Период первых успехов кончился. С этого нападения открылась целая эпоха длинных и тяжелых войн за утверждение русского господства в Сибири.

Русские были вынуждены обороняться. В Тобольске еще не было воеводы, и ответный рейд русского отряда возглавил, по всей видимости, письменный голова Дмитрий Чулков, строитель Тобольска. На следующий год, когда Кучум пошел по верховьям Иртыша, перешедшим в русское подданство, 8 июля 1591 года Чулков вывел своей отряд и 1 августа напал на ставку сына Кучума, Абулхаира, стоявшего на Ишиме недалеко от озера Чили-куль. В бою ставка была разгромлена, а сам Абулхаир с двумя женами попал в плен [33, с. 278] и позже был отправлен в Москву.

Начало войны вынудило царя Федора Ивановича предпринять меры для укрепления своих позиций в Сибирском ханстве. Стало понятно, что одними только Тобольском и Тюменью не обойдешься, и что надо строить новые опорные пункты. В 1592 году в Тобольск был назначен первый воевода князь Федор Михайлович Лобанов-Ростовский, и было принято решение построить в Сибирском ханстве еще три города: Пелым, Березов и Сургут. Эти три города закрепляли за Россией северо-западную часть Сибирского ханства, прилегающую к дороге в Московию.

Собственно, это были даже не города, а просто укрепленные поселения. Например, Никифор Траханиотов построил укрепления Березова всего за 10 дней [33, с. 283]. Понятно, что большой город за столь краткое время построить невозможно, и речь идет только о нескольких избах для стрельцов, воеводы и припасов, обнесенных тыном из бревен. Построен он был очень плохо, поскольку уже в 1601 году в царской грамоте говорилось о том, что острог плох, укрепления его сгнили и нужно строить новый.

В тот же год воевода Петр Горчаков построил Пелымский городок в устье реки Пелым, при впадении ее в Тавду. Есть разночтения относительно строительства Пелыма. Г.Ф. Миллер указывает, что Пелым был построен в 1594 году, а в «Истории Сибири с древнейших времен» указано, что в 1593 году был построен Пелымский городок. Очевидно, речь идет об одном и том же городе. Только в 1593 году он был построен небольшим отрядом, а в 1594 году расширялся для размещения большого отряда из 50 конных казаков и 100 пеших стрельцов [33, с. 282]. Планировалось здесь также завести пашню, посадить на нее стрельцов и казаков и снять их с хлебного жалованья.

План удался только частично. Пашню сразу завести не удалось, а большая часть гарнизона Пелыма была переброшена в другие места, где обострилась обстановка.

Первое восстание против русских в Сибири вспыхнуло в 1594 году в Березовском уезде, населенном вогулами. Оно началось с того, что 18 февраля 1594 года остяцкие князья Игичей Алачев и Онжа были пожалованы правом собирать ясак в свою пользу с двух остяцких волостей по Сосьве, отправлять суд и не платить никаких податей и пошлин [33, с. 285]. За что остяцкие князья были пожалованы такими широкими правами, умалчивает даже осведомленный Миллер. Скорее всего, за активную помощь при строительстве Березова, поставленного в самом центре вогульских земель. Игичей давно враждовал с вогульским князем Агаем и активно помог русскому отряду в строительстве Березова во владениях своего врага. За неимением сведений трудно сказать, какого рода была эта помощь. Может быть, лес рубили для русского острога, а может быть, помогали разорять окрестные вогульские юрты.

Далее Игичей, восприняв русское пожалование, напал на вогулов и прошелся грабежом по их землям. Князь Агай собрал ополчение и в ответ напал на Березов. Видимо, напал не просто так. Скорее всего, князь Игичей в момент нападения гостил у русских. Это вполне вероятно, потому что ответный поход возглавили русский стрелецкий голова Иван Зинев и князь Игичей [33, с. 285].

