Июль: генерал-полковник Н.А. Душин освобожден от должности начальника 3-го Главного управления КГБ СССР.

14 июля: начальником 3-го Главного управления КГБ СССР с должности первого заместителя начальника 3-го ГУ — начальника управления «В» назначен генерал-лейтенант В.С. Сергеев.

Август: обострение межнационального конфликта в Нагорном Карабахе.

28 сентября: решением Политбюро ЦК КПСС образована специальная комиссия для обстоятельного изучения фактов и документов, связанных с репрессиями 30–40-х и начала 50-х годов. В состав комиссии включен председатель КГБ СССР В.М. Чебриков.

1988 год

Февраль — сотрудниками 8-го и 2-го отделов 3-го Главного управления КГБ СССР проведена комплексная проверка оперативно-служебной деятельности органов военной контрразведки КГБ СССР, выполняющих боевые задачи на советско-афганской границе и непосредственно на территории Республики Афганистан. март:

Март: в Душанбе и Ташкенте заместителем начальника 3-го Главного управления КГБ СССР генерал-майором Ю.А. Калгановым проведены подготовленные аппаратом 8-го и 2-го отделов 3-го Главного управления КГБ СССР установочные совещания руководящего состава особых отделов по Туркестанскому военному, Среднеазиатскому и Восточному пограничным округам, 40-й армии и подчиненных им органов на местах с определением задач по контрразведывательному обеспечению вывода ограниченного контингента советских войск с территории Афганистана.

8 марта: преступной группой Овечкиных осуществлен захват самолета Ту-154 и пассажиров рейса Иркутск — Курган — Ленинград в качестве заложников. В результате спецоперации заложники освобождены, часть преступников ликвидирована, оставшиеся арестованы.

10 мая: в партийные организации направлено закрытое письмо ЦК КПСС по Афганистану, в котором объявлено о дате начала вывода советских войск из Афганистана — 15 мая 1988 года.

15 мая: начат вывод советских войск с территории Афганистана.

24 июня: войска афганской оппозиции захватили центр провинции Вардак — город Майданшахр.

11 июля: принято Постановление Политбюро ЦК КПСС «О дополнительных мерах по завершению работы, связанной с реабилитацией необоснованно репрессированных в 30–40-е годы и начале 50-х годов».

10 августа: войска моджахедов штурмом взяли Кундуз.

Август: министр обороны США Ф. Карлуччи провел переговоры с министром обороны СССР Д.Т. Язовым.

17 августа: в результате террористического акта в авиационной катастрофе погиб один из вдохновителей и организаторов боевых действий афгано-пакистанских вооруженных формирований против ОКСВ в Афганистане президент Пакистана генерал М. Зия-уль-Хак.

1 октября: В.М. Чебриков избран секретарем ЦК КПСС.

Председателем КГБ СССР с должности заместителя председателя КГБ СССР — начальника ПГУ назначен генерал-полковник В.А. Крючков.

22–23 ноября: в Баку, Ереване и Тбилиси прошли массовые демонстрации с требованиями предоставления республикам независимости.

1 декабря: ЦРУ США выступило с официальным сообщением о том, что «основные элементы советской оборонительной стратегии и практики к настоящему времени не претерпели изменений в результате реформ Горбачева».

1989 год

5 января: принято Постановление ЦК КПСС «О дополнительных мерах по восстановлению справедливости в отношении жертв репрессий, имевших место в период 30–40-х и начала 50-х годов».

23–26 января: частями ОКСВ проведена операция «Тайфун» по разгрому моджахедов в провинциях Парван, Баглан, Кундуз — последняя крупная войсковая операция Советской Армии в Афганистане.

20 января: бывший директор ЦРУ Дж. Буш приведен к присяге в качестве президента США.

Январь-февраль: заместитель председателя КГБ — начальник Главного управления пограничных войск генерал армии В.А. Матросов и начальник 3-го Главного управления КГБ генерал-лейтенант В.С. Сергеев посетили ряд особых отделов по Среднеазиатскому и Восточному пограничным и Туркестанскому военному округам в целях определения готовности органов военной контрразведки к выполнению задач по обеспечению безопасности вывода основной группировки советских войск из Республики Афганистан.

15 февраля: официально объявлено о завершении вывода ограниченного контингента советских войск из Республики Афганистан.

Между тем на приграничной с СССР территории Афганистана в течение последующих трех месяцев успешно осуществляли боевые действия против афганских и пакистанских бандформирований мотоманевренные и десантно-штурмовые группы Восточного и Среднеазиатского пограничных округов КГБ СССР.

За период Афганской войны в боях с противником погибли 18 сотрудников органов военной контрразведки. Военной контрразведкой выявлено более 70 агентов иностранных спецслужб — США, Китая, Пакистана и Ирана.

Общие потери Советской Армии, органов и войск КГБ и МВД за время войны в Афганистане 1979–1989 годов составили около 26 тысяч погибших, умерших от ран и болезней. Санитарные потери — более 54 тысяч раненых, контуженных, 416 тысяч заболевших.

Март: в Москве состоялось Международное совещание руководителей органов военной контрразведки стран — участниц Организации Варшавского договора, Кубы и Монгольской Народной Республики.

7 апреля: в Норвежском море в результате пожара на борту затонула атомная подводная лодка Северного флота «Комсомолец». При спасении экипажа и совершенно секретных документов исключительное мужество и героизм проявил оперуполномоченный особого отдела КГБ СССР по 6-й дивизии Северного флота старший лейтенант С.П. Богданов, награжденный орденом Красного Знамени.

9 апреля: по указанию партийных органов войска Закавказского военного округа использованы при разгоне участников митинга в Тбилиси. В результате действий войск и органов МВД Грузии погибли 16 митингующих.

20 мая: летчик 176-го истребительного авиаполка ЗакВО капитан А.М. Зуев угнал самолет МиГ-29 в Турцию. Получил политическое убежище в США.

Май — июнь: в Ферганской области Узбекской ССР произошли массовые беспорядки на националистической почве, сопровождавшиеся убийствами и погромами со стороны радикально настроенных групп узбеков, турок-месхетинцев, нападениями на здания райкома КПСС, ОВД и на военнослужащих ВВ МВД СССР.

2 августа: начало межэтнического конфликта в Приднестровье, спровоцированного молдавскими националистами.

ЦРУ США завербован в качестве агента офицер бангладешской резидентуры ГРУ ГШ подполковник В.М. Баранов.

31 декабря: на территории Нахичеванской АССР организованные толпы азербайджанских националистов разрушили инженерно-технические сооружения на 700-километровом участке государственной границы СССР с Ираном. Несколько тысяч человек прорвались через границу на иранскую территорию.