Тем временем в апреле 1939 г. на заводе Мессершмитта в Аугсбурге начались работы над новым проектом, обозначенным Р 65 (позднее Р 1065). Среди привлеченных непосредственно к этой задаче лиц были: сам Вилли Мессершмитт, Вольдемар Войгт, Вольфганг Дегель, Карл Альтхофф и специалисты по аэродинамике Вальтер Эйзенманн и Риклеф Шомерус. 7 июня 1939 г. они представили в RLM первый проект Р 1065. Он предусматривал использование двух двигателей фирмы BMW тягой по 5,93 кН, установленных в корнях крыльев. Это было возможно благодаря тому, что диаметр мотора должен был быть небольшим. Размах крыльев Р 1065 должен был составлять 9,40 м, длина 8,30 м, высота 2,80 м, несущая поверхность 18,00 м2, максимальная полетная масса 4321 кг, посадочная масса с боевой нагрузкой и топливом 3196 кг. Самолет должен был иметь цельнометаллическую конструкцию и классическое, убирающееся в полете шасси. Мессершмитт не предусматривал применения трехстоечного шасси с передним колесом совсем не из-за незнакомства с ним или нежелания его установки. В Германии над таким шасси работал профессор В.Камм из исследовательского института моторного транспорта и авиадвигателей в Штутгарте. За границей уже летали прототипы самолетов с трехстоечным шасси, например, американская «аэрокобра». Мессершмитт хотел попросту сэкономить вес и избежать усложнения конструкции. Интересно была решена проблема убирания главного шасси. Поскольку машина должна была быть низкопланом, а размах стоек, крепившихся к главному лонжерону, ограничивался гондолами двигателей, предлагалось убирать колеса одно за другим в фюзеляж — правое перед лонжероном, а левое за ним.

В составе вооружения Р 1065 предусматривались две пушки MG 151: одна калибра 20 мм (боезапас 200 снарядов), а вторая — 15 мм (боезапас 200 снарядов). В состав оборудования должны были входить радиостанция FuG 18 и система освещения кабины для ночных полетов. Фонарь герметичной (!) пилотской кабины обеспечивал отличный обзор, поскольку имел каплевидную форму. Запас топлива, который мог брать Р 1065, был достаточен для полета продолжительностью один час по следующему профилю: взлет на 130 % постоянной тяги, набор высоты — 100 % постоянной тяги, пятиминутный бой при 130 % постоянной тяги, 55 минут полета на 85 % постоянной тяги. Заложенные характеристики были необычайно вдохновляющими: максимальная скорость на высоте 3000 м должна была достигать 840 км/час при 100 % постоянной тяги и 950 км/час при 130 % постоянной тяги. Расчетная взлетная дистанция (до высоты 20 м) составляла 800 м, посадочная скорость при максимальной массе 164 км/час (при нормальной массе — 130 км/час). Мессершмитт был готов начать разработку детального проекта немедленно, однако его останавливало опоздание в работах над двигателем в фирме BMW. К тому же выяснилось, что ожидаемые характеристики мотора были чересчур оптимистическими, и развиваемая им тяга едва превышала его собственную массу. Предусмотренные тесты прототипов, подвешенных под фюзеляжем Bf 109, в связи с этим были перенесены на лето 1941 г.

9 ноября 1939 г. Мессершмитт представил в RLM переработанный проект Р 1065/П. Самолет согласно этому проекту представлял собой среднеплан, что решало проблему уборки главного шасси. Теперь оно убиралось в фюзеляж с предварительным поворотом таким образом, что колеса в нишах располагались вертикально (такое же решение двадцать лет спустя было использовано на МиГ-21).

