На каждую автомобильную колонну назначался начальник. В колонне в составе подразделения начальником являлся командир подразделения. На начальника колонны возлагалась вся полнота ответственности за поддержание порядка в ходе марша, в пунктах погрузки, сохранность перевозимых грузов и непосредственную организацию боя при отражении нападения мятежников.

Особое внимание при движении обращалось на организацию оповещения личного состава о нападении противника и действий по сигналу оповещения. В случае нападения мятежников по установленному сигналу приданные огневые средства сопровождения вступали в бой, а колонна на увеличенных скоростях и дистанциях под прикрытием их огня проходила опасный участок.

При невозможности продолжать движение начальник колонны в соответствии с ранее произведенным боевым расчетом личного состава и в тесном взаимодействии с приданными огневыми средствами организовывал отражение нападения противника, давал целеуказания подразделениям прикрытия и немедленно сообщал в центр боевого управления полка, в зоне ответственности которого он находился, о нападении на колонну и ее огневой поддержке. Сбор колонны после преодоления опасного участка производился в специально назначенном районе.

Несколько по-иному осуществлялась проводка колонн по тем дорогам, где не было постоянных сторожевых застав. В этих случаях сопровождение колонн рассматривалось как проведение специфических боевых действий. К ним заранее и тщательно готовились.

Для охраны маршрутов при проводке транспортных колонн с материальными средствами через территорию, контролируемую отрядами противника, выделялись боевые подразделения советских и афганских войск, артиллерии и авиации. Боевые подразделения блокировали участки дорог и пропускали по ним автотранспорт.

В зависимости от протяженности маршрута, конкретных условий местности, обстановки, количества выделенных боевых подразделений блокированию подвергался участок на один-два суточных перехода или весь маршрут. В первом случае блокирующие подразделения, пропустив транспорт с материальными средствами, перемещались на новый участок во время отдыха транспортной колонны. Так, действуя перекатами, они доводили колонну до конечного пункта.

Если же протяженность маршрута была небольшой, а выделенных сил достаточно, блокирование и охрана всей дороги осуществлялись сразу до полного завершения транспортной операции.

Для блокирования маршрута выделялся, как правило, мотострелковый батальон. Ему определялась конкретная зона ответственности, в которой в зависимости от характера местности и решаемых задач создавалось необходимое количество сторожевых застав, постов и засад, представлявших собой опорный пункт с подготовленной системой огня и инженерным оборудованием. Мотострелковая, танковая рота выставляла, как правило, две-три сторожевые заставы и четыре-шесть сторожевых постов. Места расположения сторожевых постов определялись приказом так, чтобы посты имели между собой зрительную связь и исключались невидимые зоны маршрута. Эти зоны невидимости охранялись бронеблоками в составе двух-трех бронемашин (танки, боевые машины пехоты, бронетранспортеры). Время выставления и снятия бронеблоков ежедневно определялось приказом руководителя боевых действий.

С целью быстрого наращивания усилий для отражения нападения мятежников на любом участке зоны ответственности на командно-наблюдательном пункте батальона создавалась группа из высокоманевренных бронеединиц в составе 3–4 объектов, как правило, усиленных минометных расчетом.

На каждую проводку колонн с грузом вечером командир боевого подразделения получал информацию с центра боевого управления от старшего начальника. В ней содержались сведения о количестве колонн, машин в колонне и машин сопровождения, а также времени движения колонн. Приказ на сопровождение колонн отдавался командиром полка. Личному составу, выделенному на блокирование, ежедневно доводилась вся информация в части, касающейся каждой категории.

При выставлении бронеблоков на маршруте вперед высылался отряд обеспечения движения. Места расположения каждого бронеблока проверялись, как правило, парой саперов. После выставления всех элементов охранения на маршрут выходила колонна с запасами материальных средств. Обычно ее сопровождали боевые подразделения.

Подготовка боевых подразделений к сопровождению начиналась, как правило, за двое-трое суток, сразу же после получения боевой задачи. Она включала подготовку техники, создание необходимого запаса боеприпасов, горюче-смазочных материалов, продовольствия и медицинского имущества в ротах; распределение личного состава по машинам; проведение командирами рот и взводов занятий с личным составом, а также распределение его для наблюдения, эвакуации неисправной и поврежденной техники, снаряжения лент для пулеметов при расходовании боеприпасов, оказания первой помощи и эвакуации раненых. Особое внимание командиры уделяли подготовке снайперов, наводчиков-операторов боевых машин, пулеметчиков, расчетов ПТУР, огнеметчиков, связистов, артиллеристов-корректировщиков, нештатных авианаводчиков, санитаров и саперов.

Марш обычно начинался рано утром, а заканчивался поздно вечером. В ходе выдвижения не допускался разрыв между машинами, так как этим, как правило, немедленно пользовался противник для минирования дороги и нападения на отставшие машины. Коварство противника не имело предела. Для нанесения более значительных потерь колоннам советских войск на дорогах и особенно на улицах населенных пунктов мятежники впереди своих засад в последние годы стали выставлять отвлекающие группы. Они своими действиями сковывали разведку и охранение колонны, а тем временем главные силы засады нападали на ее основную часть, поражали людей и технику.

Такую тактику, по словам подполковника Д. Ф. Савчина, проходившего службу в Афганистане в должности начальника штаба батальона, применили мятежники в октябре 1988 г. при нападении на сопровождаемую его подразделением афганскую колонну с продовольствием в составе до 800 машин, следовавшую по маршруту Пули-Хумри — Кабул. В пути следования колонна растянулась более чем на 50 км. При подходе к туннелю Саланг мятежники обстреляли два бронетранспортера в середине колонны и завязали бой. Одновременно вне зоны видимости с маршрута было совершено нападение на восемь машин с продовольствием. В результате таких действий колонна к концу марша потеряла 22 машины.

Для того чтобы исключить подобные случаи, командиры боевых подразделений стали создавать два состава органов разведки и охранения. Первый состав мог вести бой с отвлекавшими группами противника, осуществлять разведку и организовать оборону внутри встречавшихся дувалов и кишлаков. Второй использовался для дальнейшей проводки колонны по маршруту, в том числе и для быстрого прохождения ее через населенные пункты.