В последний год жизни Елена много болела и часто ездила на богомолье в монастыри.

Великая княгиня умерла 3 апреля 1538 г. Власть перешла к уцелевшим членам семибоярщины. Они поспешили расправиться с Овчиной: «умориша его гладом и тягостию железною, а сестру его Аграфену сослаша в Каргополь и тамо ее постригоша в черници».

Смерть правительницы была, как видно, естественной. Правда, австрийский посол Герберштейн, по слухам, писал об отравлении великой княгини ядом. Но сам же он удостоверился в неосновательности молвы и, издавая «Записки» во второй раз, не упомянул больше о насильственной смерти Елены. Царь Иван, негодовавший на бояр за непочтение к матери, даже не догадывался о возможном ее отравлении.

Бояре восприняли смерть Елены как праздник. Бывшие члены семибоярщины честили незаконную правительницу, не стесняясь в выражениях. Один из них, боярин Михаил Тучков, как утверждал царь Иван, произнес «на преставление» его матери многие надменные «словеса» и тем уподобился ехидне, «отрыгающей яд».

До смерти отца княжич Иван жил на женской половине терема под надзором боярынь, кормилиц и нянек. В три года его образ жизни изменился. Отныне он должен был участвовать во всех церемониях, требовавших присутствия монарха. Опекуны не позаботились о том, чтобы переделать трон, который был слишком велик и неудобен для мальчика.

Свою первую аудиенцию трехлетний Иван дал гонцам крымского хана. После приема он «подавал им мед». В шесть лет князь принимал литовских послов и произнес несколько слов, предписанных церемониалом. Однако на пирах в честь послов мальчик отсутствовал. Литовцам объяснили, что великому князю «будет стол в истому».

При жизни Василия III и после его кончины главной боярыней при наследнике состояла Аграфена, вдова боярина Василия Андреевича Челяднина. Отец боярина Василия Андрей, а затем брат Василия Иван были первыми, кто получил от Ивана III высший чин конюшего боярина.

Елена Глинская доверяла Аграфене Челядниной. Ее брат Овчина стал конюшим. В 1536 г. Аграфена вместе с Овчиной сопровождала Ивана IV в его первой поездке на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. В следующем году на посольском приеме «ходил у великого князя в дяди место» Иван Иванович Челяднин. Еще через два года дядька получил титул конюшего. Обязанности дядьки были разнообразными. Челяднин был воспитателем наследника. Вероятно, именно он начал знакомить его с книжной премудростью. После смерти матери княжич Иван лишился привычного окружения.

С гибелью Андрея Старицкого старшим среди опекунов стал князь Василий Васильевич Шуйский. Этот боярин, которому было более 50 лет, женился на царевне Анастасии, двоюродной сестре Ивана IV. Став членом великокняжеской семьи, князь Василий захотел устроить жизнь, приличную его новому положению. Со старого подворья он переехал жить на двор Старицких.

Царь Иван говаривал, будто князья Василий и Иван Шуйские самовольно приблизились к его особе и «тако воцаришася». Но так ли было в действительности? Ведь Шуйские стали опекунами малолетнего Ивана по воле великого князя!

Будучи членами одной из самых аристократических русских фамилий, Шуйские не пожелали делить власть с теми, кто приобрел влияние благодаря личному расположению Василия III. Раздор между «принцами крови» (так Шуйских называли иностранцы) и старыми советниками Василия III (боярами Юрьевым, Тучковым и думными дьяками) разрешился смутой. Через полгода после смерти правительницы Шуйские захватили ближнего дьяка Федора Мишурина и предали его казни. Вскоре же они довершили разгром семибоярщины, начатый Еленой. Боярин и регент Тучков отправился в ссылку в деревню. Его двоюродный племянник Юрьев прожил менее года после описанных событий. Ближайший союзник Тучкова в думе боярин Иван Бельский подвергся аресту и попал в тюрьму. Торжество Шуйских довершено было низложением митрополита Даниила, сподвижника Василия III. Расправившись со своими противниками, Василий Шуйский присвоил себе стародавний титул боярина «наместника на Москве».

