Американцы развернули активный поиск баз японских катеров. Используя радиоперехват, авиационную и иные виды разведывательной информации, они сумели воздушными ударами и артиллерийским огнем уничтожить многие из них и полностью завладели инициативой.

Японцы, за исключением нескольких массированных атак, в основном вынуждены были проводить рейды небольшими группами катеров. Технически несовершенные, они могли использоваться лишь в прибрежных водах. Их тщательно прятали у берега или на специальных тележках укрывали на побережье. Эффективность действий взрывающихся катеров во многом зависела от их технических характеристик. Последние по многим показателям были неудовлетворительными. Например, явно недостаточная скорость сводила на «нет» эффект внезапных атак на американские корабли, которые имели достаточно времени на организацию плотного заградительного огня на пути катеров.

В ночь на 1 февраля около 20 катеров «Синьё» предприняли атаку американских десантных судов в Насугбу, что в Южном Лусоне. Как и прежде, удача им не сопутствовала: таранным ударом был потоплен лишь катер-охотник PC-1129. Американские транспортные и десантные суда не пострадали. Однако американцы по ошибке потопили два собственных десантных катера. «Синьё» понесли тяжелые потери и были почти полностью уничтожены.

Ночью 10–11 февраля несколько «Синьё» предприняли очередную атаку, пытаясь помешать американским судам обстреливать остров Коррехидор, расположенный на пути в Манильскую бухту. Однако и они были полностью уничтожены.

Последнюю попытку атаковать американский десант на Филиппинах «Синьё» осуществили 15 февраля. Базировавшимися на острове Коррехидор катерами командовал капитан-лейтенант Оямада. Около 50 катеров выкатили на тележках из укрытий, и они устремились в атаку. "Сотрясатели моря" были встречены огнем переоборудованных в корабли огневой поддержки десантных барж типа "LCI".

Артиллеристы «LCI-27» потопили 6 «Синьё». Лишь седьмой катер сумел прорваться сквозь огонь и тяжело повредил баржу. В этой отчаянной схватке американцы потеряли также баржи «LCI-7», "LCI-26", "LCI-49".

Однако на базу не вернулся ни один япрнский катер. Оставшийся в живых технический персонал сражался вместе с защитниками острова и погиб в боях.

Бесславно закончилась попытка японцев использовать взрывающиеся катера «Синьё» при защите острова Иводзима. Два их дивизиона были переброшены на остров и тщательно укрыты как раз накануне высадки десанта США. Американцы в поисках оптимальной тактики по овладению сильно укрепленными островами подвергли Иводзиму невиданному до сих пор авиационному и артиллерийскому обстрелу. Японский гарнизон, укрывшись в пещерах, пострадал не сильно, но взрывающиеся катера были почти полностью уничтожены.

Остров Окинава для японцев имел жизненно важное значение. Вот почему сражение за него было упорным и жестоким. Взрывающимися катерами «Синьё» в количестве двух дивизионов, а также эскадрой сверхмалых лодок (7 единиц) командовал контр-адмирал Ота Минору.

22-й дивизион «Синьё» с 45 катерами размещался возле Тинена на юго-востоке Окинавы. Неожиданный налет американской авиации уничтожил несколько катеров. Погибло 15 водителей.

42-му дивизиону пришлось еще хуже. На его базу в Ионабу (на юго-востоке Окинавы) было доставлено всего 17 катеров.

Подготовилась к встрече американцев и армия. Она развернула в районе Окинавы 8 "морских десантно-диверсионных отрядов" общей численностью около 720 катеров. Около 300 из них были размещены на маленьких островках Керама, расположенных в 27 километрах от Окинавы. Остальные базировались в южной части острова, там, где, по предположению японцев, противник предпримет высадку десанта.

26 апреля американцы в целях создания передовой базы высадились на островах Керама. К счастью для них, большинство водителей катеров во главе с капитаном Омати участвовали в учениях на Окинаве. Десяток катеров, вышедших в море навстречу американцам, не смог им помешать. Таким образом, почти все соединение армейских взрывающихся катеров оказалось в руках американцев. Часть из них японцы успели взорвать сами. В общей сложности уцелело лишь десять катеров. Они предприняли четыре попытки атаковать американские корабли, но были уничтожены. Всего на островах Керама американцы захватили и уничтожили около 350 "Мару-ни".

Помимо уничтожения значительной части японских взрывающихся катеров, американцы захватили карты с информацией об их размещении на Окинаве, а также важные документы, раскрывающие тактику их боевого применения.

25-31 марта американцы подвергли Окинаву интенсивному обстрелу корабельной артиллерией и мощным воздушным бомбардировкам. В результате взрывающиеся катера понесли тяжелые потери. Особенно пострадал самый боеспособный 22-й дивизион «Синьё». 15 катеров были потоплены американской авиацией, которая, к тому же, выследила их базу в Тинене. После мощного воздушного удара к 1 апреля — началу высадки американского десанта — в двух дивизионах на Окинаве осталось всего около 20 боеспособных "Синьё".

Катерам «Мару-ии» повезло больше, хотя и они несли от бомбардировок значительные потери. Тем не менее боевой дух японских водителей-смертников был очень высок. В ночь на 1 апреля навстречу американским десантным судам вышло около 50 катеров «Мару-ни». Они были обнаружены и обстреляны. Однако сквозь плотный заградительный огонь удалось прорваться примерно трети катеров. В результате десантный корабль «LSM-12» получил тяжелейшие повреждения и выбросился на берег.

Успешными оказались и действия немногочисленных катеров «Синьё». 22-й дивизион располагал 14 уцелевшими катерами, однако на воду смог спустить всего 4, так как тележки остальных были уничтожены воздушными налетами. Получив приказ адмирала Ота идти в атаку, в ночь на 4 апреля 4 катера, на каждом из которых заняли места по несколько человек, вышли на поиск врага. Вскоре они заметили две переоборудованные в корабли огневой поддержки десантные баржи типа «LCI» и разделились на пары. Одна пара не смогла поразить свою цель. Зато катер из другой пары, управляемый унтер-офицерами Исикавой и Судзуки, таранным ударом потопил «LCI-82». При этом погибло 8 и было ранено 11 американских моряков.

Неясной оказалась судьба двух последних катеров 42-го дивизиона. Командир лейтенант Имото повел их в последний бой, и больше ни одна из воюющих сторон их не видела.

Взрывающиеся катера Императорского флота, таким образом, были почти полностью уничтожены и больше участия в боевых действиях не принимали. Попытка японцев переправить на Окинаву несколько дополнительных дивизионов «Синьё» с Формозы, Исигаки-Сима и Амами-О-Сима окончилась провалом: по пути транспорты были перехвачены и уничтожены американцами.

Что касается армейских взрывающихся катеров, то они продолжали свои атаки в течение всего апреля. В ночь на 9 апреля группа катеров «Мару-ни» с базы в Нахе на юго-восточном побережье острова Окинава предприняла массированную атаку транспортов противника. Один из катеров удачно взорвал глубинную бомбу у правого борта эсминца "Чарльз Дж. Бедгер". Хотя жертв не было и эсминец удержался на плаву, его повреждения оказались настолько сильными, что в боевых действиях участия он больше не принимал.