8 ноября голландские суда покинули Нагасаки, и по приказанию губернатора «Надежду» провели на буксире за императорские караулы, где судно встало на якорь. Между тем посол жаловался на усиление болезни, и губернатор пообещал предоставить ему помещение на берегу, к отделке которого велено было приступить. Выбрали местность напротив голландской фактории, где находился рыбный базар Мегасаки. Участок с трех сторон окружал залив, четвертую обнесли трехметровым тыном из бамбука. Но и залив против дома на расстоянии 106 м огородили двойным тыном, чтобы к русским не могло подойти никакое судно. Ворота, выходившие прямо в воду, запирались с обеих сторон замками.

Дом посланника и его свиты состоял из девяти комнат, отделенных друг от друга бумажными перегородками и ширмами. Во дворе имелись четыре магазина, еще два были за воротами, у которых поставили две караулки с солдатами: полицейскую и военную. Наружный ключ от ворот хранился у морского чиновника, а внутренний — у сухопутного офицера. Кроме того, на горе, возвышавшейся над русским лагерем, были расположены караульные дома с пикетами, так что сверху можно было видеть все происходящее внизу.

Остров Десима, на котором жили голландцы, отделялся от посольской территории заливом. В начале декабря отделка посольского дома была окончена, и 17 декабря Резанов с большой торжественностью переехал на берег. В этот день с раннего утра Нагасакская бухта приняла праздничный вид, залив был заполнен всевозможными лодками и другими судами, украшенными флагами, а на берегу выстроились войска. Около полудня показалось огромное, богато украшенное японское судно — двухпалубная джонка местного феодального князя. Переборки кают были покрыты лучшим японским лаком, трапы из красного дерева отполированы как зеркало, палубы устланы дорогими коврами. Шелковые ткани с вышитыми золотом гербами и цветами украшали двери, окна и даже борта. В кормовой части джонки устроили павильон для русского посла со свитой и важнейших японских сановников, также затянутый дорогой тканью с шикарными вышивками. Войдя в джонку, Резанов приказал поставить у входа в павильон двух гренадеров и поднять флаг чрезвычайного посла с двуглавым орлом посредине.

За все время стоянки моряки с «Надежды» не имели права покидать судно. Вместе с посланником в его резиденции проживали восемь человек. Переводчики-японцы перед встречей с россиянами обыскивались полицией. Не разрешались ни закупки научного оборудования через третьих лиц, ни обмен вещами.

Посланник и его свита прожили в почетном заточении четыре месяца, до самого отъезда из Японии.

Попытка первого официального российского посольства заключить с японцами договор о торговле завершилась неудачей: японское правительство, по-видимому, твердо решило сохранить прежнюю замкнутость. Разрешение, выданное прежде А. К. Лаксману, японцы проигнорировали. В связи с отказом в установлении торговых отношений Резанов составил особый меморандум японским властям, отметив в четвертом пункте: «Чтобы Японская империя далее северной оконечности острова Матмая отнюдь владений своих не простирала, поелику все земли и воды к северу принадлежат моему государю».

На последней встрече с представителями бакуфу им передали четырех японцев, привезенных из России. После продолжительного допроса они встретились с представителем Сендайского княжества, специально приехавшим за своими земляками. В декабре японцев отправили под конвоем в Эдо, где их принял в своей резиденции даймё. Более сорока дней их расспрашивал ученый Оцуки Гэнтаку и на основании бесед закончил в 1807 г. сочинение «Удивительные рассказы о далеких морях».

Неудачу дипломатической миссии Резанова объясняют по-разному. Одни считают, что виной всему горячность и высокомерие русского посланника; другие винят Деффа, директора голландской фактории, который опасался русской конкуренции и втайне употреблял все усилия, чтобы помешать русским завязать дипломатические и торговые сношения с Японией. Эта версия, кстати, не лишена оснований. Позднее В. М. Головнину довелось случайно познакомиться с письмом, в котором сообщалось, что голландским переводчикам «удалось дело это кончить хорошо, и склонить японцев на такое мнение о России, что они выслали Резанова, дав ему ответ, который, вероятно, отучит русских ходить в Японию».

По выходе из Нагасаки «Надежда» направилась к Корейскому проливу, держась вблизи берегов и определяя географическое положение приметных пунктов. Моряки исследовали часть Корейского пролива между Японией и островом Цусима, лежащим посредине, и назвали ее проливом Крузенштерна. В Нагасаки Крузенштерн предпринял меры к поиску карт северной части Японского архипелага и каких-либо сведений об этой местности. Особенно его интересовал остров Карафуто. Оказалось, что так японцы называли южную часть Сахалина. Не имея под рукой точных данных о названиях некоторых географических объектов, мореплаватель присвоил им русские имена. Во время этого плавания Крузенштерн не заходил в Хакодате, который, вероятно, тогда представлял собой совсем небольшую деревеньку. «Южный берег Иесо, — писал мореплаватель, — представляет большую противоположность Японии. Даже и близ города Матсумая не приметили мы нигде таких нив и насаждений, какие представляются в Японии повсюду, где даже и вершины каменистых гор покрыты оными».

На первый взгляд, многомесячная стоянка шлюпа «Надежда» в Нагасаки окончилась неудачей, ничего не дав России. На самом же деле это не так. Недаром говорят, что отрицательный результат также можно считать достижением. Впервые представители России и Японии встретились на государственном уровне. Тогда же встал вопрос о будущей границе между двумя странами. Во время этих непростых переговоров русские и японцы лучше узнали друт друга и стали немного ближе. Заметно продвинулась Россия и в изучении Японии и ее народа.

Уже тогда было ясно, что противоречий в понимании задач и свершений экспедиции будет немало. Неприязненно относившийся к Резанову Крузенштерн дал отрицательную оценку итогам дипломатической миссии в России лишь спустя 20 лет. Его оппонентом выступил Г. Лангсдорф, личный переводчик Резанова. Крузенштерн считал, что Япония не была готова к диалогу с Западом, а Резанов и Лангсдорф видели такие возможности, доказывали их перспективность.

Основной причиной неудачи было то, что японцы совершенно не нуждались в русских услугах. Им не требовались ни меха, ни другие товары с территорий Российско-Американской компании. С другой стороны, несмотря на упрочение экономики, Япония не имела излишков продовольствия, в частности, риса, которыми могла бы поделиться с русскими.

Получив в Нагасаки отказ в установлении торговых отношений, Резанов решил достичь этой цели другим путем: произвести нападение на поселения японцев на Южном Сахалине и юге Курильских островов. Камергер надеялся тем самым подтолкнуть японские власти к заключению соглашения с Россией. Он писал: «Я не скрою от вас, что народ, сколько известно мне, желал торга сето, а потому, считая нужным поставить оной сколько можно более в неудовольствие к зделанному России в торговле отказу, надеюсь, что внутренний ропот скорея принудит горделивую державу сию к снисканию торговых связей с ними». Сегодня можно говорить о наивности планов Резанова таким способом открыть Японию, но пройдет полстолетия, и американцы предпримут подобные меры.