Монголы представляли собой серьёзную угрозу. Хотя между ассассинами и монголами в результате дипломатических усилий Хасана III был заключён мирный договор, близился неизбежный конфликт между двумя антагонистами. Широкий размах низаритских устремлений и честолюбивых замыслов должен был привести их к прямому столкновению со сходными планами монголов. Мухаммед III унаследовал от отца разветвлённую систему политических союзов, но все они разрывались вследствие быстрой смены политической обстановки, вызванной продвижением монголов. Когда монголы обратили свои взоры на Персию, исмаилиты вновь, как когда-то раньше, оказались практически в полной изоляции.

Монгольские войска, возглавляемые Чингис-ханом, впервые подступили к берегам Яксарта (ныне Сыр-Дарья) в 1218 году. В 1238 году ассассины отправили послов во Францию и Англию, соединившими свои усилия с посланниками Аббасидского халифа в попытке убедить христианских государей Людовика IX Французского и Генриха III Английского выступить против монголов. К несчастью, именно в этот момент европейские короли искали союза с монголами против мусульман. К 1240 году монголы дошли до Западного Ирана и собирались двинуться на Грузию, Армению и Северную Месопотамию. В 1248 году исмаилитское посольство, прибывшее на монгольский курултай, было отправлено обратно без ответа.

В 1252 году ханом монголов в Каракоруме был избран Менгу, внук Чингис-хана. Он немедленно приказал своему младшему брату Хулагу идти в поход на низаритов и полностью уничтожить их государство. В 1254 году Менгу принял францисканца Вильгельма Рубрука, посла Людовика IX. Людовик хотел заручиться поддержкой монголов в Седьмом крестовом походе. Вильгельм узнал, что Великий хан боится за свою жизнь, так как ему стало известно, что против него послано около 40 ассассинов под разными обличьями, которые должны были отомстить за поход на Аламут. Хотя Хулагу прибыл в Иран только в 1256 году, его авангард уже расчищал ему путь через исмаилитские земли. Монголы напали на кухистанских низаритов, затем двинулись на Гирдкух и отправили отряды опустошать долину Рудбара. А меж тем неумолимо продолжал приближаться и сам Хулагу с основной армией.

Многие обитатели Аламута были устрашены жестокостью монгольских орд. Однако Мухаммед III до конца сохранял силу своего (возможно, больного) духа. С другой стороны, его охватила неприязнь к старшему сыну и наследнику Хуршаху. В 1255 году вожди ассассинов решили, что душевная болезнь имама принимает такие угрожающие формы, что им не остаётся ничего другого, как посадить на престол его сына. Они хотели объявить Хуршаха регентом и, не причиняя никакого вреда Мухаммеду, отстранить его от дел, особенно ввиду монгольской опасности. Однако эти замыслы так и не воплотились в жизнь: пьяный Мухаммед был зарублен топором своим любовником Хасаном Мазендерани, которого он когда-то изувечил, поддавшись садистским наклонностям во время секса. Жена Хасана Мазендерани сообщила Хуршаху о деянии её мужа, пытаясь смягчить его изъявлениями раскаяния, но новый правитель приказал казнить убийцу своего отца и трёх его детей.

Хуршах (1255–1256)

Развязка аламутской драмы наступила с восшествием на престол Хуршаха, ставшего 27-м низаритским имамом. Сознавая неизбежность поражения от монголов, Хуршах написал Ясуру, монгольскому военачальнику в Ираке, выражая свою покорность монгольской власти. Ясур ответил, что Хуршах должен сам явиться к Хулагу. Вместо этого аламутский правитель послал в лагерь Хулагу в Хорасан своего младшего брата Шаханшаха. Между тем в июне 1256 года Ясур вступил в окрестности Аламута. Воины Хуршаха выдержали первый натиск. Хулагу передал Хуршаху, что примет его сдачу и не будет винить его в преступлениях его отца, если он разрушит свои крепости и лично явится в монгольский лагерь. Войско Ясура отправилось дальше.

