КГБ открыл двери людям, которым и присниться не могло, что их допустят в наисекретнейшие архивы, хранящие информацию о десятилетиях репрессий. Никита Петров, историк и сотрудник правозащитного общества «Мемориал», вспоминает, как его первый раз пригласили в подмосковный поселок Кучино провести оценку материалов, хранящихся в архиве. Сотрудники архива буквально онемели, увидев его. «Они были шокированы появлением человека в джинсах там, куда до того пускали не каждого чекиста», — говорил Петров.[9]КГБ даже предлагал правозащитным организациям выделить нескольких активистов для участия в реформе органов госбезопасности. Известный советский диссидент Сергей Григорьянц, девять лет проведший в заключении, был приглашен в Наблюдательную комиссию КГБ, но отказался, опасаясь, что его имя будет использовано для улучшения имиджа спецслужбы, при этом у него не будет реальных полномочий для контроля.[10]

В конце 1991 года Советский Союз перестал существовать, а КГБ подвергся реструктуризации. Из него выделилась мощная спецслужба, которая должна была заниматься противодействием шпионажу и борьбой с терроризмом. Сначала ее назвали Министерством безопасности, затем Федеральной службой контрразведки (ФСК) и, наконец, Федеральной службой безопасности (ФСБ).[11]

Бывшее Первое Главное управление было преобразовано в новое агентство под названием Служба внешней разведки — СВР.[12]Подразделение КГБ, отвечавшее за радиоэлектронную разведку и криптографию, стало Федеральным агентством правительственной связи и информации.[13]Загадочное управление КГБ, ведавшее секретными спец-объектами, продолжило независимую деятельность под новым названием: Главное управление специальных программ — ГУСП. На основе подразделения КГБ, отвечавшего за охрану советских руководителей, были созданы Федеральная служба охраны — ФСО и Служба безопасности Президента (СБП), а советские пограничники трансформировались в независимую Федеральную пограничную службу — ФПС.

Все эти перемены означали, что новая служба контрразведки, после 1995 года получившая название ФСБ, была освобождена от функций внешней разведки, прежде выполнявшихся КГБ. Охрана российских лидеров тоже больше не входила в круг ее обязанностей, секретные бункеры были исключены из ее ведения и переданы под непосредственный контроль президента. ФСБ сохранила номинальное представительство в армии. В новом виде службу можно было сравнить в определенной степени с британской контрразведкой МИ-5.

Между тем партийный контроль над ведомством остался в прошлом. Замысел Ельцина заключался в том, что конкуренция между новыми спецслужбами должна стать гарантией их подконтрольности. При Ельцине у Службы внешней разведки был прямой конкурент в лице военной разведки; ФСБ соперничала с ФАПСИ, которое занималось мониторингом социально-политической ситуации в России. Выслушав доклад директора ФСБ, Ельцин мог сравнить его с докладом директора ФАПСИ. ФАПСИ играло особенно важную роль, поскольку в его ведении находилась центральная электронная система подсчета голосов (ГАС «Выборы»), а следовательно, агентство имело возможность в режиме реального времени снабжать Кремль сводками с избирательных участков.[14]

В 1993 году был сформирован новый орган, призванный исправить ситуацию с катастрофически низкими налоговыми сборами, — налоговая полиция, и соперничество между службами обострилось. Налоговая полиция вступила в жесткую конкуренцию с Департаментом экономической безопасности — подразделением ФСК, а впоследствии ФСБ. В то же время Александр Коржаков, бывший телохранитель Ельцина, шеф Службы безопасности президента, нанимал парапсихологов и ясновидящих, которые готовили для Ельцина прогнозы и аналитические доклады — параллельно с ФАПСИ и ФСБ, но независимо от них.[15]

Во время своего правления Михаил Горбачев подвергался резкой критике за применение силы при подавлении движений за независимость в прибалтийских республиках, Азербайджане и Грузии. Суровые меры не смогли усмирить регионы и лишь ускорили развал Советского Союза. В отличие от Горбачева, Ельцин обратился к беспокойным регионам с предложением: «Берите столько суверенитета, сколько сможете проглотить». Это было сказано в то время, когда в качестве центра, у которого предлагалось «брать суверенитет», выступал Советский Союз. Но на посту президента России Ельцину пришлось противостоять этому процессу.

В 1992 году вспыхнул осетино-ингушский конфликт на Северном Кавказе. Ингуши напали на осетин, вызвав сопротивление с их стороны. Ельцин силами Российской Армии поддержал осетин. Это привело к первой крупной этнической чистке на российской земле: семьи ингушей изгонялись из Пригородного района, ставшего яблоком раздора. В отчете Human Rights Watch за 1996 год говорится: «Российские официальные лица предоставили в распоряжение северо-осетинских властей огромное количество оружия, которое затем было передано офицерам северо-осетинских спецслужб, а также военизированным группам и ополчению… Российские силы либо содействовали эвакуации ингушских мирных жителей — точнее «вежливо» принуждали их к эвакуации, либо провоцировали нападения на населенные пункты, находящиеся в руках ингушских боевиков, выдавливая заодно с ними и мирное население».[16]

Опыт осетино-ингушского конфликта убедил руководителей российских силовых ведомств и Ельцина, что применение силы для подавления межэтнических конфликтов на Северном Кавказе может быть эффективно.

Именно этот подход и стал причиной катастрофы, разразившейся в ноябре 1994 года, когда руководители самопровозглашенной Ичкерии стали настойчиво требовать предоставления Чечне независимости от России. В рамках тайно разработанной операции ФСК организовала штурм Грозного, выдав его за выступление оппозиционных сил. Люди, участвовавшие в штурме, были действующими российскими военнослужащими. В числе прочих ФСК завербовала для этой операции российских танкистов. Капитан Андрей Русаков, лейтенант Алексей Растопка и капитан Александр Шихалев, лично участвовавшие в ней, рассказывали позднее, как членов танковых экипажей вызывал офицер ФСК, курировавший их полк, и знакомил с двумя офицерами-контрразведчиками из Москвы. Контрразведчики предлагали офицерам-танкистам подписать контракт на участие в операции, при этом единственная копия контракта оставалась у офицера ФСК «из соображений безопасности». Завербованных офицеров и солдат переправили в Моздок в Северной Осетии, где из них были сформированы танковые экипажи. Никаких опознавательных знаков у танков не было. В конце ноября три танковые колонны, закамуфлированные под силы чеченских оппозиционеров, направились в Грозный для демонстрации силы перед лидером чеченских сепаратистов Джохаром Дудаевым, бывшим генералом Советской Армии, требовавшим независимости для Чечни.[17]