В Кушке было сосредоточено и отделение осадного артиллерийского парка в составе шестнадцати 6-дюймовых (152-мм) осадных пушек в 120 пудов, шестнадцати легких полевых пушек обр. 1877 г., четырех 8-дюймовых (203-мм) полевых легких мортир и шестнадцати 1/2-пудовых гладких мортир. На случай войны с Афганистаном нужды в тяжелых 6-дюймовых пушках и 8-дюймовых мортирах не было. Эти орудия предназначались для индийских крепостей.

В 1900 г. Кушка через Мерв была соединена с Закаспийской железной дорогой, а в 1906 г. вступила в строй стратегическая железная дорога Оренбург — Ташкент (1852 км). До Оренбурга железная дорога была доведена еще в 1877 г. Таким образом, Россия гораздо проще и быстрее могла перебросить в Афганистан и Северную Индию личный состав и артиллерию, нежели Англия из своей метрополии.

Демаркация западного участка северной границы Афганистана была закончена русско-английским соглашением, подписанным 10 (22) июля 1887 г. в Петербурге. Но восточный участок северной границы Афганистана был по-прежнему не определен. Тут Афганистан граничил с Памиром, который окружавшие его племена именовали «крышей Мира». Разумеется, граница была условной, и никто никогда не занимался ее демаркацией.

Высокогорный район Памира с его суровым климатом сам по себе никогда не интересовал завоевателей. В долинах Памира проживало около 2,5 тыс таджиков и около 18 тыс. кара-киргизов. И те и другие были мусульманами, но таджики относились к шиитам, а киргизы — к суннитам.

К концу XIX в. Памир приобретает важное стратегическое значение, поскольку через его перевалы можно было попасть в Кашгарию, Афганистан и Индию.

Впервые русские генералы подняли вопрос о присоединении Памира в 1876 г. после окончательного покорения Кокандского ханства, в число владений которого формально входил и Памир. Однако в связи с началом русско-турецкой войны решение этой проблемы было отложено.

С начала 80-х гг. XIX в. англичане под видом научных экспедиций стали посылать на Памир своих эмиссаров и разведчиков. В свою очередь Военное ведомство в 1888 г. отправило туда экспедицию под командованием капитана Громбчевского. Примеру англичан последовали и китайцы, выставив свои посты в долинах озер Рангкуль и Яшилькуль. Но вскоре туда прибыли войска афганского эмира, оттеснившие китайцев к Рангкулю. В 1890 г. в Кашгар из Индии прибыла английская миссия, официально для учреждения в этом городе консульства, а неофициально для переговоров с китайскими властями о разделе Памира.

Русское правительство не могло допустить, чтобы этот стратегический район был поделен между Англией и Китаем, и приняло решение немедленно занять Памир. Для этого в Маргилане был сформирован специальный отряд, состоявший из охотников (добровольцев) из 2-го, 7-го, 15-го, 16-го и 18-го Туркменских линейных батальонов и 24 казаков из 6-го Оренбургского полка. Всего в отряде было 8 офицеров и 114 рядовых под командованием полковника Ионова.

Ионову было приказано прекратить «хозяйничанье» китайцев и афганцев на Памире, указать на его принадлежность России, по возможности избегать столкновений и производить геодезические съемки. Преодолев с огромными трудностями перевал Тенгиз-Бай (в Алайском хребте), отряд двинулся правым берегом реки Кызыл-Суу и перешел ее вброд напротив урочища Бордаба. Отсюда 10 июля 1890 г. отряд выступил через перевал Кызыл-Арт и 12 июля был на реке Музкол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником Ионовым пошли на перевал Уз-Бель и озеро Рангкуль, а пехота с вьюками пошла на перевал Акбайтал. Затем пехота по реке Акбайтал вышла в долину реки Оксу, а оттуда в долину реки Аличур, где и остановилась, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал районы, принадлежавшие к Гиндукушу.

От озера Рангкуль Ионов отправился по реке Оксу (Мургаб) к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Карачукура, поднялся по реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик русские арестовали английского лейтенанта Девинсона и отправили его под конвоем в Маргелан. А у Базаи-Гумбеза был арестован английский капитан Юнгхесбенд, с него Ионов взял письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.

После этого Ионов с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и через перевал Болрогиль вернулся обратно в долину реки Вахандарьи к селению Сархад. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Хзаргош в долину реки Аличур, соединился с пехотой у озера Яшилькуль, откуда и двинулся в обратный путь, в город Ош.

Отряд во время своего движения убедился, что население колеблется относительно своего подданства, и поэтому действовал тут как на территории, бесспорно принадлежавшей России, — расставлял пограничные знаки, утверждал беков и т. д. Но после ухода русского отряда китайцы и афганцы опять начали хозяйничать в долинах рек Оксу и Аличур, что вынудило туркестанскую администрацию опять отправить в 1892 г. на Памир отряд под началом полковника Ионова.

Отряд был значительно увеличен. В его составе имелись четыре пехотные роты добровольцев, три сотни казаков из 6-го Оренбургского полка, двухорудийный взвод Туркестанской конно-горной батареи и команда саперов.

2 июня 1892 г. отряд Ионова выступил из Маргилана и 17 июня прибыл к озеру Рангкуль, где находился китайский отряд, бежавший при приближении русских войск. 27 июня отряд встал биваком на берегу реки Оксу (Мургаб) около слияния ее с рекой Акбайтал вблизи урочища Шаджан. Здесь Ионов получил сведения о нахождении афганского поста у впадения реки Аличур в озеро Яшилькуль и о готовящемся нападении китайской конницы на русский отряд в случае его продвижения к озеру.

Ионов решил действовать, он сам выступил против афганцев, а капитана Скерского выслал против китайцев.

Скерский выбил китайцев из укрепления Ак-Таш в верховьях реки Оксу, а Ионов, после рукопашной схватки 12 июля, уничтожил афганский пост у Сума-Таша около озера Яшилькуль в долине реки Аличур.

25 июля Ионов двинулся в обратный путь на Оксу (Мургаб). Здесь, на месте прежнего бивака, он заложил укрепление и выслал капитана Скерского с полусотней казаков для рекогносцировки отдаленных районов Памира, где снова появились китайцы.

25 августа Ионов отправился обратно в Фергану, оставив в новом укреплении Шаджанский отряд (160 человек пехоты и 40 казаков) капитана Кузнецова. Кузнецов успокоил китайцев относительно неприкосновенности их территории и наладил с ними дружеские отношения.

Зима 1892 г. прошла спокойно. Весной 1893 г. афганцы начали стягивать войска к границам Бухары и производить рекогносцировки в Шигнане и Рушане, собирая с местного населения незаконную подать. Для прекращения произвола афганцев в этот район был послан штабс-капитан Ванновский с двумя офицерами и десятью нижними чинами, при появлении которых афганцы бежали.

В начале 1894 г. на Памир были отправлены подкрепления снова под командой полковника Ионова. В мае 1894 г. Ионов получил сведения о появлении вооруженных афганцев в Шигнане и Рушане и немедленно отправил туда два отряда: подполковника Юденича — по реке Гунт и капитана Скерского — по реке Шахдаре, до впадения обеих рек в Пяндж. В ту же сторону был выслан казачий разъезд капитана Александровича.