Чтобы переломить ситуацию, председатель КГБ И.А. Серов по согласованию с Н.С. Хрущевым в срочном порядке доставил самолетами в Москву членов ЦК партии, сторонников Хрущева. Эта группа вмешалась в работу Президиума и добилась открытия пленума. Выступивший на пленуме секретарь ЦК М.А. Суслов объяснил сложившееся противостояние борьбой двух противоположных позиций по отношению к провозглашенному XX съездом курсу. Министр обороны маршал Г.К. Жуков огласил документы, которые делали Молотова, Кагановича и Маленкова (наряду со Сталиным) главными виновниками арестов и расстрелов партийных и советских кадров. Хрущев одержал на пленуме полную победу, а его соперники лишились всех своих постов и позже были исключены из партии. В исходе этого противостояния важную роль сыграли молодые члены ЦК, преимущественно секретари обкомов, стремившиеся отодвинуть от власти «старую гвардию» Сталина, которая явно переоценила свои силы и популярность в партийной среде.

Однако реплика Жукова на заседании Президиума ЦК о том, что «ни один танк не тронется без моего приказа», вызвала шоку обеих противоборствующих сторон — получалось, что не ЦК партии и ее глава, а министр обороны дает разрешение на применение вооруженной силы. Поэтому в октябре того же года Жуков был освобожден от своего поста и выведен из состава Президиума Ц.К. Он был обвинен в том, что «встал на путь отрыва Советской Армии и Флота от партии и правительства». Боязнь сильной личности — одна из главных причин прекращения карьеры прославленного маршала. Отставка Жукова означала также усиление контроля партии над армией и личных позиций Хрущева.

На октябрьском пленуме 1964 г., принявшем решение об отставке Хрущева, многие видные советские руководители — Ф.Р. Козлов, А.Н. Косыгин, Н.В. Подгорный — говорили о том, что первый секретарь «монополизировал военные вопросы», поэтому якобы Президиум ЦК оборонной техникой «не занимается» и «не знает», что делается по военным вопросам. По мнению отечественных историков, недовольство партийной элиты и представителей военно-промышленного комплекса страны объяснялось тем, что Хрущев был абсолютно уверен в своем праве единолично решать «не только военно-политические вопросы, но даже военно-стратегические», что он «третировал» прославленных советских военачальников, «возомнил себя военным теоретиком» и выдвинул ряд идей, которые не поддерживались военными. Эти историки считают, что Хрущев не только инициировал военную реформу, но и проводил ее в жизнь «в соответствии с собственными представлениями о месте и роли армии в советской политической системе».

За годы своего правления Хрущев неоднократно проводил сокращение Вооруженных Сил СССР, аргументируя свою точку зрения тем, что «у нас есть ядерный щит, наши ракеты самые лучшие в мире, американцы догнать нас не могут», поэтому огромные армии — это «старый хлам», который «пудовыми гирями висит на шее народа». За период с 1953 по 1956 гг. численность Советской Армии сократилась почти на 1 млн. человек, а в январе 1960 г. по новому закону планировалось произвести сокращение на 1,2 млн. человек и уменьшить расходы на военные нужды. Одной из главных целей сокращения армии было высвобождение рабочей силы для использования в гражданских отраслях народного хозяйства, поэтому преобладающая часть демобилизованных воинов направлялась на промышленные предприятия, в совхозы и колхозы. Однако большинство уволенных офицеров, считавших службу в армии своей пожизненной профессией, уходили из армии с большим нежеланием. Сокращение Вооруженных Сил вызвало массовое недовольство офицерского состава.

Западные историки считают, что взаимоотношения между Хрущевым и военными носили более гибкий характер: хотя Хрущев сокращал численность армии, чтобы удовлетворить потребительские нужды населения, он вместе с тем «умилостивил военных ядерным оружием и баллистическими ракетами». Что касается отставки Жукова, то здесь у историков нет разногласий: она была проведена с целью «исключить всякую возможность “бонапартизма” Жукова».

Ученые отмечают важнейшую особенность реформаторской деятельности Хрущева — все преобразования государственных учреждений он тесно связывал с постановкой перед реформируемыми органами конкретных практических задач. Так, 6-й пятилетний план на 1956–1960 гг. первоначально сохранял прежние приоритеты: тяжелая промышленность и темпы роста, технический прогресс, а на последнем месте — потребление. Затем в феврале 1959 г. были утверждены контрольные цифры развития народного хозяйства СССР на 1959–1965 гг. По своим целям новый план означал разрыв с прошлым: на первом месте стояло сбалансированное народное хозяйство, «всестороннее развитие всех отраслей» и «непрерывное» повышение жизненного уровня народа. В связи с образованием совнархозов центр тяжести по составлению планов переносился в регионы. Резкой критике был подвергнут Госплан за косность, бюрократизм, отрыв от экономики регионов.

За этими намерениями Хрущева ясно проглядывало стремление сделать сторонниками своих реформ все слои советского общества, чтобы можно было использовать всенародную поддержку как важнейшее средство борьбы с аппаратным бюрократическим засильем в системе управления. Стратегия, выбранная Хрущевым, полагают историки, могла увенчаться успехом только в случае полного выполнения намеченных планов, в первую очередь по подъему уровня жизни населения. Поэтому экономические трудности, переживаемые страной в начале 60-х гг., стали одной из главных причин, предопределивших падение реформатора.

Не менее важным был и политический аспект хрущевских реформ. В современной литературе по-разному оцениваются причины конфликта Хрущева с партаппаратом, который в конечном счете привел к его отставке. Одни полагают, что пока Хрущев ставил все хозяйственные и советские органы, а также армию под власть партии, он пользовался в партии поддержкой. Однако партбюрократия, став полновластной хозяйкой, захотела сохранить «максимум власти при минимуме работы и ответственности». Поэтому Хрущев на втором этапе реформ был вынужден приступить к реорганизации самой партийной системы, которая сопровождалась очередной кампанией десталинизации.

Особенно ярко десталинизация проявилась на XXII съезде партии. Съезд проголосовал за вынос тела И.В. Сталина из Мавзолея, и его захоронили у Кремлевской стены. Имя Сталина исчезло из названий учреждений и городов, был переименован даже Сталинград. В ноябре 1962 г. в журнале «Новый мир» была опубликована повесть А.И. Солженицына «Один день Ивана Денисовича», где изображена жизнь ГУЛАГа. Повесть имела огромный общественный резонанс. Если «секретный доклад» Хрущева на XX съезде разоблачал сталинские преступления против партии, то солженицынская повесть выносила на передний план страдания народа. Однако, как справедливо подчеркивают историки, общественная оппозиция при Хрущеве «еще не выходила за рамки «коммунистического реформаторства». Другие историки корень зла и неудачи реформ видят в пороках советской системы, в частности, в отсутствии «гибких институтов», во «врожденном консерватизме плановой системы». Так, по их мнению, экономические проблемы пытались решить прежними административными методами, лишь переносили проблему на иной уровень, а не решали ее.

Принятый на XXII съезде партии новый устав КПСС (октябрь 1961 г.) предусматривал систематическое обновление партийных органов: низшее звено, от первичных парторганизаций до райкомов включительно, на каждых выборах должно было обновляться наполовину, на республиканском и областном уровне — не менее чем на одну треть, а состав ЦК КПСС и Президиума ЦК должен был обновляться на одну четверть.