленности, неустроенность общества, — казались серьезными, но все же прямого отношения к делу не имели. Советские воины ни в одной стране не являлись нахлебниками. Как бы то ни было, дивизии пришлось вновь выстроиться в походную колонну. Конечной точкой маршрута стал Кишинев, в окрестностях которого и расположились части...

Под штаб комдив получил старинный дом, а сам с Анной Александровной занял «благоустроенную» землянку, отрытую дивизионными саперами. Не хоромы, конечно, однако не протекает, да и молдавский климат не сравнить с финским и ленинградским. В этой походной обстановке 21 октября 1945 года появились на свет близнецы — Александр и Василий.

Вероятно, во время пребывания в Москве, на Параде Победы, состоялся разговор, который в очередной раз изменил судьбу В. Ф. Маргелова. Маршал Р. Я. Малиновский отправлялся на Дальний Восток, где в скором времени начались боевые действия против Японии. Однако нашел-таки он время и написал рекомендацию, по которой Герой Советского Союза генерал-майор В. Ф. Маргелов мог беспрепятственно поступать в Высшую военную академию имени К. Е. Ворошилова, как в то время называлась Академия Генерального штаба.

Николай I был, пожалуй, одним из немногих российских императоров, получивших в свое правление множество колких, обидных и зачастую несправедливых прозвищ. Одно из них — «Палкин» — характеризовало его военные дарования и систему, в которой доминировал аракчеевский принцип: «Двух забей, а третьего выучи». Но такое мнение о самодержце было далеко от действительности. И в том можно наглядно убедиться, прочитав указ о создании в Санкт-Петербурге «Центральный стратегической школы» и ее Устав, утвержденный 11 октября 1890 года, в котором как в капле воды отражается глубокий государственный подход к военному образованию. В основе его был заложен принцип «непоколебимой приверженности Престолу и Отечеству».

Отечество наше, ставшее в октябре 1917 года социалистическим, в вооруженной защите и преданных командирских кадрах нуждалось не менее, чем в дооктябрьский период. В. И. Ленин это прекрасно понимал, и вывеска на Николаевской академии Генерального штаба на Суворовском проспекте Петрограда красовалась аж до декабря 1918 года, пока в академии не произошел раскол преподавателей и питомцев, одни из которых стали на сторону «белых», другие перешли к «красным».

4 декабря 1918 года в Москве Председатель Реввоенсовета Республики Л. Д. Троцкий и председатель ВЦИК Я. М. Свердлов торжественно открыли военную академию Генерального штаба Рабоче-Крестьянской Красной Армии. В таком качестве академия благополучно просуществовала до 5 августа 1921 года. С той даты она стала именоваться Военной академией РККА (с 1925 года — имени М. В. Фрунзе). К 1936 году со всей очевидностью стало ясно, что никакие высшие курсы и факультеты не способны удовлетворять потребности РККА в командирах высшего командного звена. 1 ноября 1936 года в Академии Генерального штаба Красной Армии начались занятия, и с тех пор, несмотря на смену адресов, она верой и правдой служила военной науке. В 1941 году на знамени академии вместо слов «Пролетарии всех стран, соединяйтесь!» появился лозунг: «Смерть немецким оккупантам!», а само высшее военно-учебное заведение стало именоваться «Высшая военная академия имени К.Е.Ворошилова». 4 мая 1945 года на ее знамени появился орден Суворова I степени. С каким чувством переступил генерал-майор В. Ф. Маргелов порог прославленного учебного заведения? Можно предположить, что, имея за плечами богатейший боевой опыт Герой Советского Союза все же реально оценивал свою теоретическую подготовку. По сути, он перешагнул через важную ступень в образовании, которую давала академия имени М. В. Фрунзе, и с первых дней учебы вынужден был наверстывать этот пробел.

В 1946 году академия впервые перешла на двухгодичный срок обучения, по завершению которого офицеры и генералы должны были уметь управлять соединениями и объединениями от корпуса и выше, работать в оперативно-тактическом звене.

В годы учебы В. Ф. Маргелова в Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова ее возглавлял Герой Советского Союза генерал армии М. В. Захаров. Пути Маргелова и Захарова уже пересеклись — в Белорусском военном округе. Матвей Васильевич был выходцем из крестьян Тверской губернии. Петроградский рабочий, он стал с первых дней Октябрьской революции преданным защитником ее завоеваний. Обладавший недюжинной природной сметкой, Захаров в 1919 году одним из первых был направлен командованием РККА в Высшую школу штабной службы, учеба в которой во многом определила будущее краскома. В школе преподавали военспецы из бывшего Генерального штаба русской армии, а у них было чему поучиться.

Ко времени поступления Маргелова в академию за плевами Захарова были уже академия имени М. В. Фрунзе и Академия Генштаба, а в годы Великой Отечественной войны в качестве начальника штаба армий и нескольких фронтов он принимал участие в разработке крупных наступательных операций. Утверждая М. В. Захарова на должность начальника академии, народный комиссар обороны И. В. Сталин подписал 30 января 1946 года примечательный приказ. В нем говорилось:

Как следует из документа, упор в обучении слушателей был направлен на глубокое изучение и обобщение опыта минувшей войны, на широкомасштабное мышление военачальников. В приказе привлекают внимание два пункта. Кого в ходе учебы предлагалось рассматривать в качестве вероятного противника? И почему только приграничные округа должны были стать базовыми в разработке оперативно-мобилизационных мероприятий на случай военного столкновения? Ответы были обусловлены прежде всего коренным изменением во взаимоотношениях бывших союзников по антигитлеровской коалиции. Об организации, стратегии и тактике вооруженных сил США и Англии известно было очень немного. И вовсе не случайно, что в названии кафедры «Вооруженных сил иностранных государств», которую в 1945 — 1947 годах возглавлял генерал-майор П.Н.Рубцов, спустя некоторое время добавились слова: «и разведки». В 1946 году на горизонте замаячила угроза ядерной войны, что коренным образом меняло представление о характере возможных военных столкновений.