На первые годы XX века, до начала Русско-японской войны, приходится и расцвет русского Нагасаки. Удобная незамерзающая бухта этого международного порта была издавна знакома российскому флоту и после приобретения Порт-Артура продолжала служить узловым пунктом для его кораблей на Дальнем Востоке: им удобно было останавливаться здесь для отдыха, небольшого ремонта и пополнения снабжения. Среди заполнявших бухту судов разных наций почти всегда можно было встретить и корабли с голубым крестом Андреевского флага. Нагасаки стал постоянной базой для зимовки русского флота на Тихом океане и был связан с Владивостоком через совместные предприятия китобойного промысла, судоходства и другие. Он быстро завоевал популярность среди русских, которые восторгались как дружелюбным отношением местного населения, так и роскошной природой.

В 1897 г. владивостокский артист А. А. Мурский, пригласив еще двух артистов, увез их в Нагасаки, где стал устраивать русские спектакли. Они пользовались популярностью не столько у русского населения города, сколько у японцев, больших любителей театрального искусства. Очевидцы отмечали: «Главное удовольствие японцев — театр, который не занимает здесь такого аристократического положения, как, например, в России, но в буквальном смысле общедоступный и народный. Он гостеприимно раскрывает двери всем и каждому, так как входная плата самая ничтожная. Наконец, театры здесь не представляют исключительной принадлежности города: их, как мне передавали, можно найти в каждой деревушке. Представления начинаются с утра и заканчиваются вечером. Сюжет — почти всегда исторический, обстановка и игра — правдивые, производящие полнейшую иллюзию действительности. Зрители в театре не стесняются держать себя как дома: тут же в зрительном зале закусывают, пьют чай, разговаривают».

Вместе с тем некоторые артисты доставляли немало хлопот и неприятностей служащим Российского консульства. «Для русских жителей Нагасаки приезжие артисты — сущее наказание. Каждый из них, особенно «певчие птички», стараются пожать здесь лавры, хотя бы в несколько рублей, а хлопот наделают — не оберешься. Первым делом идут к консулу «за содействием» в продаже билетов, и смотришь — зала полна, но пение… хорошо хоть то, что на русском языке! Два дня назад давала концерт некая артистка Вольская. Сбор почти полный. До первого антракта публика кое-как дотянула, до второго зал очистился наполовину, а после второго остались только одни матросики, но концертантка этим ничуть не смутилась и только с каждым выходом гуще накладывала краски на свое лицо… Едет, бывало, артист в Артур — концерт в Нагасаки, едет обратно — опять в Нагасаки концерт; думает, там живут дойные коровы. Пощадите, господа артисты!»

Довольно часто Нагасаки становился прибежищем всевозможных мошенников. Никто не был застрахован от знакомства с каким-нибудь русским «графом» или «князем», взявшим деньги в долг и исчезнувшим навсегда. «Поистине, — отмечала газета «Владивосток», — Нагасаки скоро превратится в приют разных русских авантюристов, которые, чего доброго, попадут на страницы истории, но пока что эти господа, кажется, попали в обложку «о предосудительном и неблаговидном поведении соотечественников». Если бы подобных господ регламентировала полиция наших окраин Востока, то, вероятно, вторично прогулки в Нагасаки были бы затруднительны для них, а большинству порядочных людей не пришлось бы краснеть за границей за своих граждан, а тем, конечно, пользоваться лучшим уважением и доверием жителей Нагасаки, чем в настоящее время. Дело дошло до того, что в магазинах русского человека встречают чуть ли не с бранью, и всегда одного покупателя окружают два-три приказчика из боязни, чтобы таковой не совершил бесплатную покупку… Мерзко, господа, и недостойно!»

Даже среди православных священников, приезжавших в Нагасаки, встречались такие, кто не отличался хорошим поведением. Владыка Николай записал в дневнике впечатление от письма отца Вениамина: «Жалуется на безобразное поведение какого-то русского священника, учинившего пьяным сцену на улице к удовольствию собравшейся толпы, — говорит, что это не впервой, просит принять меры к прекращению этого позора».

