Супруги и после падения Софьи не играли никакой роли в управлении Россией: Иван — по скорби главы, Прасковья — по ежегодной беременности, ни мало не мешались в дела, которыми управляли от имени юного еще Петра его родственники и советники, как русские, так и иноземцы. За Иваном оставался только один титул; имя его упоминалось во всех актах государственных; он имел свой двор, своих царедворцев, являлся народу в торжественных случаях в полном царском облачении, наконец, участвовал в торжественных приемах послов либо в церковных празднествах. Нельзя согласиться с Устряловым в том, что «Петр нежно любил и глубоко уважал своего брата». По крайней мере, письма Петра к Ивану ничего не заключают в себе особенно нежного: эти письма не более как обыкновенные родственные послания, кроме, впрочем, одного, в котором Петр требует устранить от правления «зазорное лицо» — Софью.

Что Петр не заявлял брату глубокого уважения, видно уже из того, что при крещении обоих сыновей — Алексея Петровича (23 февраля 1690 года) и Александра Петровича (1 ноября 1692 года) Иван Алексеевич не был приглашен в восприемники. В первый раз был восприемником патриарх Иоаким с царевной Татьяной Михайловной, а во второй — келарь Троицкой лавры с царевной Натальей.

Между тем ежегодное рождение дочерей у царицы Прасковьи вовсе не доказывало, что здоровье ее мужа оправилось; напротив, в 1696 году царь Иван, достигая тридцатилетнего возраста, хотя не обнаруживал признаков смертельной болезни, но уже таил ее в своей груди. 6 января он ходил в торжественном облачении за крестами из Успенского собора на иордань, устроенную на Москве-реке; день был чрезвычайно теплый, совершенно весенний, был дождь и молния; царь был с непокрытой головой, промочил ноги и сильно простудился. 21 января Иван был в Вознесенском девичьем монастыре на панихиде по царице Наталье Кирилловне; 26 января, в день именин сестры своей, царевны Марии Алексеевны, слушал обедню в дворцовой церкви Иоанна Предтечи; по окончании службы принимал в передней палате обычные поздравления, жаловал ближних людей фряжскими винами, а стрелецких полковников и гостей водкою, а через три дня его уже не стало: он умер скоропостижно 29 января 1696 года, в третьем часу пополудни.

После обычной торжественной церемонии на другой же день тело царя Ивана Алексеевича было отнесено в собор Михаила Архангела; в течение шести недель каждый день по десяти царедворцев охраняли гробницу. Ивана похоронили подле царя Федора, позади первого столба на левой стороне; гробницу покрыли богатым покровом.

Овдовевшая царица пять дней сряду кормила 300 нищих, угощала духовенство, делала вклады в церкви.

В скором времени новый удар поразил Прасковью: потеряв мужа, она лишилась и отца. Федор Салтыков скончался 2 февраля 1697 года.

Прасковья осталась с тремя малютками, но особых печалей и забот ей не предстояло много. Петр оказывал невестке уважение, выполнял ее просьбы; для управления хозяйством и для удовлетворения ее нужд отдал в полное распоряжение Василия Алексеевича Юшкова и предоставил выбрать место жительства. Невестка выбрала своею резиденцией село Измайлово.

Измайлово, принадлежавшее, по-видимому, Ивану Никитичу Романову в 1640-х годах, перешло затем к царствующей линии дома Романовых. Так, в 1663 году царь Алексей Михайлович уже вполне распоряжается в селе Измайлове, пользуясь своим двояким значением царя и вотчинника.

