10 июня: Президиум ЦК КПСС принял решение о проведении стратегической операции «Анадырь» по развертыванию советской военной базы баллистических ракет на территории Кубы.

28 июля: издан приказ КГБ при СМ СССР «Об усилении борьбы органов государственной безопасности с враждебными проявлениями антисоветских элементов».

30 августа: разведка США путем анализа аэрофотоснимков обнаружила стартовые площадки баллистических ракет на Кубе.

9 сентября: американский самолет-разведчик U-2 сбит над территорией Китая.

11 сентября: президент США Дж. Кеннеди запретил проведение разведывательных полетов над кубинской территорией.

4 октября: 99 советских баллистических ракет средней дальности размещены на территории Кубы.

22 октября: органами КГБ при СМ СССР арестован агент американской и английской разведок полковник ГРУ ГШ ВС СССР О. Пеньковский.

24 октября: ввиду опасности военного конфликта с СССР с применением ядерного оружия вооруженные силы США приведены в состояние наивысшей боевой готовности.

2 ноября: в Венгрии арестован связной Пеньковского с зарубежными спецслужбами англичанин Г. Винн.

Решением руководства КГБ в Высшей школе КГБ при СМ СССР создан факультет военной контрразведки — факультет № 1.

1963 год

Февраль: начальник 3-го Управления КГБ при СМ СССР генерал-лейтенант А.М. Гуськов назначен начальником Особого отдела КГБ при СМ СССР по Московскому военному округу. Начальником 3-го Управления КГБ при СМ СССР с должности первого заместителя начальника 3-го управления назначен генерал-майор И.А. Фадейкин.

2 февраля: с должности начальника ГРУ Генштаба ВС СССР снят генерал армии И.А. Серов.

Март: с должности начальника Генерального штаба ВС СССР снят Маршал Советского Союза М.В. Захаров.

Начальником ГРУ Генштаба — заместителем начальника Генштаба Вооруженных Сил СССР с должности 1-го заместителя председателя КГБ при СМ СССР назначен кадровый военный контрразведчик генерал-полковник П.И. Ивашутин.

12 марта: Указом Президиума Верховного Совета СССР по результатам расследования уголовного дела изменника Родины полковника Пеньковского «за потерю политической бдительности и недостойные поступки» командующий ракетными войсками и артиллерией Сухопутных войск главный маршал артиллерии С.С. Варенцов снят с должности, уволен в отставку, понижен в звании до генерал-майора артиллерии, лишен звания Героя Советского Союза, ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

Бывший начальник ГРУ ГШ ВС СССР, бывший председатель КГБ при СМ СССР генерал армии И.А. Серов понижен в звании до генерал-майора, лишен звания Героя Советского Союза, ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

11 мая: Военная коллегия Верховного Суда СССР за измену Родине в форме шпионажа приговорила полковника ГРУ ГШ ВС СССР О.В. Пеньковского к расстрелу, его связника Г. Винна — к восьми годам лишения свободы.

В США сотрудниками ФБР завербован в качестве агента оперативный техник резидентуры ГРУ ГШ Н.Д. Чернов.

1964 год

1 февраля: за антисоветскую деятельность арестован начальник оперативного отдела штаба 5-й армии ДВО генерал-майор П.Г. Григоренко. По заключению судебно-психиатрической экспертизы признан невменяемым. Уволен из рядов Вооруженных Сил, лишен генеральского звания. Позднее стал одним из заметных деятелей диссидентского движения в СССР.

17 апреля: Приказом КГБ при СМ СССР контрразведывательное обслуживание Гражданского воздушного флота передано из органов военной контрразведки во 2-е ГУ КГБ при СМ СССР.

26 июня: на имя Н.С. Хрущева за подписями председателя Партийной комиссии при ЦК КПСС Н.М. Шверника, секретаря ЦК КПСС А.Н. Шелепина, первого зампредседателя Комитета партийного контроля при ЦК КПСС З. Сердюка, завотделом административных органов ЦК КПСС Н. Миронова, Генерального прокурора СССР Р.А. Руденко, председателя КГБ при СМ СССР В.Е. Семичастного направлена Справка о проверке обвинений, предъявленных в 1937 году судебными и партийными органами т. Тухачевскому, Якиру, Уборевичу и другим военным деятелям в измене Родине, терроре и военном заговоре.

Октябрь: в результате предварительного сговора группы высших партийно-правительственных чиновников при участии председателя КГБ при СМ СССР В.Е. Семичастного и министра обороны Р.Я. Малиновского Н.С. Хрущев освобожден от должностей первого секретаря ЦК КПСС и председателя Совета Министров СССР.

14 октября: первым секретарем ЦК КПСС избран Л.И. Брежнев.

16 октября: Китай провел испытание атомной бомбы.

19 октября: в авиакатастрофе в Югославии погибли начальник Генерального штаба ВС СССР Маршал Советского Союза С.С. Бирюзов и завотделом административных органов ЦК КПСС Н. Миронов.

1966 год

Февраль: начальник 3-го Управления КГБ при СМ СССР И.А. Фадейкин назначен уполномоченным Аппарата уполномоченного КГБ при СМ СССР по координации и связи с МГБ и МВД ГДР. Начальником 3-го Управления КГБ при СМ СССР с должности заместителя начальника управления назначен генерал-лейтенант Г.К. Цинев.

16 сентября: Указом Президиума Верховного Совета РСФСР введена уголовная ответственность за «систематическое распространение в устной форме заведомо ложных измышлений, порочащих советский государственный и общественный строй, а равно изготовление или распространение в письменной, печатной или иной форме произведений такого содержания».

17 сентября министром по охране общественного порядка СССР назначен Н.А. Щелоков.

1967 год

Апрель: министром обороны СССР назначен Маршал Советского Союза А.А. Гречко.

24 апреля: при спуске с орбиты трагически погиб командир космического корабля «Союз-1» полковник В. Комаров.

15 мая: военный летчик ГСВГ В. Епатко на самолете МиГ-17 перелетел на территорию Западной Германии.

18 мая: генерал-полковник В.Е. Семичастный освобожден от должности председателя КГБ при СМ СССР.

Май: председателем КГБ при СМ СССР с должности секретаря ЦК КПСС назначен Ю.В. Андропов.

24 июля: начальник 3-го Управления КГБ при СМ СССР Г.К. Цинев назначен начальником 2-го ГУ КГБ при СМ СССР.

19 августа: создана группа консультантов при председателе КГБ при СМ СССР.

15 сентября: начальником 3-го Управления КГБ при СМ СССР с должности начальника Управления особых отделов по ГСВГ назначен ветеран СМЕРШ генерал-майор В.В. Федорчук.

24 ноября: первым заместителем председателя КГБ при СМ СССР с должности председателя КГБ при СМ Азербайджана назначен генерал-лейтенант С.К. Цвигун.

Декабрь: в годовом отчете о работе КГБ при СМ СССР, направленном Генеральному секретарю ЦК КПСС Л.И. Брежневу, Ю.В. Андропов отметил, что «военная контрразведка совместно с органами государственной безопасности ГДР разоблачила 17 агентов западных разведок, занимавшихся шпионажем против Группы советских войск в Германии».