Дабы предупредить возможную критику, которая указала бы на целый ряд исторических неточностей в «Князе Серебряном», А. К. Толстой счёл необходимым снабдить роман предисловием:

«Представляемый здесь рассказ имеет целию не столько описание каких-либо событий, сколько изображение общего характера целой эпохи и воспроизведение понятий, верований, нравов и степени образованности русского общества во вторую половину XVI столетия.

Оставаясь верным истории в общих чертах, автор позволил себе некоторые отступления в подробностях, не имеющих исторической важности. Так, между прочим, казнь Вяземского и обоих Басмановых, случившаяся наделе в 1570 году, помещена, для сжатости рассказа, в 1565 год. Этот умышленный анахронизм едва ли навлечёт на себя строгое порицание, если принять в соображение, что бесчисленные казни, последовавшие за низвержением Сильвестра и Адашева, хотя много служат к личной характеристике Иоанна, но не имеют влияния на общий ход событий.

В отношении к ужасам того времени автор оставался постоянно ниже истории. Из уважения к искусству и к нравственному чувству читателя он набросил на них тень и показал их, по возможности, в отдалении. Тем не менее, он сознаётся, что при чтении источников книга не раз выпадала у него из рук и он бросал перо в негодовании, не столько от мысли, что мог существовать Иоанн IV, сколько от той, что могло существовать такое общество, которое смотрело на него без негодования. Это тяжёлое чувство постоянно мешало необходимой в эпическом сочинении объективности и было отчасти причиной, что роман, начатый более десяти лет тому назад, окончен только в настоящем году. Последнее обстоятельство послужит, быть может, некоторым извинением для тех неровностей слога, которые, вероятно, не ускользнут от читателя.

В заключение автор полагает нелишним сказать, что чем вольнее он обращался со второстепенными историческими происшествиями, тем строже он старался соблюдать истину и точность в описании характеров и всего, что касается до народного быта и до археологии.

Если удалось ему воскресить наглядно физиономию очерченной им эпохи, он не будет сожалеть о своём труде и почтёт себя достигшим желанной цели».

Двумя годами ранее, 20 марта 1860 года, приступая к окончательной отделке «Князя Серебряного», А. К. Толстой писал Болеславу Маркевичу:

«Я, когда писал, старался забыть, что существует цензура, и дал себе полную волю; как романист (речь ведь идёт не о папе), я руководствовался заветом: делай, как надлежит, и пусть будет, что будет. Забавно было бы, если бы цензура ко мне придралась и встала бы на защиту Ивана Васильевича, но в конце-то концов нет ничего невозможного за пределами чистой математики, это Араго сказал, а к тому же — цензура склонна к переменам, и безумен, кто вверится ей. Это слова то ли Франциска I, то ли Верди. Как бы то ни было, роман окончен, и мне кажется, что я был добросовестен, как только мог, хотя, правда, и позволил себе один анахронизм: Вяземского я подверг казни на пять лет раньше, чем его на самом деле казнили. Не правда ли, это не беда? Ведь Эгмонту Гёте отрезал же голову на двадцать лет раньше срока». А. К. Толстой имеет в виду оперу Джузеппе Верди «Риголетто», в основе которой драма Виктора Гюго «Король забавляется», отсюда упоминание Франциска I.

Неизбежен вопрос: кто такой главный герой романа и является ли он историческим лицом? По-видимому, А. К. Толстой во время пребывания в Калуге услышал местное предание о князе Петре Оболенском-Серебряном, вотчина которого находилась возле Козельска. Он был одной из многочисленных жертв Ивана Грозного. Предание сделало его героем, смело режущим правду-матку царю в глаза. Иван IV отправил его командовать сторожевым полком в Жиздру, где он погиб в стычке с крымскими татарами. В трёх верстах от Козельска возвышается курган, и молва считала его могилой Петра Оболенского-Серебряного.

Сам автор следующим образом характеризует своего героя: «Доселе Иоанн встречал или явное своеволие, как в боярах, омрачивших своими раздорами время его малолетства, или гордое непокорство, как в Курбском, или же рабскую низкопоклонность, как во всех окружавших его в настоящее время. Но Серебряный не принадлежал ни к одному из этих разрядов. Он разделял убеждение своего века в Божественной неприкосновенности прав Иоанна; он умственно подчинялся этим убеждениям и, более привыкший действовать, чем мыслить, никогда не выходил преднамеренно из повиновения царю, которого считал представителем Божией воли на земле. Но, несмотря на это, каждый раз, когда он сталкивался с явною несправедливостью, душа его вскипала негодованием, и врождённая прямота брала верх над правилами, принятыми на веру. Он тогда, сам себе на удивление и почти бессознательно, действовал наперекор этим правилам, и на деле выходило совсем не то, что они ему предписывали. Эта благородная непоследовательность противоречила всем понятиям Иоанна о людях и приводила в замешательство его знание человеческого сердца».

Кажется, что князь Серебряный до некоторой степени является автопортретом А. К. Толстого. Действительно, при дворе он как бы стоял обиняком, поскольку не искал ни чинов, ни должностей, напротив, всячески оберегал свою независимость и право говорить подчас нелицеприятную правду и поступать не по указанию свыше, а по собственному убеждению.

Один из ключевых эпизодов романа — гнев царя на сына Ивана, попытка убийства царевича Малютой Скуратовым и его спасение Серебряным. А. К. Толстой придерживается текста популярной исторической народной песни, где спасителем царевича выступает бесстрашный Никита Романович (по-видимому, брат царицы Анастасии Никита Романович Захарьин-Юрьев). Правда, Толстой позволяет себе одно существенное отступление: в народной песне царь разъярился не на старшего сына Ивана, а на младшего Фёдора, якобы уличённого в сочувствии изменникам-боярам; Иван же выступает его обвинителем. Но внимание привлекает прежде всего то обстоятельство, что и герой А. К. Толстого и Захарьин-Юрьев носят одно имя. Захарьин-Юрьев остался в истории как умный и дальновидный советник Ивана Грозного, энергичный воевода (таким он обрисован и в знаменитой драматической трилогии А. К. Толстого). Когда Иван Грозный почувствовал приближение смерти, он, видя слабость и малоспособность наследника Фёдора, учредил своего рода регентский совет из пяти человек, во главе которого поставил Захарьина-Юрьева, то есть фактически назначил его верховным правителем государства. Отсюда нетрудно сделать вывод, что, задумывая своего героя, Толстой имел в виду и одного из предков царствующей династии Романовых, отождествляя Серебряного с Захарьиным-Юрьевым.

Рисуя личность Ивана Грозного, Алексей Толстой исходил из характеристики, данной этому царю Карамзиным. У Карамзина Иван Грозный — «исполин бесчеловечия», «губительный ангел тьмы для россиян»; другими словами — мрачный тиран и патологический убийца. Но ко времени появления в журнале «Князя Серебряного» такая точка зрения представлялась уже изжитой. Современные историки (Сергей Михайлович Соловьёв, Константин Дмитриевич Каверин) видели в Иване Грозном умного и энергичного строителя Российского государства. Репрессии, по их мнению, касались исключительно оппозиционного боярства, всеми силами противящегося великим замыслам царя. Фактически и те и другие воззрения существуют и в наше время (и, скорее всего, будут бороться ещё долго, поскольку и там и здесь весомая доля правды).