Хуршах попросил отсрочки на год, прежде чем предстать перед Хулагу, чтобы иметь возможность лично надзирать за срытием своих замков. Он также попросил пощадить Аламут и Ламмассар из-за их древности. Хулагу отвечал, что если Хуршах не может прибыть к нему лично, то пусть пошлёт в знак доброй воли своего сына. Тем временем Хулагу подошёл к Рею. Хуршах отправил к нему своего сына. Хотя Хулагу заподозрил, что присланный мальчик не является настоящим наследником, низаритские историки утверждают, что это было так. Монгольский хан продолжил наступление, и Хуршах прислал к нему ещё одного брата с 300 низаритов в качестве заложников. В ноябре 1256 года Хуршах находился в крепости Маймундиз. К замку подошли войска Хулагу и потребовали, чтобы аламутский имам сдался, дав пять дней сроку. 19 ноября 1256 года Хуршах пришёл в монгольский лагерь со своей семьёй, свитой и сокровищами. Остальные ассассины отказались сдаваться и были перебиты монголами.

Хулагу принял Хуршаха вежливо, раздав ассассинские сокровища своим воинам, но взамен подарив имаму сотню верблюдов и жену-монголку. Затем он попросил имама сопровождать его в походе, чтобы лично обеспечить сдачу оставшихся низаритских крепостей. Сообщают, что по призыву ослабевшего духом имама монголам сдалось сто замков. Каждая крепость после выхода из неё обитателей разрушалась до основания. Начальники Аламута и Ламмассара поначалу отказались сдаваться, но в декабре 1256 года Аламут всё же был сдан.

Монголы были изумлены чудесами Аламута. Хулагу самолично поднялся в замок, чтобы тщательно осмотреть искусность его отделки. Вода поступала по прочным каменным трубам и скапливалась в огромных резервуарах, вырубленных из сплошной скалы. Пища и оружие хранились в подземных кладовых, также вырубленных в скале. Неприступная крепость была обеспечена всем необходимым со времён Хасана ас-Саббаха. Хасан насадил в аламутской долине множество деревьев и разработал ирригационную систему, чтобы повысить плодородность земли. Аламут задумывался как крепость, в которой населяющая её община способна выдержать длительную осаду. И лишь затратив значительные усилия, монголы сумели её срыть.

Армию Хулагу сопровождал персидский историк Джувейни. Он лично наблюдал за сожжением большей части из оставшихся книг аламутской библиотеки, включая работы по низаритской истории и теологии, а также не-мусульманские математические, философские и научные произведения. Разрушению главной библиотеки мы в том числе обязаны отсутствием ассассинской литературы аламутского периода. С другой стороны, объяснением может служить постоянное состояние военной готовности, которое побуждало низаритов скорее к практической деятельности по обращению населения, чем к литературным или философским изложениям своего учения.

Гарнизон Ламмассара продержался на год дольше. Хулагу и Хуршах выехали из Казвина, откуда Хуршах написал письмо сирийским низаритам, приказывая им подчиниться монголам. Вместе с тем он попросил устроить ему встречу с самим Великим ханом Менгу. В 1257 году Хуршах в сопровождении монгольского отряда отправился в долгий путь до Каракорума. Когда он прибыл в ставку Менгу, тот отказался принять прибывшего, так как Ламмассар и Гирдкух всё ещё оказывали сопротивление монгольской армии. На обратном пути разочарованный Хуршах был избит до смерти своими монгольскими охранниками.

Исмаилиты позаботились укрыть в надёжном месте сына Хуршаха, Шамс ад-дина Мухаммеда. (Нынешний Ага-хан возводит свой род к этому выжившему потомку аламутских имамов.) Монголы начали безжалостно стирать с земли самую память об ассассинах, убивая всех мужчин, женщин и детей, и особенно преследуя родственников Хуршаха. Самая злодейская резня состоялась в Кухистане, где за один день было перебито около 80 000 исмаилитов. Многие были проданы в рабство. Защитники Ламмассара были все уничтожены после взятия крепостей, хотя гарнизон Гирдкуха сумел продержаться до 1270 года. В 1275 году ассассинский отряд захватил Аламут, но монголы вернули себе замок в течение года.