В должности министра МГБ И. Гиоргадзе активно развивал контакты со спецслужбами России, а также США, Турции, Армении, Азербайджана, Украины, ЮАР и других стран. За этот период он приобрел контакты среди своих иностранных коллег, влиятельных политиков и государственных деятелей. Гиоргадзе сделал многое для укрепления роли МГБ во внутриполитической и экономической жизни страны. Имея дружеские связи с командующим Группировкой российских войск в Закавказье (ГРВЗ) генералом Федором Реутом, Гиоргадзе с его помощью создал десантно-штурмовую бригаду, подчиненную МГБ. Он успешно конкурировал в экономической деятельности с другими силовыми центрами (Министерство обороны, МВД, лидером Аджарской автономии) и старался дружить с пока еще довольно влиятельным формированием «Мхедриони». В то же время Гиоргадзе подозревался в торговле оружием.

При И. Гиоргадзе Министерство безопасности Грузии было основано на базе двух подразделений: Бюро разведки и информации и оперативного управления МВД. Наряду с добыванием разведывательных и контрразведывательных данных оно занимается обеспечением собственно безопасности государства. По утверждению министра безопасности Грузии Игоря Гиоргадзе, МБ Грузии устанавливает реальные связи с зарубежными спецслужбами: «…мы сотрудничаем с американцами и уже пожинаем первые плоды: они предлагают нам серьезную и конкретную помощь в деле борьбы с терроризмом и наркобизнесом… Здесь у меня был один из руководителей ЦРУ, и мы договорились о сотрудничестве. У нас есть контакты со спецслужбами стран Черноморского бассейна, с Министерством безопасности России… Намечено установление деловых и рабочих контактов с Арменией, Азербайджаном, Украиной… Посол Германии в Грузии подтвердил нам желание своего правительства оказать помощь по линии спецслужб».

Первоначально Э. Шеварднадзе всячески поддерживал начинания Гиоргадзе. В Грузии было много проблем: преступность, незаконные военные формирования, наркомания, звиадисты и др. С помощью МГБ он планировал укрепить свои позиции. По мнению одного из весьма авторитетных депутатов грузинского парламента, Эдуард Шеварднадзе в тот период «делает ставку на Министерство безопасности. Он рассматривает это ведомство как опору своего режима».

Кроме того, в наследство от Гамсахурдия Э. Шеварднадзе достались две неразрешенные проблемы: Южная Осетия и Абхазия. Эти республики, ранее входившие в состав Грузинской ССР, теперь требовали независимости. И если к лету 1992 года Шеварднадзе сумел мирно урегулировать югоосетинскую проблему, договорившись с Россией о вводе миротворческих сил в этот регион, с Абхазией отношения наладить не удалось.

Поэтому решено было ввести в Абхазию грузинскую армию. Причем официальный предлог для ввода войск в Абхазию был следующий — нужно остановить разграбление поездов на Закавказской железной дороге.

Будучи директором МГБ, И. Гиоргадзе выступал против ввода грузинских войск в Абхазию в 1992 году. Он был одним из тех, кто доказывал Эдуарду Шеварднадзе, что ввод войск на территорию Абхазии — это начало войны, и никакие грузы не оправдывают этого. Вместо этого И. Гиоргадзе предлагал такой вариант: создать для охраны дороги интернациональный сводный батальон — рота МВД Абхазии, рота из Грузии и рота из России. Но этого сделано не было.

По всей видимости, Шеварднадзе не в состоянии был контролировать действия вооруженных отрядов, подчиняющихся его партнерам по власти, и 14 августа 1992-го, в самый разгар курортного сезона, отряды Национальной гвардии Грузии численностью до 3000 человек под командованием Тенгиза Китовани, под предлогом преследования отрядов сторонников Звиада Гамсахурдия, вошли на территорию Абхазии. Абхазские вооруженные формирования оказали сопротивление, но отряды Национальной гвардии за несколько дней заняли практически всю территории Абхазии, включая Сухуми и Гагру.