После того как 17 июля 1899 г. иностранные поселения в Японии были официально отменены, у консульств и судов прибавилось работы, так как отныне все иностранцы были обязаны жить по японским законам. Первый раз японская полиция арестовала иностранца 21 июля, после четырех дней действия договора. Этой исторической личностью стал пьяный американский матрос, повредивший повозку рикши и оскорбивший его, когда тот попросил возместить ущерб. Он значительно протрезвел, когда его препроводили в полицейский участок.

Проживавшие в Нагасаки русские не стремились к объединению. Не замечалось с их стороны и теплоты по отношению к тем россиянам, которые приезжали в Японию на время. Сохранилось такое свидетельство современника: «В Нагасаки есть немало наших соотечественников, оседло проживающих там уже по несколько лет. Я надеялся на их содействие, по крайней мере, хотя бы советами и указаниями в предстоящих мне поездках на воды, но, присмотревшись ближе к их действиям и взглядам на приезжего, пришлось разочароваться».

Русское консульство по-прежнему располагалось в южной части города, в районе Минамиямате, на второй улице от набережной. Над воротами красовались двуглавый орел и вывеска «Русское консульство». Консульский дом уже изрядно обветшал, и для канцелярии сняли другое здание, по соседству. В старом же доме жила японская прислуга. Как и вся эта часть города, косогор был разделен на участки, располагавшиеся террасами. На следующей террасе от консульства находилось и жилье консула — их соединял общий двор. Российское правительство вело переписку с властями Нагасаки о том, чтобы построить для консульства новое здание, более соответствующее его статусу, но не успели.

Несмотря на то что в Нагасаки постоянно находились русские военные суда, и имелась большая русская община, православной церкви в этом городе долгое время не было. Русские создали свой приход в 1883 г. По поводу строительства новой церкви разгорелись нешуточные споры. Дело было в том, что место для храма готов был пожертвовать предприниматель Гинсбург, он же предлагал и оплатить строительство, но консул князь Гагарин и посланник Извольский считали неудобным принимать такой дар от иноверца. Владыка Николай, когда к нему обратились за советом, ответил без колебания, что принять можно и должно, «совершенно так же, как мы здесь в Соборе ежедневно принимаем пожертвования язычников, посещающих Собор и бросающих в нем деньги, совершенно так же, как граф Путятин, когда-то собирая в Петербурге на постройку Миссийского дома, в котором наверху и Крестовая церковь есть, вытребовал и от еврея Штиглица пять тысяч рублей».

Сбор денег на церковь шел очень туго, так как жертвовали все меньше и меньше. Случалось, что подписные листы использовали разного рода аферисты, и однажды в дело был вынужден вмешаться министр внутренних дел. К 1932 г., когда в Нагасаки закрылись и Русское консульство, и православная церковь, новый храм так и не был построен, и сегодня о первых шагах православия напоминает только часовня на Русском кладбище у храма Госиндзи.

Зато князь Александр Гагарин, служивший в Нагасаки консулом в течение трех лет до Русско-японской войны, преуспел в другом деле — создании Морского дома (Sailor's Home), приюта для русских моряков. Как писала газета «Владивосток», он при помощи Русско-китайского банка, «сознавая значение для нас этого вопроса и скорбя душой за многих наших несостоятельных соотечественников и матросов коммерческих судов, оставшихся по той или другой причине без гроша, купил участок земли для строительства «Морского дома», где бы русский человек, бесприютный на чужой стороне, мог бы за ничтожную плату, а в случае нужды и в долг, иметь ночлег, стол и трезвое времяпровождение вдали от развращающего действия многочисленных русско-еврейских притонов, куда до сих пор наши соотечественники из-за разного рода причин попадали, делаясь обыкновенно жертвами бессовестного обдирательства их содержателей».