Вогулы были разбиты, князь Агай и его сын Азын попали в плен и потом были отправлены в Москву. Трофеи русские и остяки Игичея делили на равных. Игичею очень приглянулась дочь Агая. Но воевода Траханиотов отнял ее и отдал другим остякам, от которых она все равно попала к Игичею.

Этот остяцкий князь был довольно долгое время наместником от русских в Березовском уезде. После разгрома вогулов он еще долго время от времени грабил их и угонял пленников. Русские на все это смотрели сквозь пальцы. По всей видимости, как мы можем понять из странной близости русской администрации Березова и Игичея, здесь не обходилось без доли от награбленного. Так продолжалось до тех, пока князь кондинских вогулов Курманай Танаев в 1600 году не пожаловался в Москву на Игичея и пока в 1604 году не вышел царский указ, сильно урезающий полномочия ретивого остяцкого князя.

Однако великий почин состоялся. Местные жители на примере этого восстания увидели, что русские не только сами жестоко притесняют население, но и позволяют это делать своим союзникам. В Березовском уезде стали постоянно вспыхивать восстания против русских и союзных с ними остяков. В 1598 году среди березовских остяков началось такое сильное восстание, что их князь Шатров Лугуев осаждал Березов.

Восстания постоянно использовались Кучумидами для расширения войны против русских. С первого восстания в Березовском уезде в борьбе против русских вогулам и остякам помогал сын Кучума Есим, женатый на дочери крупного ойратского тайджи Хо-Урлюка. Есим, его сын Аблай-Керей и ойратский тайджи Хо-Урлюк еще появятся на страницах нашего повествования.

Обстановка в Сибири практически вышла из-под контроля русских. Возобновление войны с Кучумом, недовольство наложенным ясаком, грабежами и притеснениями привели к тому, что большая часть населения Сибирского ханства стала поддерживать Кучума. Кто активно, а кто просто ждал удобного момента. Кучум и его сыновья прикладывали максимум сил к тому, чтобы это сопротивление русским было как можно более широким и ожесточенным.

Царь Федор Иванович и его советники, в число которых входил Борис Годунов, понимали, что если не одержать решительную победу над Кучумом, положение в Сибирском ханстве будет таким же неспокойным, а русское господство — неустойчивым. Было принято решение готовиться к большому походу в Ишимскую степь, где кочевал Кучум. Первым этапом подготовки должно было стать строительство опорного пункта на Иртыше, выше Тобольска, где можно было бы собрать и подготовить отряд для выступления в поход.

1594 год. Начало строительства Тары. Сведения о подготовке этого похода перечеркивают все представления о прочности завоевания русскими Сибирского ханства в те времена. Людей в русских городах было крайне мало, и для подсобных работ пришлось навербовать ясачных татар. Костяк отряда, выступившего из Тобольска, составил отряд воеводы Максима Мальцева, который привел из Казани прямой дорогой через Уфу 554 стрельца. Тюмень направила 160 человек, из которых 80 были ясачными татарами. Тобольск отправил 100 человек тобольских служилых татар во главе с атаманом Черкасом Александровым и головами Баязетом и Байбахтой. Тобольский воевода Лобанов-Ростовский придал отряду 300 тобольских ясачных татар, 150 татар для работы на стругах и 20 пермских плотников.

Получился отряд в 1284 человека, из которых 630 человек были татарами [33, с. 288]. Воздвигнутый город, точнее городок, который долгое время был самым южным русским укреплением в Сибирском ханстве, был очень небольшой. Тара состояла из двух укреплений. Внутренний город был площадью в 250–300 кв. саженей (примерно 120–150 кв. метров), а внешний огораживался острогом, то есть стеной из частокола, длиной до 500 саженей. Общая площадь Тары составляла 30 тысяч саженей, или 15 тыс. кв. метров, то есть занимала участок 140 на 105 метров [33, с. 290]. В Таре был оставлен гарнизон из 145 стрельцов под началом князя Андрея Васильевича Елецкого.