Когда об этом стало известно высокому начальству, от него потребовали объяснения. Медведев сослался на указания ЦК ВКП(б) о необходимости всем органам НКВД впредь соблюдать все нормы социалистической законности. Терпеть подобное самоуправство во стороны Медведева никто не хотел. И особоуполномоченному НКВД СССР майору госбезопасности Алексею Стефанову было поручено с ним "разобраться". Тот приехал и "разобрался". По докладу Стефанова в ноябре 1939 года Берия подписал приказ об увольнении в отставку капитана госбезопасности Д.Н. Медведева "за допущение массового необоснованного прекращения следственных дел".

Так Дмитрий Николаевич в возрасте сорока одного года оказался в отставке. Он переехал в Москву, некоторое время снимал частную комнату, а потом купил полдома в дачном поселке Томилино по Казанской железной дороге, где и поселился с женой Татьяной Ильиничной и престарелым отцом Николаем Федоровичем.

В первые же дни войны Медведев написал в наркомат докладную записку, в которой обосновал идею о благоприятных условиях, которые создаст массовое партизанское движение для широкого развертывания и ведения во вражеском тылу активной разведывательной работы при участии профессиональных чекистов. Далее он подробно сформулировал принципы действия чекистских спецгрупп, которые после заброски на оккупированную территорию развертывались бы в сильные партизанские отряды.

Докладную Медведев отвез в Москву и передал из рук в руки давнему сослуживцу, одному из немногих уцелевших старых чекистов Петру Петровичу Тимофееву, уже ранее упоминавшемуся.

Тимофеев, в свою очередь, передал записку "товарищу Андрею", то есть Судоплатову, уже возглавлявшему Особую группу. Тот мгновенно оценил предложения Медведева, в основном совпадавшие с его собственными. К тому же оказалось, что "товарищ Андрей" отлично помнит Дмитрия Николаевича (по возрасту и стажу службы старше его самого) по работе на Украине в конце двадцатых годов. Еще лучше знал Медведева по совместной службе в Донбассе Виктор Александрович Дроздов.

"Товарищ Андрей" и Дроздов, наделенные большими полномочиями, добились того, что капитан госбезопасности Медведев был восстановлен в кадрах наркомата и вернулся в строй.

Между тем уже 29 июня и 18 июля 1941 года руководством страны были приняты важнейшие директивы о разжигании на оккупированной врагом советской территории партизанской войны. Повсеместно население приняло и поддержало лозунг: "Пусть земля горит под ногами оккупантов!"

...Очень скоро немцы почувствовали на себе всю силу народного гнева. С каждым днем удары партизан по вражеским гарнизонам, транспортным артериям, коммуникациям связи становились все ощутимее. Такого организованного сопротивления со стороны населения гитлеровцы не ожидали. Их расчеты поддерживать "новый порядок" на советской земле "обычными", проверенными в Западной Европе мерами и сравнительно малочисленными полицейскими частями и подразделениями не оправдались. Против партизан пришлось бросать целые дивизии вермахта, в том числе и отозванные с этой целью с фронта. Уже 16 сентября 1941 года начальник штаба верховного главнокомандования вооруженными силами Германии генерал-фельдмаршал Кейтель издает пресловутый приказ "О подавлении коммунистического повстанческого движения". Приведем некоторые выдержки из этого приказа:

"1. С самого начала кампании против Советской России на оккупированных Германией территориях повсюду началось коммунистическое повстанческое движение... Для того, чтобы в зародыше задушить недовольство, необходимо при первых же случаях незамедлительно применять самые решительные меры для того, чтобы укрепить авторитет оккупационных властей и предотвратить дальнейшее распространение движения. При этом следует иметь в виду, что человеческая жизнь в соответствующих странах в большинстве случаев ничего не стоит и что устрашающего воздействия можно добиться лишь с помощью исключительно жестких мер. Искуплением за жизнь каждого немецкого солдата в таких случаях должна служить, как правило, смертная казнь 50-100 коммунистов. Способы этих казней должны еще увеличивать степень устрашающего воздействия... В случае недозволенного хранения оружия также следует, как правило, выносить смертный приговор..."

Фашистский вермахт, а не только войска СС, руководствуясь этим страшным приказом, принимал прямое и широкое участие в массовом истреблении населения оккупированных областей СССР.

...Первый экзамен на зрелость бойцам и командирам ОМСБОН предстояло сдать в суровых осенних и зимних боях на подступах к Москве. Одними из первых сдавали его медведевцы. Потому что ко времени начала битвы за столицу тридцать три бойца партизанского спецотряда "Митя", а точнее разведывательно-диверсионной резидентуры (РДР) № 4/70 - под командованием Д. Медведева уже действовали во вражеском тылу. Районом действий отряда была определена в основном родина командира - Брянщина. Иначе говоря, отряд чекистов воевал на одном из важнейших стратегических направлений наступления немецких войск на Москву.

Отряд ушел за линию фронта 7 сентября 1941 года и вернулся обратно 12 января 1942 года. При этом он вырос... в десять раз!

Своей активной разведывательной и боевой работой, организацией партизанского движения на Брянщине и Орловщине спецотряд "Митя" много сделал для срыва наступления немцев на Москву и последующего их разгрома. Была собрана и передана в Центр для Верховного и фронтового командования Красной Армии важная информация. Наиболее серьезными из полученных данных были сведения о мероприятиях немецкого командования по обеспечению наступления на Москву, а затем по срыву его попыток ликвидировать последствия разгрома, информация о скоплении в конце декабря в Брянске, Орджоникидзеграде, Жиздре, Жуковке и других пунктах войск и танков противника, о передвижении в тот же период по шоссе, большакам и железным дорогам в сторону Рославля, Смоленска, Брянска и Гомеля потрепанных под Москвой частей противника; о подвозе большого количества горючего из Гомеля в Брянск; о происходящих значительных погрузках военной техники в эшелоны на железнодорожной станции Брянск-II; о спешном строительстве немцами сильных укреплений на восточных окраинах Брянска, Орджоникидзеграда, Белых Берегов, в поселках Городище и Урицкий, по западным берегам рек Десна и Болва, у шоссейных и железных дорог и мостов (в Москву были отправлены схемы и характеристики строящихся укреплений, их вооружения) и многом другом.

За 120 дней в тылу врага партизаны-медведевцы провели свыше 50 боевых операций, взорвали три вражеских эшелона, уничтожили двух генералов, семнадцать старших офицеров, свыше четырехсот солдат и офицеров (не считая убитых при взрыве эшелонов), подбили и сожгли 9 самолетов, большое количество автомашин, взорвали 7 шоссейных и 3 железнодорожных моста, несколько промышленных предприятий, захватили большое количество трофейного оружия.

В одном из боев Дмитрий Николаевич был ранен в колено. Его вынес на себе и доставил в безопасное место адъютант, один из самых сильных людей в стране - абсолютный чемпион СССР по боксу Николай Королев.

17 февраля 1942 года Д.Н. Медведев был награжден орденом Ленина. Высоких правительственных наград были удостоены многие бойцы и командиры отряда "Митя".