Победа Шуйских была полной, но кратковременной. Старый князь Василий умер в самый разгар затеянной им смуты. Он пережил Мишурина на несколько недель. Младший брат Иван Шуйский не обладал ни авторитетом, ни опытностью старшего. В конце концов он рассорился с остальными боярами и перестал ездить ко двору. Противники Шуйских воспользовались этим, выхлопотали прощение Ивану Бельскому и вернули его в столицу, а Ивана Шуйского послали во Владимир с полками. Однако в результате переворота в 1542 г. опекун вернул себе власть. С помощью своих сторонников в думе он низложил митрополита Иоасафа, а князя Бельского сослал на Белое озеро.

Когда князь Иван, последний из душеприказчиков Василия III, умер, во главе партии Шуйских стал князь Андрей Шуйский. В то время великому князю Ивану исполнилось тринадцать лет.

Иван потерял отца в три года, а в семь с половиной лет остался круглым сиротой. Его четырехлетний брат Юрий не мог делить с ним детских забав. Ребенок был глухонемым от рождения. Достигнув зрелого возраста, Иван не раз с горечью вспоминал свое детство. Чернила его обращались в желчь, когда он описывал обиды, причиненные ему — заброшенному сироте — боярами. Жалобы царя столь впечатляющи, что их обаянию поддались историки. На основании царских писем В. О. Ключевский нарисовал знаменитый психологический портрет Ивана-ребенка. В душу сироты, писал он, рано и глубоко врезалось чувство брошенности и одиночества. Безобразные сцены боярского своеволия и насилий, среди которых рос Иван, превратили его робость в нервную пугливость. Ребенок пережил страшное нервное потрясение, когда бояре Шуйские однажды на рассвете вломились в его спальню, разбудили и испугали его. С годами в Иване развились подозрительность и глубокое недоверие к людям.

Насколько достоверен образ Ивана, нарисованный рукой талантливого художника? Чтобы ответить на этот вопрос, надо вспомнить, что Иван до семи лет рос, окруженный материнской лаской, а именно в эти годы сформировались основы его характера. Опекуны, пока были живы, не вмешивали ребенка в свои распри, за исключением того случая, когда приверженцы Шуйских арестовали в присутствии Ивана своих противников, а заодно и митрополита Иоасафа. Враждебный Шуйским летописец замечает, что в 1542 г. в Москве произошел мятеж и «государя в страховании учиниша». Царь Иван дополнил летописный рассказ. При аресте митрополита бояре «с шумом» приходили к государю в постельные хоромы. Мальчика разбудили «не по времени» — за три часа до света — и петь «у крестов» заставили. Ребенок даже не подозревал, что на его глазах произошел переворот. В письме к Курбскому царь не вспомнил о своем мнимом «страховании» ни разу, а о низложении митрополита упомянул мимоходом и с полным равнодушием: «да и митрополита Иоасафа с великим бесчестием с митрополии согнаша». Как видно, царь попросту забыл сцену, будто бы испугавшую его на всю жизнь. Можно думать, что непосредственные ребяческие впечатления, по крайней мере лет до 12, не давали Ивану никаких серьезных оснований для обвинения бояр в непочтительном к нему отношении.

Поздние сетования Грозного производят странное впечатление. Кажется, что Иван пишет с чужих слов, а не на основании ярких воспоминаний детства. Царь многословно бранит бояр за то, что они расхитили «лукавым умышлением» родительское достояние — казну. Больше всех достается Шуйским. У князя Ивана Шуйского, злословит Грозный, была единственная шуба и та на ветхих куницах — «то всем людям ведомо», как же мог он обзавестись златыми и серебряными сосудами: чем сосуды ковать, лучше бы Шуйскому шубу переменить, а сосуды куют, когда есть лишние деньги.