Следует особо отметить мужество и самоотверженность самого Бэра. Ведь до этой экспедиции он никогда не плавал в море, тем более в суровых полярных морях. Но в ходе Новоземельской экспедиции он переносил все тяготы наравне с молодыми сотрудниками и закаленными в походах поморами-промышленниками.

В 1840 году был одобрен проект Бэра по проведению экспедиции к берегам Кольского полуострова. В состав экспедиции был включен профессор Киевского университета зоолог Александр Федорович Миддендорф и студент Петербургского университета Панкевич.

5 июня 1840 года Бэр с Миддендорфом и Панкевичем прибыли в Архангельск, где была нанята промысловая лодья. По вопросу маршрута экспедиции Академия наук предоставила Бэру полную свободу. 14 июня Бэр со спутниками отплыл из Архангельска и добрался до устья реки Поной на восточном побережье Кольского полуострова. Он намеревался плыть далее на северо-запад вдоль побережья полуострова и собирать образцы морской фауны. Не оставлял он намерения побывать вновь у побережья Новой Земли или пройти до устья реки Печоры.

Бэр направился 30 июня к Мотовскому заливу который отделяет южную часть полуострова Рыбачий от материка. Так как из-за противных ветров приходилось часто отстаиваться в бухтах, то в залив Бэр добрался лишь 13 июля. В течение недели экспедиция обошла все бухты залива и собрала обильный зоологический материал. Затем судно прошло в Кольский залив и прибыло в Колу. Оттуда путешественники совершили экскурсию вверх по реке Туломе.

О причинах, почему Бэр в тот раз не посетил Новую Землю, он написал впоследствии:

«Предстояло посетить также восточный и северный берега Русской Лапландии (так он называл Кольский полуостров), так как до середины июля лишь в редких случаях удается пристать к берегам Новой Земли. Нам удалось посетить целый ряд пунктов Лапландии.

Но лодьи русских поморов… имеют только один большой парус и потому могут хорошо плыть лишь при полном или почти полном ветре. Однако ветер во время этой поездки очень не благоприятствовал нам и лишь 6 августа принял западное направление. Теперь можно было направить путь на Новую Землю. Но мы слишком далеко взяли на запад, и потребовалось бы 8–9 дней, чтобы достичь Новой Земли, куда мы пришли бы только во второй половине августа».

После некоторых колебаний Бэр отказался от посещения Новой Земли, так как, по его словам, «в лучшем случае могли бы провести там очень короткое время, а при неблагоприятных условиях все имевшееся в нашем распоряжении время ушло бы на плавание по Ледовитому океану».

Бэр продолжил плавание до самого северного мыса Скандинавии — мыса Нордкап, а затем поплыл к острову Кильдину и далее вдоль побережья на юго-восток, продолжая сборы морских организмов.

Миддендорф отправился из Колы пешком и на лодке в путь протяженностью 230 верст через Кольский полуостров до Кандалакшской губы. Встреча обоих путешественников состоялась лишь в Архангельске 12 сентября. Оттуда Бэр отправил конной почтой в Петербург все экспедиционные сборы.

Учитывая то, какое значение Бэр придавал экспедиционной деятельности по изучению природы России, вполне закономерно его участие в создании в 1845 году Русского географического общества в качестве одного из его основателей, в числе которых помимо Бэра были такие выдающиеся путешественники, как адмиралы Ф. П. Литке и И. Ф. Крузенштерн.

В начале 1851 года министр государственных имуществ обратился в Академию наук с предложением послать научную экспедицию для исследования состояния рыболовства на Чудском озере и по берегам Балтийского моря в пределах современных Эстонии и Латвии. Узнав об этом, Бэр предложил передать это поручение ему, так как, по его словам, ему «было интересно проследить применение естественных наук в практической жизни».

Летом и осенью 1851 года он со своими помощниками объездил рыбацкие деревни по берегам озера, побывал на озерных островах. Осенью того года и весною следующего Бэр поехал на побережье Балтики. Морское побережье он обследовал вдвоем со своим помощником Александром Карловичем Шульцем, чиновником из Пскова, окончившим в свое время Дерптский университет.

Бэр двигался от устья реки Луги через Нарву, Ревель (Таллин), Палдиски, Хаапсалу, Пярну, остров Хийумаа, а Шульц ехал из Риги по побережью навстречу Бэру.

Во время этой поездки Бэр проехал на лошадях и водой около тысячи километров, с многочисленными остановками для ознакомления с постановкой рыболовецкого дела в этих районах. При решении поставленных задач он не жалел себя и проявлял предельную настойчивость и целеустремленность.

В результате проведенных исследований Бэр выяснил причины падения рыболовства на Чудском озере. Дело в том, что рыбаки применяли мелкоячеистые сети и полностью вылавливали мальков рыб. Для ознакомления с постановкой рыболовецкого дела в Швеции он отправился туда на пароходе, а затем из Стокгольма с той же целью побывал на Аландских островах и в Хельсинки. Любопытно, что вследствие позднего времени года и полной темноты по ночам пароходное общество прекратило морское сообщение с Петербургом, но Бэр настоял, чтобы несмотря на бурю и непогоду его доставили прямо в столицу. Тут еще раз Бэр проявил свой характер бесстрашного путешественника. Он не побоялся в свои 60 лет выйти в осеннюю непогоду в море, когда плавание пароходов в Финском заливе было уже прекращено.

В 1853 году началась Каспийская экспедиция Бэра, которая продолжалась до 1857 года. Исследования на Чудском озере и на Балтике, по словам Бэра, «должны рассматриваться как подготовка к обследованию крупных рыбных промыслов Каспийского моря, имеющих важное для государства хозяйственное значение. Уже давно стали раздаваться жалобы на их упадок. Неоднократные обследования вскрыли, кроме того, многие злоупотребления». Попытки законодательно установить порядок на промыслах не удались «вследствии того, — отметил Бэр, — что некоторые знатные особы сделались тайными собственниками рыбных промыслов, другие получили крупные рыбные промыслы в подарок от правительства».

Министр государственных имуществ граф П. Д. Киселев решил именно Бэру поручить руководство Каспийской экспедицией. А конференция Академии наук подтвердила, что предыдущие исследования Бэра показали его способность не только организовать подобную экспедицию, но и руководить ею с очевидной пользой для науки. Конференция разрешила ему отсутствие в течение трех лет, «будучи уверена, что его труды послужат на пользу государству и науке и принесут славу Академии».

Перед Бэром была поставлена задача, которую он сам сформулировал так: «получить полную картину состояния каспийских промыслов, исследовать правильность жалоб на их упадок и, наконец, предложить меры охраны рыбы».

В сопровождении академического служителя 14 июня 1853 года Бэр выехал из столицы по железной дороге в Москву. Там его встретил препаратор экспедиции Никитин. Далее на лошадях в двух тарантасах Бэр со спутниками добрались до Нижнего Новгорода, где их дожидался другой участник экспедиции, А. К. Шульц, с которым Бэр обследовал рыбные промыслы на Чудском озере и на Балтике.

Уже в Нижнем Новгороде Бэр начал знакомство с рыбными промыслами и торговлей рыбой. Он отправился в рыбный ряд и беседовал с купцами, рыбаками, узнавал цены на рыбу, расспрашивал, какая рыба ловится. Рыбаки рассказали ему, что к Нижнему Новгороду часто заходит стерлядь, реже осетр и еще реже белуга, хотя незадолго до этого под Нижним поймали белугу в 40 пудов (640 килограммов) весом (современному читателю просто трудно поверить в такое, но так было).