Дальнейшее деление той и другой части на более мелкие отрасли, распределение по отдельным разрядам казачьей старшины – полковников, есаулов, хорунжих и пр., их военная дисциплина и взаимные отношения всецело покоились на порядках, сложившихся еще в старой Запорожской Сечи. Так велось военное дело, видимо, в продолжение всей войны. Впоследствии, когда в одном из сражений был смертельно ранен и потом умер кошевой Белый, его место заступил Захарий Чепига, оставивший за собой командование конницей. Главное же командование над пешими казаками, особенно при морских сражениях, перешло к Антону Головатому, игравшему выдающуюся роль в дальнейших судьбах вновь образованного войска. Сначала войско, в отличие от неверных запорожских казаков, принявших покровительство Турции, было названо просто «войском верных казаков», а позже оно переименовано было в «Черноморское войско» по месту своих военных действий и жительства.

Во время турецкой войны черноморские казаки не только несли передовую разведочную службу, но и участвовали во всех важнейших сражениях на суше и на море. Их действия начались занятием сторожевых позиций по р. Бугу. Месяц спустя, 21 мая, находившийся в Кинбурге Суворов потребовал прислать ему три казацкие лодки «с добрыми молодцами»; туда и отправлен был войсковой полковник Савва Белый с 120 казаками; а на следующий день знаменитый полководец приказал прислать еще 15 лодок в распоряжение принца Нассау-Зигена, командовавшего русским гребным флотом, и к принцу была послана флотилия с двумя полковниками и 684 казаками. Наконец, 28 мая сам принц Нассау потребовал, чтоб к нему в устье Буга явился со всей казачьей флотилией кошевой атаман Сидор Белый. Казаки вместе с русским флотом расположились у Кинбургских берегов и здесь между русскими и турецкими моряками произошло через десять дней 7 июня жаркое сражение. Турки не выдержали натиска русских и отступили, а как действовали при этом первом крупном боевом деле казаки, об этом свидетельствует рескрипт Потемкина казакам, в котором говорится о храбрых их деяниях «в сражении» с турецким флотом.

Командующий этим флотом Гассан-паша не считал, однако, проигранным дело. Собравши у Очакова весь наличный турецкий флот, он двинул его 16 июня против русской эскадры. Завязался новый и еще более ожесточенный бой. Принц Нассау и на этот раз оказался искуснее турецкого паши. Благодаря его умелым распоряжениям часть турецких судов была повреждена, часть посажена на мель, а часть сожжена и взлетела от взрывов на воздух. Черноморские казаки на своих небольших лодках храбро бросались на трехпалубные турецкие корабли, севшие на мель, вступали в рукопашную с турецкими моряками и жестоко поражали неприятеля. Гассан-паша был разбит и отступил с уцелевшими судами к Очакову.

Таким образом, и в этот второй раз казаки оказались видными участниками в крупном морском деле. Потемкин вновь благодарил казачье войско за его храбрость и самоотверженное участие в сражении с турками. На этот раз самоотвержие черноморских казаков было куплено ценой смерти кошевого атамана Белого, который был смертельно ранен в бою и на другой день умер от ран; убит был также один полковой есаул и 14 казаков, в плен попало целых 255 человек.

В эту пору величественная роль полководца Потемкина сводилась к очень скромной задаче – передвижению русских войск обоими берегами р. Буга к Очакову. Сюда, в свой главный стан, Потемкин потребовал 21 июля половину казачьей флотилии. Кошевой Чепига отправил к главнокомандующему 18 лодок под командой войскового судьи Антона Головатого, оставивши другую часть казачьей флотилии в распоряжении принца Нассау. До самой осени казаки, да и вся русская армия, не предпринимали решительных действий против турок. Казачья конница деятельно несла передовую разведочную службу, а пешие казаки находились на своих лодках в указанных выше частях армии.

Но когда осенние бури вынудили Гассан-пашу удалить флот из-под Очакова в более спокойные и безопасные места, Потемкин приказал взять остров Березань, расположенный на виду у Очакова. Осуществить это предприятие поручено было войсковому судье Головатому. Это была очень трудная задача. Прежде чем удалиться со своим флотом к Константинополю, Гассан-паша сильно укрепил остров Березань. В том месте острова, к которому можно было пристать на лодках, он построил батареи, а в самой Березанской крепости оставил вооруженный гарнизон. Казакам приходилось взять почти неприступные твердыни, но они с геройством выполнили возложенное на них поручение.

Дело происходило таким образом. 7 ноября рано поутру казаки сели на свои лодки и отправились по морю к Березани. Зрителями предстоящей трагедии были, с одной стороны, вся русская армия, расположенная на берегу и на судах, а с другой – засевшие в крепостях Очакова и Березани турки. Нелепым до чудовищности казалась дерзкая попытка казаков подойти к Березани на своих незатейливых лодках и взойти на неприступный берег, когда из крепости и батареи направлены были на них пушки и ружья гарнизона. Казаки, однако, поплыли к острову. Лишь только они приблизились к нему на выстрел, как на них направлен был убийственный огонь неприятельской артиллерии. Дым и пламя окутали остров, заряды бороздили море впереди и сзади казачьих лодок, падали в лодки и на людей, а впереди предстояло еще худшее – взойти на сильно вооруженный и неприступный по крутизне и мелководью берег Березани. Но казаки, точно на смотру, стройно двигались на своих лодках к раз намеченному пункту под убийственным огнем неприятеля. Подойдя к острову на известное расстояние, они вдруг произвели залп из своих пушек и ружей, бросились из лодок в воду и вброд стремительно двинулись к неприступному берегу Березани. С такой же стремительностью они взобрались на самый берег, дружным натиском смяли передовые части осаждаемых, взяли батареи и погнались за убегавшими турками до самой крепости; но с крепости нападавшие были засыпаны картечью. Тогда казаки бросились назад к батареям и своим лодкам. Поворотивши взятые на батареях турецкие пушки против крепости и установивши свои пушки, снятые с лодок, в том же направлении, они начали громить Березанскую крепость. В то же время началась канонада Березани с русского флота. Несколько фрегатов приблизились к Березани, стали посылать пушечные заряды в крепость, а канонерские лодки под командой бригадира де Рибаса подошли к самому острову. Турки сдали Березань.

Так была взята Березань казаками, потерявшими в бою одного полкового старшину, четырех куренных атаманов и 24 рядовых казаков. Потеря в сущности незначительная; казаки взяли в плен 320 турок, захватили 23 пушки, 150 бочек пороха, 1000 ядер, 2300 четвертей хлеба, турецкие знамена, а, главное, завладели неприступным островом с сильнейшей крепостью. После этой победы казаков Потемкин потребовал к себе казачьих старшин, участвовавших в бою, и лично выразил им и войску благодарность за взятие Березани, а военная репутация казаков нашла достойную оценку в армии.

Березань пала 7 ноября, а 6 декабря штурмом был взят Очаков. И здесь казаки, участвуя в штурмовой колонне правого крыла нападавшей армии, мужественно дрались с врагом и способствовали взятию замка Гассана-паши. Этим и закончили казаки в 1788 году свое участие в турецкой войне. Год этот прошел не безрезультатно для вновь образованного войска. Если оно и потеряло своего первого кошевого атамана Белого, то вместе с тем выказало свои боевые качества и тем доказало полную пригодность для военных целей русской армии. Так взглянуло на него и правительство, давши ему особое наименование «Черноморского войска».