В Ига среди десятков семей к середине XVI века основную силу представляли собой знаменитые кланы Хаттори, Момоти, Фудзибаяси, Цугэ, из которых происходили многие знаменитые дзёнины. Как правило, дзёнины не афишировали рода своих занятий – их имена были строго засекречены. Но имено они около ста лет фактически держали под контролем провинцию Ига вплоть до знаменитого Тэнсё Ига-но ран – мятежа в Ига 1580 года, когда Ода Нобунага расправился с коалицией госи из Ига, подчинив своей власти провинцию, но так и не уничтожив здешних ниндзя. Интересно, что некоторые дзёнины в целях конспирации жили в соответствии с принципом «один человек – несколько жизней», часто перемещаясь, имея по несколько домов в разных (максимально удаленных друг от друга) местностях провинции или даже в разных провинциях, несколько семей и профессий для прикрытия и т. д. Известными тюнинами (командирами среднего звена) из Ига были Татэока Митидзюн и Отова Кидо. Среди гэнинов Ига исследователи выделяют знаменитого Исикаву Гоэмона (с этим доблестным ниндзя-разбойником читатель уже знаком), Симоцугэ Кидзару (именно его некоторые авторы считают прототипом упоминавшегося нами Сарутоби Сасукэ), Симоцугэ Кодзару, Синдо Котаро, Ямада Хатиэмон, Такаяма Таросиро и т. д. Всего под руководством великих дзёнинов Ига в разные времена было от нескольких сот до более тысячи ниндзя, действовавших поодиночке или малыми группами.

Ниндзя из Ига были настоящими профессионалами-наемниками, поступавшими на службу ради денег и чести своего клана. Впрочем, в этом они мало отличались от многих современных им самураев или пехотинцев-асигару. Многие дзёнины неплохо разбирались в современной им политической ситуации – так, они нередко нанимались на службу к тем князьям, которые могли быть так или иначе выгодными коалиции госи из Ига. Между семьями Ига всегда существовала конкуренция, нередко вспыхивали конфликты, подчас очень кровавые, но перед лицом внешней угрозы ниндзя умели сплотиться, как это случилось, к примеру, в черном для них 1580 году, когда весь недюжинный героизм, хитрости и таланты не уберегли замки и святыни Ига от вторгнувшейся в край огромной армии Ода Нобунага. Нобунага, обозленный попытками ниндзя убить его, устроил в провинции настоящий террор, уничтожая сотни и тысячи крестьян, госи, монахов. Но многие ниндзя уцелели, бежав из провинции. Часть позднее вернулась в родные края, продолжив заниматься ниндзюцу, а некоторые разбрелись по стране, продавая свое мастерство всем желающим, которых было хоть отбавляй до самого установления в стране режима сёгуната Токугава. В эпоху Токугава многие ниндзя из Ига вошли в Ига-моно («спецназ» Токугава Иэясу); под командованием дзёнинов из рода Хаттори они принимали участие во всех последних битвах между самураями (при Сэкигахара, в осадах замка в Осака и т. д.), получая за службу очень солидный паек – по 100 коку риса для рядовых, несколько тысяч – для командиров. Отряд Ига-гуми (или Ига-моно – «люди из Ига») в несколько видоизмененной форме просуществовал на службе сёгуната вплоть до революции Мэйдзи, когда многие из потомков ниндзя нашли себя в заново создаваемых японских спецслужбах.

Ниндзя из Кога несколько отличались от своих соседей. Во-первых, уезд контролировало значительно большее количество кланов (дошедшие до нас реестры часто упоминают «53 рода Кога»), во-вторых, большинство из них были по своей сути как раз мелкими самураями-госи, а не крестьянами, как в Ига (где часто даже тюнины происходили из крестьян). Большинство этих родов считали себя вассалами рода Сасаки – владельцев провинции Оми. В XV веке они умудрились разгромить большое войско сёгуната Асикага, посланное против Сасаки. Вплоть до разгрома войска князя Сасаки армиями Ода Нобунага в 1570 году они, как правило, служили этому княжескому роду, а впоследствии различные отряды Кога-моно («людей из Кога») нанимались на службу к разным хозяевам, включая Такэда Сингэна, Уэсуги Кэнсина, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу. Знаменитыми родами из Кога были собственно Кога, Мотидзуки, Утики, Угаи, Акутагава, Кино, Тоно, Нагано. Ниндзя из Кога нередко формировали целые ударные отряды (склонность действовать группами отличала их от соседей из Ига, начавших практиковать подобные действия гораздо позже, и не в таких масштабах), имевшие громкие названия – «Отряд летучий дракон», «Отряд белый дракон», «Отряд Фудзивара», «Отряд Тайра». Отряды «людей из Кога» состояли на службе у сёгуната также очень долго, вплоть до Мэйдзи – в качестве соглядатаев, полицейских агентов и т. д. В частности, именно ниндзя из Кога проникли в замок Хара во время Симабарского восстания (см. главу о христианстве в Японии).

