Открытые столкновения между Чаплиным и Верховным управлением начались уже в первые дни августа 1918 г. Так, острый конфликт разгорелся по вопросу о красном флаге, в котором Верховное управление видело символ демократической революции и своей преемственности с политикой Временного правительства 1917 г. Чаплин и симпатизировавший ему командующий союзными войсками на Севере генерал Ф.К. Пуль полагали, что красный флаг связан с большевистским правлением. Поэтому они выступили против попыток рабочих поднять красный флаг над зданием Совета профсоюзов и оспорили решение правительства сделать сочетание трехцветного национального и красного флагов официальным флагом Северной области[318]. После острой перепалки Верховное управление пошло на попятную. Однако оно стало еще более пристально следить за действиями военных, которых кабинет подозревал в «контрреволюции» и желании нарушить прерогативы правительства. Подтверждение не заставило себя ждать. Вскоре новые приказы Пуля и Чаплина, не заручившихся предварительно согласием кабинета, запретили всякие митинги и собрания в общественных местах и объявили о назначении военного губернатора Архангельска в лице французского полковника Донопа, наделив его широкими гражданскими полномочиями[319].

Хотя Чайковский впоследствии согласился с большинством из введенных военными ограничений, признав их необходимость для укрепления обороны, его и других министров не устраивал сам стиль действий русского и союзного командования, видимо, даже не принимавших в расчет существование Северного правительства. В конце августа правительство решило утвердить свою главенствующую роль в Северной области и дать отпор вмешательству военных в сферу гражданского управления. Направив несколько резких протестов Пулю и союзным дипломатическим миссиям, оно постановило официально подчинить себе Чаплина как командующего войсками, ограничить компетенцию его штаба исключительно оперативными и стратегическими вопросами и отстранить от должности русского коменданта Архангельска полковника М.М. Чарковского, взаимодействовавшего с союзным губернатором Донопом. Наконец, 3 сентября 1918 г. оно удалило от власти и Донопа, постановив заменить его русским гражданским генерал-губернатором. На эту должность был выдвинут ближайший соратник Чайковского Дедусенко[320].

Перспектива оказаться в непосредственном подчинении у молодого военного министра Маслова и нового генерал-губернатора Дедусенко, которых Чаплин открыто презирал, приблизила развязку. В офицерских кругах появились слухи о скором правительственном перевороте. Генерал Пуль, уже ранее ответивший на отставку Донопа угрозой арестовать Маслова, дал понять офицерам, что не будет вмешиваться в это «внутриполитическое» дело. Тем временем некоторые британские военные открыто симпатизировали идее переворота[321]. Чаплин, вставший во главе заговора против Верховного управления, ожидал встретить сочувствие и в региональных либеральных кругах, так как губернский комиссар Старцев принял деятельное участие в его планах.

В итоге Чаплину удалось быстро и бескровно осуществить намеченный переворот. В ночь на 6 сентября 1918 г. при помощи офицерской роты он арестовал членов правительства прямо в их общежитии, погрузил на пароход и отправил в Соловецкий монастырь. На борту оказались Чайковский, Маслов, Лихач, Гуковский и Зубов. Мартюшин был задержан позднее и приведен в штаб Чаплина. Два члена правительства – Дедусенко и Иванов – успели скрыться. Наутро на параде, устроенном по случаю прибытия американского полка для пополнения союзного контингента, торжествующий Чаплин сообщил генералу Пулю и изумленным союзным послам, что правительства больше не существует[322].

Впоследствии многие современники и историки сравнивали чаплинское выступление с переворотом адмирала А.В. Колчака в Омске против Уфимской директории[323]. Однако, в отличие от Колчака, Чаплин не смог закрепиться у власти. У него не было широкой поддержки вне офицерских кругов. Большинство представителей региональной элиты и союзные дипломаты настороженно отнеслись к перевороту. А рабочие и влиятельные на Севере социалистические круги решительно выступили против Чаплина в поддержку свергнутого правительства.

Переворот резко осудило социалистическое руководство кооперативов, профсоюзов и недавно воссозданных земств и городских управ, опасавшихся наступления «реакции». Масла в огонь подливали отсутствие ясных политических заявлений со стороны Чаплина и его приказы о подчинении всех гражданских сфер управления военной власти и запрете всех митингов и собраний[324]. Рабочие и левая общественность были взбудоражены слухом, пущенным Дедусенко и Ивановым в специально изданной прокламации, что офицеры готовят восстановление монархии и что для этой цели в Архангельске якобы специально скрывали великого князя Михаила Александровича, в действительности уже расстрелянного большевиками. В итоге уже вечером 6 сентября в Архангельске началась рабочая забастовка. Прекратили работу электрическая станция и типография. Остановились трамваи, которые потом почти сутки по улицам города водили американские солдаты, мобилизованные из рабочих районов Детройта. Под антимонархическими лозунгами эсеры даже организовали крестьянский отряд в соседних с Архангельском деревнях, который, по крайней мере по ведомости отпущенного для него кооперативами продовольствия, насчитывал до 300 бойцов[325].