28 августа 1863 года цинское правительство в конце концов все же согласилось принять русский проект прохождения линии границы между Россией и Китаем в Синьцзяне. Об этом официально был уведомлен русский поверенный в Пекине Н.А. Глинка. Однако еще целый год прошел в «утряске» всех деталей, связанных с прохождением линии границы на местах. Только 25 сентября 1864 года в Чугучаке был подписан протокол об установлении русско-китайской границы в Центральной Азии.

Переговоры между Россией и Китаем по пограничному размежеванию в Центральной Азии проходили в трудное для Пекина время. В 1864 году в Джунгарии и Кашгарии вспыхнуло мощное восстание местных мусульманских народов против власти маньчжуро-китайцев. Главную роль в этом восстании играли уйгуры и дунгане, которые были поддержаны казахами, киргизами и другими народами Синьцзяна. Восстание продолжалось 14 лет, причем уже в 1865 году цинское колониальное господство в Синьцзяне было фактически свергнуто.

Результатом восстания в Синьцзяне стало образование на южных границах России нескольких независимых от Цинов феодально-теократических образований: Джеты-Шаар («Семиградье») с центром в Кашгаре; Тарачинское султанство с центром в Кульдже и дунганский Союз городов с центром в Урумчи.

Наиболее сильным и влиятельным из новых образований был Джеты-Шаар или Восточный Туркестан во главе с Якуб-беком.

Столкнувшись с широкомасштабным народным восстанием в Синьцзяне, цинские власти оказались бессильны не только подавить, но даже и сдержать его. Крайне ограниченные военные силы и общие ресурсы Пекина в этом отдаленном районе не позволяли ему принять какие-либо решительные меры. Более того, Пекин находился в глубоком внутриполитическом кризисе, связанным с последствиями подавления мощнейшего Тайпинского восстания, сотрясавшего древнюю империю почти 15 лет — с 1850 по 1864 г.

В связи с этим, как пишет в своей работе «Русско-китайский вопрос» А.Н. Куропаткин, «китайцы снова становятся предупредительными к русским»:

«В 60-х годах прошлого столетия, когда Китаю пришлось переживать тяжкие внутренние мятежи, китайцы снова становятся предупредительными к русским. В особенности русские оказались нужны китайцам, когда китайские войска с Цзо Цзунтаном во главе стали продвигаться в Застенном Китае вперед, усмиряя мусульманское и дунганское восстания, и должны были одолеть пустыню Гоби. Наиболее тяжелый для них участок составлял путь от Хами до Кульджи в 1300 верст. Вся местность была разорена. К безводию присоединилось отсутствие продовольствия. Русские торговцы из сибирских местностей смело продвинувшиеся до пунктов сбора китайских войск, встречались на этот раз как дорогие гости».

С ноября 1864 года цинские власти в Синьцзяне начали «зондировать» возможности соседних русских властей по оказанию помощи в деле «наведения порядка». Илийский цзянцзюнь Мин Сюй несколько раз напрямую обращался к начальнику Алатауского округа генерал-майору Г. А. Колпаковскому с просьбой прислать русские войска в Кульджу.

С аналогичной просьбой в адрес правительства России в августе 1865 года обращались и центральные китайские власти в Пекине. Через русского посланника Цины просили прислать илийскому цзянцзюню продовольствие, вооружение и порох, а также прислать русских военных инструкторов — артиллерийских офицеров и солдат.

Русское правительство с самого начала приняло решение не вмешиваться в события, имевшие место в Синьцзяне. Поэтому на все просьбы китайской стороны о военной помощи русский посланник в Пекине А.Е. Влангали отвечал вежливым отказом.

Между тем, по мере развития антицинского восстания в Синьцзяне, в большую политическую игру в регионе начали вмешиваться англичане. Правитель Джеты-Шаара Якуб-бек, подстрекаемый английскими дипломатами и авантюристами, под панисламистскими лозунгами выдвинул территориальные притязания на соседние земли к северу — на территорию России. Попытки Якуб-бека добиться признания своего государства Россией закончились безрезультатно: посланцы Восточного Туркестана были сдержанно приняты в Петербурге. Более того, российское правительство отказалось признать Джеты-Шаар самостоятельным государством и четко заявило о своей позиции: Джунгария, как и весь Синьцзян, часть Китая, с которым Россия по-прежнему поддерживает нормальные дипломатические отношения.

Восстание в Синьцзяне негативным образом отразилось на режиме охраны российско-китайской границы и на поддержании в приграничных российских районах должного правопорядка. Вооруженные отряды, банды, группы свободно переходили границу с Россией, глубоко вторгались на ее территорию, грабя местных жителей, нарушая мирный труд местного населения. На это постоянно жаловался военный губернатор и командующий войсками Семипалатинской области генерал-майор И.Ф. Бабков.

Постепенно позиция Петербурга в отношении событий в Синьцзяне начала меняться и заставила Россию отказаться от политики невмешательства. Критическая ситуация безвластья в Синьцзяне, вмешательство в дела этого района Англии, полная неспособность ослабленного Тайпинским восстанием Пекина «навести порядок» рассматривались Россией как угроза ее торговым, экономическим и политическим интересам в этом регионе. В связи с этим царское правительство решило пойти навстречу просьбам цинского правительства и оказать последнему необходимую помощь войсками. При этом имелось в виду, что русские войска будут выведены обратно сразу же после восстановления цинской власти в Синьцзяне.

27 апреля 1871 года российский император Александр II утвердил указания российскому посланнику в Пекине А.Е. Влангали вступить в переговоры с цинским правительством по этому вопросу. В соответствии с этими инструкциями Влангали должен был разъяснить, что «вмешательство наше в дела Западного Китая имеет единственной целью оказать содействие китайцам к восстановлению их власти в отторгнутых западных провинциях Империи». Район предполагаемых действий русских войск, по решению царского правительства, ограничивался Илийским краем Синьцзяна.

30 июля 1872 года русские войска, не встречая никакого сопротивления со стороны местного уйгурского населения, заняли Илийский край с центром в городе Кульдже. Общая площадь занятой русскими войсками территории составила 1400 кв. миль с населением 130 тыс. человек.

В связи с военными мероприятиями России в Центральной Азии русский посланник в Пекине А. Влангали неоднократно подчеркивал перед цинским правительством временный и вынужденный характер этих действий. В инструкциях из Петербурга в адрес посланника говорилось: «Мы ни в коем случае не желаем присоединять Кульджинский округ к составу империи. Такой исход дела следует признать самым для нас невыгодным, но для нас важно, чтобы правитель соседней с нами страны дал нам такие материальные и нравственные гарантии, которые обеспечили бы спокойствие на нашей границе и способствовали свободному развитию нашей торговли».

Особое значение, по мнению российского правительства, имело установление принципов политического контроля над занятым районом Или. Местным властям и военному командованию рекомендовалось «воздерживаться» от установления сношений с Якуб-беком «Высочайшим именем Государя Императора». Все контакты с местными правителями, «независимыми владетелями» должны были осуществляться «непосредственно и притом от имени Туркестанского Генерал-Губернатора».