Почти месяц спустя — 1 декабря — в RLM состоялось совещание с представителями Мессершмитта, BMW и Erprobungstelle (Испытательного центра) из Рехлина. Его темой была проблема установки двигателей на самолете. Обсуждалась также разработка новой конструкции мотора, обозначенной как BMW P 3304, по проекту Гельмуту Вейнриха (от этого варианта окончательно отказались в 1942 г. — фирма была перегружена работами по основной продукции, и к тому никак не решались проблемы с осевым компрессором). Следующее совещание состоялось 18 декабря, в нем приняли участие представители Рехлина и Института аэродинамики в Штутгарте. Главными темами были аэродинамические тормоза и тормозной парашют, сокращающий пробег, что считалось совершенно необходимым в случае реактивного самолета.

Me 262 V6 (W.Nr. 130001, VI+AA) в другом ракурсе. Обращает внимание — пилотская кабина старого образца.

Очень скоро, уже 19 декабря, Мессершмитт смог представить специалистам из RLM начальный макет пилотской кабины. Более детальную разработку эксперты технического отдела RLM и Испытательного центра Рехлина получили месяцем позже, 19 января 1940 г… после чего было высказано несколько претензий к ее бронированию. К концу месяца должен был быть закончен полномасштабный макет всего самолета. Результатом визита и закулисных действий самого Мессершмитта стало постановление LC 2 N 467/40 (IIIc) и заказ двадцати прототипов экспериментальных Р 1065. Надо заметить, что к Мессершмитту в какой-то мере относится известное выражение «хороший конкурент — это мертвый конкурент». Имея обширные связи в высших кругах рейха, он никогда не колебался их использовать. Поэтому его соперники, не имеющие таких возможностей, часто проигрывали борьбу за правительственные контракты, хотя их конструкции зачастую были лучшими. Так было с Хейнкелем и его Не 112, а также Дорнье и его многообещающим, хотя и недоработанным Do 335 Pfeil. Вернемся к дальнейшему ходу событий. С участием представителей Испытательного центра Рехлина были выбраны топливная система и радиооборудование для заказанных машин. Он должны были получить радиостанции FuG 17 и FuG 20. 1 марта 1940 г. RLM подтвердило и уточнило общие решения проекта Р 1065. Устанавливались двигатели BMW P 3302. Кабина первых машин должна была быть герметичной, но без дополнительного оборудования — только с уплотнениями. Кроме того, использованию подлежали: катапультируемое с помощью пневматики пилотское кресло, аэродинамические тормоза, тормозной парашют и бронированные топливные баки. Одновременно с макетированием на заводе Мессершмитта начали комплектацию оснастки для постройки Р 1065 VI и V2.

В ходе реализации заказа RLM конструкторы Мессершмитта решили полностью переработать свой проект. Рапорт Вольдемара Войгта от 21 марта 1940 г. свидетельствует о совершенно новом самолете. Изменился фюзеляж, который в сечении стал напоминать треугольник. Вооружение, сконцентрированное в поднятом до оси машины носу, состояло из трех 30-мм пушек МК 108. Полностью новыми стали крылья. Прежде прямые, теперь они имели внешние части скошенными назад, что придавало им стреловидную форму. Такое решение не являлось следствием попыток улучшить аэродинамические качества, увеличить подъемную силу или число Маха. Просто двигатели Р 3302 оказались тяжелее и больше, чем планировалось, и для сохранения распределения весов и центровки машины необходимо было отодвинуть концовки крыльев назад. Изменились в связи с этим и размеры самолета. Фюзеляж теперь имел длину 10,46 м, а размах крыльев составлял 12,35 м. С Рехлином согласовали также перечень изменений в оснащении и оборудовании. 15 мая 1940 г. Мессершмитт официально представил RLM новый проект.

В конце июня — начале июля 1940 г. в аэродинамической трубе тестировались различные способы крепления двигателей к крыльям — среди прочих предложений имелось и такое, где их предлагали устанавливать над крылом. В августе 1940 г. в экспериментальных цехах началась подготовка сборочных элементов для V3, V4 и V5. 11 октября представлена следующая модификация проекта — Р 1065/Ш. Она была вызвана превышением заданного диаметра двигателей фирмой BMW.