Ситуация на абхазском фронте с осени 1992 года до лета 1993 года оставалась неизменной, пока в июле абхазские силы не начали очередное наступление на Сухуми. 27 июля 1993 года, после длительных боев, в Сочи было подписано соглашение о временном прекращении огня, в котором Россия выступала в роли гаранта. Данное перемирие абхазов заставила подписать Россия (под нажимом авторитета Э. Шеварднадзе), так как в результате боев абхазами был полностью блокирован город Сухуми и войска Госсовета оказались в полном окружении.

После сокрушительного военного разгрома грузинское правительство попыталось организовать на территории Абхазии партизанскую войну. На официальном уровне этот факт всегда отрицался, но спецслужбы Грузии помогали партизанской группе Дато Шенгелия. Снабжали их оружием, диверсионными устройствами. Обучали их диверсионному делу.

Кроме того, сотрудники МГБ занимались поиском бывшего президента Грузии Гамсахурдия. Одно из спецподразделений МГБ вышло на его след. Сотрудники спецслужб окружили местность, где он находился. И. Гиоргадзе позвонил Эдуарду Шеварднадзе и сказал: «Завтра я могу провести спецоперацию и задержать Звиада Гамсахурдия». На что он получил ответ: «Живой он Грузии не нужен». То есть, грубо говоря, Шеварднадзе дал приказ об уничтожении. И. Гиоргадзе отказался выполнить приказ.

Уже после этого — в ночь с 31 декабря 1993 года на 1 января 1994 года — Звиад Гамсахурдия якобы покончил с собой. В январе удалось найти место его захоронения — в хозяйственной постройке одного из селений Мингрелии. Была создана правительственная комиссия, в которую вошел вице-премьер Грузии, ведущие министры и глава прокуратуры. Эта комиссия вынесла заключение о том, что Звиад Гамсахурдия покончил с собой. Подписи поставили все, кроме И. Гиоргадзе. Он настаивал, что даже при поверхностном осмотре входящего и выходящего отверстий в голове экс-президента можно было сделать вывод — это было убийство, а не самоубийство.

На какое-то время Гиоргадзе казался сильнейшим политическим игроком в Грузии, но в стране со многими конкурирующими кланами (в том числе и силовыми министерствами), где правит искушенный в политике «разделяй и властвуй» президент, такое положение было трудно сохранить. Гиоргадзе распрощался с властью наряду с лидером «Мхедриони» Джаба Иоселиани. После этого наступил черед верховенства МВД. Десантно-штурмовая бригада была переподчинена непосредственно руководству МВД, а потом стала частью внутренних войск, которые также входят в систему МВД.

Уже начиная с 1994 г. И. Гиоргадзе вступил в конфликт с Эдуардом Шеварднадзе. Сам Гиоргадзе объясняет свой конфликт так: «С 1994 года расхождения во взглядах на то, как должна строиться Грузия, между мной и Эдуардом Шеварднадзе достигли апогея. На ноябрь 1995 года были назначены президентские выборы. По рейтингам, проведенным в апреле — мае, я намного опережал Эдуарда Шеварднадзе — так же, как опережали его Аслан Абашидзе и бывший первый секретарь ЦК Компартии Грузии Джумбер Патиашвили.

Мои действия и высказывания свидетельствовали о том, что я как руководитель Службы Государственной Безопасности Грузии не буду способствовать фальсификации выборов. Легким выходом из этой ситуации было инсценировать покушение на Эдуарда Шеварднадзе и взять под одну гребенку всех его политических противников».

Поэтому, когда 29 августа 1995 года рядом с автомобилем Эдуарда Шеварднадзе, во дворе здания Парламента был подорван тротиловый заряд, Гиоргадзе был тотчас смещен с занимаемой должности и улетел из Грузии с российского военного аэродрома в Вазиани. Грузинские власти через СМИ объявили Гиоргадзе «террористом № 1» и он был объявлен в розыск по обвинению в организации этого теракта. Впоследствии он был также заочно обвинен в организации убийств политических деятелей и подготовке государственного переворота.