Почему же именно в Ига и Кога, возникли самые мощные группировки ниндзя, и были ли центры ниндзюцу где-либо еще в Японии? Возможные ответы приводит в своей работе А. Горбылев: с одной стороны, эти местности провинции находятся рядом с историческим центром японской государственности, на перекрестье дорог, ведущих в Киото, Осака и Нагоя, и в то же время, в отличие от многих соседних провинций (таких как Ямато, Ямасиро, Овари), Ига и Кога не слишком плодородны, гористы, они были не слишком густо и очень неравномерно заселены и не представляли собой особо лакомого куска для крупных феодалов в эпоху Сэнгоку дзидай. То есть относительная экономическая отсталость Ига и Кога уравновешивалась близостью к важнейшим культурным центрам (отсюда возможность проникновения в среду местных ниндзя китайских военных трактатов, европейских технологий и т. д.). Неподалеку же часто селились корейские и китайские иммигранты, которых японские императоры и сёгуны селили поближе к столице. В окрестных горах и горных долинах Ямато, Ёсино, Кумано находились десятки обителей приверженцев различных школ эзотерического буддизма и особого учения сюгэндо – монахов-ямабуси (напоминавших китайских сяней – просветленных даосов). Монахи-сохэи славились как непревзойденные мастера боя копьем, секирой, японской алебардой-нагината. В Ига и Кога нередко бежали проигравшие свою войну соседям князья и самураи из других провинций, принося с собой не только умение обращаться с мечом, но и вкус к «большой политике». Но, как нам кажется, именно географический фактор обусловил появление десятков мелких кланов, практиковавших ниндзюцу, – как правило, один род проживал в одной (или нескольких соседних) деревнях, имея вокруг себя, в уединенных маленьких долинах, непростых соседей. В таких условиях дефицит людских ресурсов неизбежно приводил к попыткам организовать наблюдение и сбор информации, наладить работу шпионских сетей. По мере усиления давления извне, достигшего апогея в середине XVI века, кланы стали все активнее сотрудничать, прекрасно осознавая, что их ремесло способно принести значительно больший доход, чем сельское хозяйство. Отсюда – быстро оформившаяся профессионализация ниндзюцу. Прикрытием, связанным с возможностью свободно перемещаться по стране, а иногда и дополнительным заработком был целый ряд других профессий (не связанных с земледелием), которыми занимались многие ниндзя – и дзёнины, и гэнины.

Вообще, как писал А. Горбылев, в самом факте существования семей, бережно хранивших традиции шпионажа, для Японии ничего особенно странного нет, ведь недаром у японцев существовала пословица: «Сын кузнеца становится кузнецом, а сын самурая – самураем». Взять, к примеру, древнейшее и мощнейшее семейство ниндзя из Ига – семью Хаттори. Иероглифы, которыми записывается фамилия Хаттори, могут быть прочитаны также как «Фуку-бэ», что означает «Платяная корпорация». Элемент бэ свидетельствует об иностранном, видимо китайском, происхождении этого рода, а все слово означает, что этот род, поселившись в Японии, занимался ткацким ремеслом. Известно также, что кроме ткачества Хаттори обладали неплохими познаниями в области театральных представлений саругаку, включавшими в себя пение, танцы, акробатику, фокусы и т. д. Именно под исполнителей саругаку нередко маскировались ниндзя. Пришельцев из Китая в Японии ценили очень высоко, поскольку они обладали обширными знаниями в науках и ремеслах. Поэтому предки Хаттори исстари занимали привилегированное положение. Глава этой семьи уже к X веку превратился в мурадзи – нечто вроде губернатора провинции Ига, а члены его семьи стали служить в охране самого императора.