В мае 1998 г. в администрации Ельцина прошли крупные кадровые перестановки. 25 мая Путин был назначен заместителем руководителя администрации, ответственным за региональную политику. В отличие от своей предшественницы - старой соратницы Ельцина Виктории Митиной, - Путин получил должность первого заместителя главы администрации. Однако он не долго совмещал обе должности. 1 июня на посту руководителя ГКУ его сменил генерал-лейтенант госбезопасности Николай Патрушев, также выходец из Санкт-Петербурга, которого в Москву перетащил Путин. Он же рекомендовал назначить Патрушева своим преемником.

Отставку Митиной и назначение на ее место Путина связывали с желанием администрации установить жесткий контроль над региональным руководством (в частности, в свете подготовки к выборам 2000 г.), - Митина, по мнению наблюдателей, с этой задачей не справлялась. Ожидалось, что работа Путина, который, будучи директором ГКУ, установил контакты с руководителями регионов и освоил рычаги влияния на них, будет более эффективной.

4 июня, в ходе своей первой пресс-конференции в новой должности, Путин сообщил, что руководство страны будет уделять больше внимания региональной политике, контроль за выполнением президентских поручений, распоряжений и указов на местах усилится, однако не следует ожидать "закручивания гаек". Путин также рассказал о результатах своей деятельности на посту главы ГКУ - выявленных злоупотреблениях (в частности, в виде нецелевого использования бюджетных средств) и возбужденных уголовных делах. Так, Путин указал на нарушения, обнаруженные в финансовой деятельности компании "Росвооружение", и продолжающуюся проверку этой организации.

Проверка была вызвана прежде всего тем, что во главе этой организации стоял человек, поставленный Коржаковым, - Евгений Ананьев. Путин же задумал поставить руководителем этого третьего после нефти и газа лакомого куска российской экономики своего знакомого, офицера действующего резерва ФСБ. Эту шахматную партию Путин выиграл с блеском. Он добился увольнения Ананьева, реструктуризировал Росвооружение и поставил во главе новой организации своего сослуживца по разведке Андрея Бельянинова (первым заместителем Бельянинова стал Чемезов).

15 июля 1998 г. Путин был назначен вместо Сергея Шахрая главой Комиссии при президенте России по подготовке договоров о разграничении полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации. С тех пор ни один такой договор подписан не был.

25 июля 1998 г. указом президента Путин был назначен директором Федеральной службы безопасности России (ФСБ). Деятельность Путина в качестве директора ФСБ, подчинявшегося непосредственно президенту, отчасти координировалась премьер-министром. Премьер-министром в тот момент был Сергей Кириенко. Он представил нового руководителя аппарату ФСБ, охарактеризовав Путина как человека, имеющего опыт работы в спецслужбах и борьбы с экономической преступностью.

Путин в своем выступлении заметил, что возвращается в ФСБ как "в свой родной дом" и настроен на большую конструктивную работу. Тем не менее в книге "От первого лица" он вспоминал, что воспринял новое назначение без энтузиазма. Другой вопрос - насколько он тут откровенен.

Без энтузиазма отнеслись к назначению Путина и многие кадровые сотрудники ФСБ. Вскоре после назначения Путина правительство Кириенко, самое молодое за всю российскую историю, считавшееся прозападным и реформистски настроенным, было отправлено в отставку. Сменивший Кириенко Примаков, бывший первый заместитель председателя КГБ и директор Службы внешней разведки, был очевидным противником и Ельцина, и всего его окружения. Для генералитета ФСБ приход Примакова на пост премьер-министра означал если не свершившийся переворот, то по крайней мере его начало. Доставшийся в наследство от ушедшей эпохи Кириенко Путин всерьез не воспринимался. К тому же Путин был всего лишь подполковник. В военной организации, где к чинам относились серьезно, без улыбки или злобы нельзя было упоминать воинский ранг Путина.

Направление прошлой деятельности Путина в КГБ также было причиной для насмешек. Путин работал в ГДР, куда посылали троечников от разведки. Первый эшелон сотрудников направлялся, конечно же, в капиталистические страны, прежде всего в США и Западную Европу. Если бы к Путину как к специалисту в КГБ относились серьезно, он работал бы в Западной Германии, а не в Восточной.

Но именно потому, что центральным генералитетом ФСБ Путин не воспринимался как свой, он и был поставлен хитрыми царедворцами - Чубайсом и Юмашевым - во главе ФСБ. Дело в том, что предшественник Путина генерал ФСБ Николай Ковалев (союзник Лужкова и Примакова) был в ФСБ слишком своим и имел определенную политическую цель: захватить власть в России, как когда-то пытался сделать Коржаков. Только не для себя, а для идеологических противников Ельцина. Поскольку в России получение власти во многом связано с наличием денег, Ковалев попытался взять под свой контроль основные экономические структуры страны с помощью двух самых крупных в ФСБ экономических отделов: Управления экономической контрразведки (УЭК) и Управления контрразведывательного обеспечения стратегических объектов (УКРОСО). Это и стало основной причиной увольнения Ковалева и начала реформирования ФСБ, которое было поручено Путину. В окружении Ельцина посчитали, что Путин, дослужившийся всего лишь до подполковника в провинциальном восточногерманском городе Дрезден, должен быть обижен на систему и лоялен останется Кремлю, а не Лубянке.

Одним из направлений работы Путина стало противодействие сложившейся тенденции, в рамках которой мэр Москвы Юрий Лужков и губернатор Санкт-Петербурга Яковлев оказывали все большее влияние на региональных руководителей ФСБ. Иными словами, Московское и Санкт-Петербургское управления ФСБ по существу подчинялись не директору ФСБ, а городским начальникам. Диктовалось это экономическими соображениями. На официальную государственную зарплату никто из офицеров ФСБ давно не жил. В дополнение к зарплате всем выдавались пакеты с наличными деньгами. Эти деньги нужно было где-то брать, и региональные управления ФСБ повсеместно вступали в непосредственные коммерческие отношения с городскими руководителями, предоставляя им за получаемые деньги определенные услуги: персональную охрану, крышевание бизнесов и прочее. Чем крупнее был город, тем влиятельнее начальники. До прихода Путина на должность директора ФСБ руководитель Управления ФСБ по Москве и Московской области по политическому влиянию в правительстве мог тягаться с директором ФСБ, а по экономическим возможностям оставлял директора ФСБ сильно позади.

Следует отдать должное Путину. С задачей реформирования ФСБ он справился блестяще. Прежде всего он показал старшему офицерскому составу ФСБ, кто в доме хозяин, причем сделал это достаточно иезуитским способом. Он вывел за штат, т. е. уволил, примерно две тысячи офицеров ФСБ, включая всех сотрудников двух экономических отделов и руководителей-генералов из Коллегии ФСБ. На освободившиеся вакансии в Коллегии он назначил выходцев из Санкт-Петербурга, бывших сослуживцев по КГБ, генералов Виктора Черкесова, Сергея Иванова и Александра Григорьева. В октябре 1998 г. своим заместителем в ФСБ он сделал старого знакомого - ленинградца Патрушева. В Москву были также переведены коллеги Путина по ленинградскому КГБ Владимир Проничев (ставший начальником Департамента по борьбе с терроризмом) и Виктор Иванов (Начальник департамента Собственной безопасности ФСБ - внутренняя контрразведка). Личным помощником и доверенным лицом Путина в ФСБ стал капитан Игорь Сечин, меньше чем за полгода дослужившийся до полковника (в ранг полковника был произведен и директор ФСБ Путин).