Он переводит в Измайлово и в прилежащие к нему пустоши крестьян из других дворцовых вотчин; заводит хозяйство в таких огромных размерах, что требующиеся на него издержки едва ли могли быть покрыты доходами какого бы то ни было частного лица в то время, когда собственность, главным образом, состояла из недвижимого имущества и запасов и всего менее в деньгах. Для пашен и сенокосов расчищено было в Измайлове несколько сот десятин лесу; построены смотрильные башни для наблюдения за рабочими, число которых впоследствии было очень значительно, так во время жатвы одних наемных жнецов набиралось до 700 человек. Кроме того, в Измайлове заведено было обширное садоводство, пчеловодство и хмелеводство; насажена роща на 115 десятин; реки и ручейки запружены плотинами и выстроено семь мукомольных мельниц. Тогда же было выкопано до 20 прудов, поставлены каменные риги и токи, льняной и стеклянный заводы, разные дворы, амбары и прочие хозяйственные постройки.

С другой стороны, царь Алексей Михайлович, по своему личному отношению к селу Измайлову, является вполне помещиком. В его заботливости об успехах Измайловского хозяйства нельзя не видеть интереса собственника к своему поместью: он лично присутствует при полевых работах, следит за постройками, входит в малейшие подробности. Царица заведует лично женскими работами и, главным образом, льняным делом, осматривает при случае птичий и запасные дворы и погреба. Царь Алексей Михайлович прилагал всевозможные заботы к улучшению своего хозяйства в Измайлове. Выписаны были русские и иностранные мастера, специалисты своего дела: льняники из Пскова, черкасы — для скотного двора, садовники-иноземцы, пасечники, разные механики, «мастера зеленого стекла» и пр. Даже сделаны были попытки производить некоторые работы посредством машин. В 1666 году, 17 июня, велено, например, сделать три образца: 1) «как молотить колесами и гирями без воды»; 2) «как воду привезть из пруда к виноградному саду»; 3) «как воду выливать из риг гирями ж и колесы». Рядом с машинами и выпиской мастеров прибегали и к другим средствам: к дням ярового и ржаного посева государь выписывал из Троицы и Савина монастыря «освященное масло», «святую и омовенную воду» для окропления и освящения засеваемых полей. При этом соблюдалась тайна; в грамоте, посылаемой в Троицкий монастырь, говорилось, между прочим: «И ты бы богомолец нам сотворил и прислал тайно, никому же поведавше сию тайну, священного масла великого четвертка в сосуде, и воды с ног больничных братий, умыв сам тайно, и воды из колодезя Сергия три ведра, отпев молебен у колодезя, за своею печатью».

И не вотще трудился Алексей Михайлович: в царских житницах в Измайлове бывало до 27 000 четвертей хлеба; в Ригу посылали на продажу до 200 берковцев льну; кроме того, Измайлово давало ежегодно от 500 до 800 пудов хмеля, до 179 пудов меду и почти столько же воску, не говоря уже о разных стеклянных изделиях, массе плодов и овощей, доставляемых во дворец; врачебных травах и кореньях, посылаемых в Аптекарский приказ, и т. п.

В Измайлове царь Алексей Михайлович живал только летом; с ним приезжала и вся царская семья. Первые царские хоромы были поставлены здесь около 1663 года на острове. Дворец первоначально не был особенно обширен; он состоял из хором, подклетов и верхних «житей»; вся постройка его была как бы сборная, соединенная крытыми переходами и лестницами. Тут были отдельные помещения для государя, царицы, царевичей, больших царевен и меньших царевен. Кругом всех нижних хором шли перила, по перилам баляски точеные. Все хоромы были деревянные, покрытые тесом; у крылец верхи шатровые, «крытые тесом скалою по чешуйному обиванью». К дворцу примыкала каменная двухэтажная церковь; в верхнюю церковь св. Иосафа из царских хором вели брусяные переходы, и здесь, на хорах, слушали службу царицы и царевны. На острове была еще одна церковь во имя Покрова Пр. Богородицы о пяти главах, крытая гонтом, с высокими крыльцами; она обнесена была каменной оградой; возле нее возвышалась башня с тремя проезжими воротами; отсюда шел каменный мост через Измайловский пруд в 50 саженей длиною.